Phylogenetic treeを描くためのツールを自分で集める

大方のソフトウェアはバイナリを実行権限つけて/usr/local/bin/におく
コンパイルが必要なものは適宜コンパイルしてやはり/usr/local/bin/におく

clustalo: Clustal omega
ClustalWより新しいアライメントソフトウェア
www.clustal.org
Mac用のバイナリがダウンロードできるのでダウンロードし、clustaloという名前にしてchmod 755で/usr/local/bin/にコピー。

fasttree: FastTree
最尤法による系統樹を描画するソフトウェア
www.microbesonline.org
fasttree.cをダウンロードして

$ gcc -O3 -finline-functions -funroll-loops -Wall -o FastTree FastTree.c -lm

iqtree: IQ-TREE
これも最尤法で系統樹を描く
www.iqtree.org
ダウンロードして

$ sudo cp iqtree-1.6.12-MacOSX/bin/iqtree /usr/local/bin/
$ sudo chmod 755 /usr/local/bin/iqtree

kalign: Kalign
msa.sbc.su.se
currentをダウンロードし、解凍。

$ ./configure
$ make

codeml
これも最尤法？
http://nebc.nox.ac.uk/bioinformatics/docs/codeml.html
なのだが、本体は
Phylogenetic analysis by maximum likelihood (PAML)
abacus.gene.ucl.ac.uk
こちらかな。
バイナリがダウンロードできる。

mafft: MAFFT
Multiple Alignment using Fast Fourier Transformということでフーリエ変換を使った累進法による系統樹を描く
mafft.cbrc.jp
mac用にバイナリがダウンロードできるようだ。
自分のプログラムにビルトインしたり、webサービスも有るようだ。
MAFFT alignment and NJ / UPGMA phylogeny
とりあえずこれ使ってりゃいい気もする。