病気サンプルの原因遺伝子を特定するためのふるいとして、既知のSNPを除く、もしくは調べるという作業はまず必要となってくる。 そのために既知の病気の原因になっていると思われるSNPや、逆に普通の人が何％かの割合で持っていて、特に病気の原因とは考えら…

https://github.com/igvteam/igv.js/issues/182 結論だけ書くと、いまのところ対応できていないとのこと。(2017 3月現在）

<script type="text/javascript"> var removeTrackByName = function (trackName) { for (var i = 0, l = igv.browser.trackViews.length; i < l; i++) { var trackView = igv.browser.trackViews[i]; if (trackView.track.name === trackName) { igv.browser.removeTrack(trackView.track);</script>…

javascriptに関する知識が乏しいので、なかなか思うようにプログラムを作れないでいる。https://github.com/igvteam/igv.jsここにリポジトリは集約されているのだが、結構いっぱいの人がそれぞれにカスタマイズを加えながらプロジェクトが展開されており、追…

MacBook Airで作成してきちんと動いたのに、iMacに持ってくるとエラーが出る。 USBメモリ上に作成してそれを直接起動しても同じ。 python3のバージョンもライブラリ環境もvirtualenvで同じにしているのにBAMファイルを読み込もうとするとエラーが出る。 これ…

https://github.com/igvteam/igv.js/wiki/API ココを参照する。Trackを読み込むには igv.browser.loadTrack({ url: 'http://data.broadinstitute.org/igvdata/1KG/b37/data/HG02450/alignment/HG02450.mapped.ILLUMINA.bwa.ACB.low_coverage.20120522.bam', …

プロジェクトとしては停止したが、個人的スキルアップのために片手間でぼちぼち開発。 IGV.js-Flaskじゃなくて素のIGV.jsをアプリに組み込む方法はわかった。現状ではポジションを指定して開くまではできるが、そのときに該当するBAMやvcfを自動的に読み込む…

今のところIGVjsをインテグレートできていないが、単独のアプリとしては使い方がわかったのでメモ スナップショットの通りigv.htmlのtrackListの部分に表示させたいBAMファイルを書いておき、locus:というところに遺伝子名やポジションを12:100000000のよう…