これまでIGVをゲノムブラウザに使ってきたが、見た目がなんとなくショボいので、ハッタリのJBrowse2を入れるぜ、でもあんまり基本環境は汚したくないよ。ってことで今どきならDockerなんだろうけど、まあ、とりあえず原始的に外付けHDDに仕込んでみる。
まずはnode.jsを入れる。
$ curl -o- https://raw.githubusercontent.com/nvm-sh/nvm/v0.39.1/install.sh | bash
% Total % Received % Xferd Average Speed Time Time Time Current
Dload Upload Total Spent Left Speed
100 15037 100 15037 0 0 46554 0 --:--:-- --:--:-- --:--:-- 46554
=> Downloading nvm from git to '/Users/kuro/.nvm'
=> Cloning into '/Users/kuro/.nvm'...
remote: Enumerating objects: 355, done.
remote: Counting objects: 100% (355/355), done.
remote: Compressing objects: 100% (302/302), done.
remote: Total 355 (delta 39), reused 169 (delta 28), pack-reused 0
Receiving objects: 100% (355/355), 221.37 KiB | 8.20 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (39/39), done.
* (HEAD detached at FETCH_HEAD)
master
=> Compressing and cleaning up git repository
=> Appending nvm source string to /Users/kuro/.bashrc
=> Appending bash_completion source string to /Users/kuro/.bashrc
=> Close and reopen your terminal to start using nvm or run the following to use it now:
export NVM_DIR="$HOME/.nvm"
[ -s "$NVM_DIR/nvm.sh" ] && \. "$NVM_DIR/nvm.sh" # This loads nvm
[ -s "$NVM_DIR/bash_completion" ] && \. "$NVM_DIR/bash_completion" # This loads nvm bash_completionとすんなり入る。
.nvmというディレクトリがホームにできるが、これを外付けHDDの適当な場所に移動してしまう。
$ export NVM_DIR="/Volumes/HDD-A/mac/.nvm" $ [ -s "$NVM_DIR/nvm.sh" ] && \. "$NVM_DIR/nvm.sh" $ [ -s "$NVM_DIR/bash_completion" ] && \. "$NVM_DIR/bash_completion" $ nvm install node Downloading and installing node v18.9.0... Downloading https://nodejs.org/dist/v18.9.0/node-v18.9.0-darwin-x64.tar.xz... ######################################################################### 100.0% Computing checksum with sha256sum Checksums matched! Now using node v18.9.0 (npm v8.19.1) Creating default alias: default -> node (-> v18.9.0) $ node -v v18.9.0 $ which node /Volumes/HDD-A/mac/.nvm/versions/node/v18.9.0/bin/node
とこんな感じだ。
次にJBrowse2をダウンロードして解凍しておく。
$ wget https://github.com/GMOD/jbrowse-components/releases/download/v2.1.4/jbrowse-web-v2.1.4.zip
$ npm install -g serve added 89 packages, and audited 90 packages in 30s 23 packages are looking for funding run `npm fund` for details found 0 vulnerabilities npm notice npm notice New patch version of npm available! 8.19.1 -> 8.19.2 npm notice Changelog: https://github.com/npm/cli/releases/tag/v8.19.2 npm notice Run npm install -g npm@8.19.2 to update! npm notice $ npx serve -l 33770 ┌────────────────────────────────────────────────┐ │ │ │ Serving! │ │ │ │ - Local: http://localhost:33770 │ │ - On Your Network: http://xxx.xxx.xxx.xxx:33770 │ │ │ │ Copied local address to clipboard! │ │ │ └────────────────────────────────────────────────┘
おもむろに起動させると
を！すんなり起動した。
そのままだとvolvoxのデータがサンプルに入っているらしい。
続いて、
$ npm install -g @jbrowse/cli added 260 packages, and audited 261 packages in 2m 51 packages are looking for funding run `npm fund` for details found 0 vulnerabilities
これで
$ jbrowse
A command line tool for working with JBrowse 2
VERSION
@jbrowse/cli/2.1.4 darwin-x64 node-v18.9.0
USAGE
$ jbrowse [COMMAND]
COMMANDS
add-assembly Add an assembly to a JBrowse 2 configuration
add-connection Add a connection to a JBrowse 2 configuration
add-track Add a track to a JBrowse 2 configuration
add-track-json Add a track configuration directly from a JSON hunk to
the JBrowse 2 configuration
admin-server Start up a small admin server for JBrowse configuration
create Downloads and installs the latest JBrowse 2 release
help display help for jbrowse
set-default-session Set a default session with views and tracks
text-index Make a text-indexing file for any given track(s).
upgrade Upgrades JBrowse 2 to latest version環境構築のコマンドが使えるようになる。
$ jbrowse add-assembly ../fasta/hoge_v1_scf.fa --load copy --target data --name hoge_v1 Added assembly "hoge_v1" to data/config.json $ cd data $ jbrowse add-track ../../app/static/ref/hoge_v1.gff3 --load copy --name hoge_v1 Added track with name "hoge_v1" and trackId "hoge_v1" to ./config.json $ npx serve -l 30000
改めて起動し、
localhost:30000/?config=data%2Fconfig.json
にアクセスすると
新しいセッションを選び・・・
おおー、見慣れたやつが出てきた。
いや、もうこれで完成でしょ。
追記
ポータブルHDDにインストールした状態で、他のMacに持っていったら起動できなかった。
nodeのインストール時に
=> Appending nvm source string to /Users/kuro/.bashrc => Appending bash_completion source string to /Users/kuro/.bashrc
のように.bashrcに入れているのだな。
なのでこれを起動スクリプトに移す。
#! /bin/sh export NVM_DIR=".nvm" [ -s "$NVM_DIR/nvm.sh" ] && \. "$NVM_DIR/nvm.sh" # This loads nvm [ -s "$NVM_DIR/bash_completion" ] && \. "$NVM_DIR/bash_completion" # This load> npx serve -l 3000
これをデータベースルートに置いて、起動させると、ちゃんと動いた。
あとはデータベースとの連携かな。