kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

クラスタサーバ拡張計画

ここまでで
ヘッドノード(兼計算ノード0):PRIMERGY RX1330 M3 (Xeon E3-1220v6/64GB/2TB*2)
計算ノード1:PRIMERGY RX200 S6 (Xeon E5630*2/26GB/146GB*2)
計算ノード2:PRIMERGY RX200 S6 (Xeon E5630*2/26GB/146GB*3)
Network HDD:Terastation (3TB*4)
という構成でクラスタサーバを構築できた。
計算ノード0は最新CPUだが、構成的にはエントリーサーバ、計算ノード1,2は4世代前のCPUだが構成的にはミドルクラスサーバという感じで、実際に8スレッドでRNAseqのデータをトリミングーマッピングー発現解析まで実施してみると、どちらのノードでもだいたい同じくらいの時間で処理が完了しているっぽい。(処理内容にもよるかもしれないが、若干ノード0が速いか)

案外うまく構築できたので、気を良くして更に拡張してやろうかという気になってきた。
実際のところ、現在ハンドリングしているデータ量なら、今回構築したサーバでも1実験あたりのデータ処理が1日に収まるレベルであるため、此処から先は趣味の範疇になりそうだが。

その上で、拡張するならどういう構成がいいだろうか。

案1 計算ノード1,2と同等のサーバをガツンと増やす。
概要:CPUの世代がちょっと古く、クロックスピードがあまり高くないが、とにかく安い。
費用:サーバ本体1ノード2,500円(安!)ただし、大抵の場合1CPU構成でE5503(2core/2thread)なので、CPUをE5630あたり*2で1,000円位+追加ヒートシンク1,000円位+メモリCPUあたり12GBで2,000円位=合計6,500円位+送料合計3,500円位なので総計1万円/ノード
という感じ。

案2 RX100S7世代のサーバをぼちぼち増やす。
概要:CPUが1世代新しくなるが、エントリークラスになる。
費用:サーバ本体1ノード1,000円(安!)ただしPentium G620クラスCPU搭載なのでX3440あたりが1,000円程度+メモリ2G*4 1,000円位で総計3,000円+送料合計3,000円なので総計6,000円

CPUあたりの費用としてはあまり変わらないわけだが。