まっさらなOSXが手に入ったから、一から環境構築をしてやる

先日MacBook Airを新たに導入したわけで、とりあえず書き物用としてOfficeはインストール済みである。
で、しばらく使ってきたわけだが、一昔前のサーバに引けを取らないパワーがありそうなんで、やはり開発環境やデータ解析環境なんかも入れておこうかなと。

せっかくまっさらな状態なので、ここまでの経験を生かして、汎用性の高い環境構築を目指したいもので。

方針
・まずはなにはなくともHomebrew
・PythonはNGS解析用に素のPython3を入れておきたい。
・機械学習/深層学習も念頭に置いたAnacondaかもしくはminicondaも使えるようにしておきたいのでpyenvをかませる。
・blast/samtools/seqkitくらいは入れておく。
・RとRStudioも念の為入れておく。

Homebrewのインストール

% /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

基本的なソフトウェアを一通り入れる

% brew install wget nano 
% brew tap brewsci/bio
% brew install samtools seqkit blast

Rはパッケージ版でインストールしたほうがいいらしいので

% brew cask install r
% brew cask install rstudio

python関係

% brew install pyenv
nano .zshrc

OSX Catarinaからbashがzshに置き換わったので
.bash_profilesではなく.zshrcに以下の記述を書く

export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"
export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"
eval "$(pyenv init -)"

% source .zshrc
% pyenv install -l

pythonおよびディストリビューションのリスト

% pyenv install 3.8.6
% pyenv versions
* system (set by /Users/kkuro/.pyenv/version)
  3.8.6

% pyenv global 3.8.6
% python --version  
Python 3.8.6

安定性重視で一つ前のバージョンにしておく。

以上。
（Anacondaはまた必要が出てきたら入れることにする）

本日のおすすめ本