CentOS6.2にて環境構築を試みるも、やっぱりちょっとあちこち古くて、構築に難儀しそうだったので、最新の7を入れることにした。そうしたところ自分の知っているコマンドと色々変わっているらしく、それはそれで色々苦労しそうな予感。
まずはネットワークの設定から。
https://qiita.com/taro0219/items/8d3be39c5cb882d1ba5d
しかしネットワーク設定さえしてしまえば、あとはほとんど不都合なく使えそな感じはある。
とにかく必要そうなプログラムを列記しておこう。
pigz
java
python3
MARIADB
linuxbrew
samtools
tophat
bowtie
cufflinks
FastQC
fastx-tools
HISAT2
BWA
SRA Toolkit
R
Trimmomatic