CentOS７にNGS関連のソフトウェアをインストール

まずとにかくyumでwgetとnanoだけは入れておく。

そのうえでlinuxbrewを入れてしまえば、ほぼ問題なく殆どの環境が構築できてしまった。
http://linuxbrew.sh
Linuxbrewのインストール方法は上のサイトのままでOK

幾つかのソフトは
$ brew tap brewsci/science
$ brew tap brewsci/bio
でリポジトリを追加した上でinstallする必要があったが。

あとjavaSEは直接ファイルをダウンロードして、展開してやる必要があった。

HISAT2とFastQCはperlを要求するので、perlもbrewで入れた。その結果HISAT2は無事使えるようになったが、FastQCは

$ fastqc
-bash: /home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/fastqc: /usr/bin/perl: 誤ったインタプリタです: そのようなファイルやディレクトリはありません

というエラーが出る。
/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/perlから/usr/binにリンクを張ってみたが

$ fastqc
perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
	LANGUAGE = (unset),
	LC_ALL = (unset),
	LANG = "ja_JP.UTF-8"
    are supported and installed on your system.
perl: warning: Falling back to the standard locale ("C").
Exception in thread "main" java.awt.HeadlessException: 
No X11 DISPLAY variable was set, but this program performed an operation which requires it.
	at java.desktop/java.awt.GraphicsEnvironment.checkHeadless(GraphicsEnvironment.java:208)
	at java.desktop/java.awt.Window.<init>(Window.java:548)
	at java.desktop/java.awt.Frame.<init>(Frame.java:423)
	at java.desktop/java.awt.Frame.<init>(Frame.java:388)
	at java.desktop/javax.swing.JFrame.<init>(JFrame.java:180)
	at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.<init>(FastQCApplication.java:63)
	at uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication.main(FastQCApplication.java:332)

こんな表示が出るな。これじゃ駄目かな？