AlphaFold2の登場でにわかに活気づいたタンパク質構造化学の分野でデファクトスタンダードとも言える分子ビューワといえばpymolなわけだが、普通にネット検索して出てくるのは
pymol.org
なのだ。
しかしこのソフトウェアはライセンスがいる。有料だ。
我々のようなニワカ構造マニアにはハードルが高い。
一応1ヶ月の試用期間はあって、インストールすればとりあえずフル機能が使える様になっているんだが、以前にも構造を見る機会があって、そのときにソフトウェアを入れちゃったので、試用期間終了のお知らせが出て、ライセンス認証を迫られる。むう。
というわけで、すごすご退散していたのだが、蛇の道は蛇っていうんでしょうか（いや違う）、なんとこのソフトウェアにはオープンソースバージョンが存在するのだ！バイナリ形式で配布されていないので、インストールはまあ面倒くさいといえばそうだが、ソースが公開されているから、独自改変なんかもできるわけだ（しないけど）。
github.com
さらに、
qiita.com
こんな素敵なお方がいらっしゃって、Homebrewに登録されちゃってます。これ、もうなんの面倒もないじゃないの。
当然のようにbrewsci/bioなんてtapしてあるので、
$ brew install pymol
これだけっすよ。
$ pymol
で起動。
うーん素晴らしい。
ちなみにアカデミックライセンスだと無料で使えるのだけれど、ライセンスの申請とかちょっとめんどくさいのだよね。
と、これでバッチリだと思ったのだけど、どうもおかしい。
External GUIウインドウがどうしても開かないのだけれど。
なんかMacの中のPython3が喧嘩している気がする。
ちょっと状況の整理が必要かもしれない。
やはり随分昔に手動で入れたPython3.6がbrewで入ったPython3.9と喧嘩していた。3.6を消したらちゃんと動くようになった。
