時系列や各種処理を与えたサンプル間で比較するなら、それらをマージして同じクラスターで重ね合わせて考えたい。 まずはumapチャートを出力するまで。4つの実験区の比較を行う例をやってみたい。Seuratのハンズオンでは2区の重ね合わせなんだけど、実際に10…

ちょっとごちゃごちゃしてきたので一旦整理すると #Seuartパッケージのインストール install.packages('Seurat') library(Seurat) #テストファイルの準備とdirectoryの移動 setwd("~/scrnaseqtest/immune_alignment_matrix/") #data読み込み ctrl.data <- re…

とりあえずSeuratというRのパッケージで解析すると良いらしい。 ちなみに10xのCell Rangerでマッピングまではやっている前提で。 こちらの情報を参考にやってみることにする。ちょっと古いけど大丈夫かな？ Seuratを駆使する会 ① - ばいばいバイオ Rはほんと…

bowtie2によるローカルアライメントを使い、Poly-Tプライマーで作成したcDNAライブラリのRNA-seq解析を行う。まずはbowtie2をインストールする。 $ git clone https://github.com/BenLangmead/bowtie2.git $ cd bowtie2/ $ make $ sudo make install次にリフ…

今更ですが。これまでメインにはStringTieを発現解析に使っていたが、RSEMも使ってみようと。現状miniconda3の上に環境構築をしているので、 $ conda install rsemとしてみる。その結果、 $ which rsem-calculate-expression ~/miniconda3/envs/ngs/bin/rsem…

前提：ゲノム配列の詳細な解析は実施されている。遺伝子予測はCDS領域に限定して実施されている。 やりたいこと：5’３’UTRがどこまでか推測し、cDNA領域のアノテーションを作る。1. Trinityでde novoアセンブリを実行: Trinityを使用してRNA-seqデータからde…

fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor version 0.23.2 usage: fastp [options] ... options: -i, --in1 read1 input file name (string [=]) -o, --out1 read1 output file name (string [=]) -I, --in2 read2 input file name (string [=]) …

別途公開の通信プロトコルを使用し、お客様ご自身でソフトウェアを作成していただければシリアル通信が可能となります。その場合、オプションのシリアル通信ケーブル( T R - 0 7 C )が 必 要 で す 。 と取説には書かれているが、どこにも公開されている感じ…

#パッケージのインストール install.packages("devtools") devtools::install_github("csgillespie/benchmarkme")注：色々とエラーが出て、それを一つずつ潰していく必要がある。 あまりに色々やったのでなにがクリティカルだったのかわからん。 Ubuntuの情…

理研の玉田さんのSiGN-BNによるベイジアンネットワーク解析を利用させてもらっている。データサンプルとしてRNA-seqデータを投入しているのだが、久々にやり直してみようと思ったらうまく動かない。 実行履歴をもとに同じコマンドを投げても動かないのだ。ど…

これまでGO解析はDAVIDを使ってきた。特に理由はないが、まあ老舗だし。しかしインターフェースがあんまり使いやすいとは言い難く、植物のデータベースもシロイヌナズナにしか対応していない。ということでAgriGOとか他のサービスを利用してもいいのだけれど…

多重比較検定としてTukeyをよく使う。 一応Tukey-HSDとしてpythonのwebアプリを作って使っているのだが、どうも比較する各項目のｎが同じでないとちゃんと検定が働かないようだった。もともとのTukeyの検定ではｎが揃っていないとだめなんだが、statmodelsモ…

これまでIGVをゲノムブラウザに使ってきたが、見た目がなんとなくショボいので、ハッタリのJBrowse2を入れるぜ、でもあんまり基本環境は汚したくないよ。ってことで今どきならDockerなんだろうけど、まあ、とりあえず原始的に外付けHDDに仕込んでみる。まず…

いろいろな条件で遺伝子発現パターンを調べ、各条件に共通した因子を探るときなど、よくベン図を使う。2条件、3条件などのかんたんなものから、単純な円で表現できなくなる4条件以上など。 これを今まで、excelで並べて処理していたんだけど、超面倒くさい。…

ゲノム解析論文でよく見かけるCircosなんだが、どうやって描いているのか調べると Requirements // CIRCOS Circular Genome Data Visualization こちらで配布されているアプリを使うらしいことがわかった。しかしこのアプリとっつきにくい。まあconfigをテキ…

やはり22.04はちょっとまだ心配なので、実績のある20.04でひとまず構築してみることにする。Ubuntuのインストールからディスクのマウントなどは特に違いはない。Nvidia RTX3060がちゃんと認識されているのか $ lspci | grep -i nvidia 01:00.0 VGA compatibl…

$ lspci | grep -i nvidia 01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GA106 [GeForce RTX 3060 Lite Hash Rate] (rev a1) 01:00.1 Audio device: NVIDIA Corporation Device 228e (rev a1) $ uname -m && cat /etc/*release x86_64 DISTRIB_ID…

なんともややこしいが禁断のAnacondaをCentOS7に入れてみる。 とにかくメインのサービスの邪魔をしないように厳重に環境を切り分けておく必要がある。 単純なPythonの環境切り分けなら、venvが今風なんだろうけど、混ぜるな危険のcondaなのでちょっと面倒だ…

大方のソフトウェアはバイナリを実行権限つけて/usr/local/bin/におく コンパイルが必要なものは適宜コンパイルしてやはり/usr/local/bin/におくclustalo: Clustal omega ClustalWより新しいアライメントソフトウェア www.clustal.org Mac用のバイナリがダウ…

まずNode.jsがCoreserverで使えるのか？ 標準状態ではインストールされていないし、root権限がないので通常のインストールもできない。いろいろ調べてみると、nvm (Node Version Manager )を介するとユーザーごとにユーザー権限でインストールし、シェルごと…

ClustalWはお手軽にアライメントをとって系統樹を描くことが出来る。 しかしClustalWで出力されるdndファイルを使った系統樹は近年、系統樹としてはあまり信頼をされない。 ClustalWで実施される解析は近隣結合法（Neighbor joining method）で、計算量は極…

というわけで定番Irisでやってみよう。 import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt import somoclu import pandas as pd %matplotlib inline from sklearn.datasets import load_iris iris = load_iris() X = iris.data Y = iris.target n_rows, n…

Self Organized Mappingをpythonでやりたくてsomocluをインストールしてみた。まずはMacに入れてみると、 Python 3.9.6 (default, Jun 29 2021, 06:20:32) [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.29)] on darwin Type "help", "copyright", "credits" or "license"…

例えばCLE25ペプチドはArg-Lys-Val-Pro-Asn-Gly-Pro-Asp-Ile-His-Asnからなるが（実際は246bpの前駆体がまず転写され翻訳されるのだが）、このペプチドがどんなゲノムDNA配列から転写翻訳されたかを考えたい。 Arg:CGT/CGC/CGA/CGG/AGA/AGG Lys:AAA/AAG Val:…

ここまでJetson Nano 2GBでDocker上にPython3環境を作ってきたが、32GBのSDカードだったためちょいと手狭になってきた。 JetsonNano B01のほうは128GBだったので一旦こっちに環境を移して続きの開発を行いたい。ということでDocker-composeで構築したコンテ…

Raspberry piにpipでnumpyを入れようとしたら動かなかった。これまたARMに対応してないらしいね。対応策としては $ sudo apt install python3-numpyと直接インストールするといいらしい。 一旦 $ python3 -m pip uninstall numpyとしてやってからインストー…

XREAがいまいち融通がきかない。ちょっと規模の大きいFlaskサイトを動かそうとすると負荷がかかりすぎるのか強制終了されてしまい、サーバエラーを返されてしまう。 一旦XREAはペンディングとし、自宅ネットにRaspberry piでwebアプリ設置テストをすることに…

さて、Alphafold2の公開から4ヶ月ほど経ったが、その間に出てきた多量体解析のアイデアなどを取り込んでver2.1がアップされた。 GoogleColabの方ではいち早くバージョンアップがされていたわけだが、gitの本体の方も正式に対応したということか。アップグレ…

一部業界で話題沸騰のAlphaFold2だが、ソースの公開から一月ちょっと遅れで、ようやく自前サーバで解析できる環境を構築した。要求スペック 2.5TB以上のSSD/HDD容量 (必須、SSD推奨) CUDA11に対応しているNVIDIA製GPU（推奨） 大容量（32GB以上）のRAM（推奨…

いろいろわけがわからなくなってきている（特にPython絡み）ので、一旦minicondaもbrewで入れたpython3もアンインストールした。（minicondaは~/miniconda3にインストールされているのでフォルダまるごとrm -rf） （python3は $brew uninstall python3したあ…