kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

CentOS7にpyenv-virtualenvを噛ましてAnacondaを入れてETE3toolkitをインストールする

CentOS7 Python science

なんともややこしいが禁断のAnacondaをCentOS7に入れてみる。
とにかくメインのサービスの邪魔をしないように厳重に環境を切り分けておく必要がある。
単純なPythonの環境切り分けなら、venvが今風なんだろうけど、混ぜるな危険のcondaなのでちょっと面倒だがpyenvを使う。
特定のディレクトリの中だけでAnacondaを動作させるためにvirtualenvも入れておく。

まずは何はなくともpyenvとvirtualenvのインストール。

$ git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git ~/.pyenv
$ git clone https://github.com/pyenv/pyenv-virtualenv.git ~/.pyenv/plugins/pyenv-virtualenv
$ echo 'export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"' >> ~/.bash_profile
$ echo 'export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile
$ echo 'eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bash_profile
$ echo 'eval "$(pyenv virtualenv-init -)"' >> ~/.bash_profile
$ source .bash_profile
$ pyenv install anaconda3-5.3.1
perl: warning: Setting locale failed.
perl: warning: Please check that your locale settings:
	LANGUAGE = (unset),
	LC_ALL = (unset),
	LANG = "ja_JP.UTF-8"
    are supported and installed on your system.
perl: warning: Falling back to the standard locale ("C").
Downloading Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh.sh...
-> https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh
Installing Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh...
Installed Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh to /home/rnaseq/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1

$ pyenv virtualenv anaconda3-5.3.1 anac1
Solving environment: done

・・・・・

# To activate this environment, use:
# > source activate anac1
#
# To deactivate an active environment, use:
# > source deactivate
#

Looking in links: /tmp/tmp_ys7svrl
Requirement already satisfied: setuptools in /home/rnaseq/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/anac1/lib/python3.10/site-packages (61.2.0)
Requirement already satisfied: pip in /home/rnaseq/.pyenv/versions/anaconda3-5.3.1/envs/anac1/lib/python3.10/site-packages (21.2.4)

$ source activate anac1
pyenv-virtualenv: activate anac1
pyenv-virtualenv: prompt changing will be removed from future release. configure `export PYENV_VIRTUALENV_DISABLE_PROMPT=1' to simulate the behavior.

(anac1) $ source deactivate
pyenv-virtualenv: deactivate anaconda3-5.3.1/envs/anac1

$ mkdir anac1
$ cd anac1
$ pyenv versions
* system (set by /home/rnaseq/.pyenv/version)
  anac1
  anaconda3-5.3.1
  anaconda3-5.3.1/envs/anac1
$ pyenv local anac1
(anac1) $ pyenv versions
  system
* anac1 (set by /home/rnaseq/anac1/.python-version)
  anaconda3-5.3.1
  anaconda3-5.3.1/envs/anac1

これで環境は整ったと思い、ETE3 toolkitを入れていこうと

(anac1) $ conda create -n ete3 python=3
pyenv: conda: command not found

The `conda' command exists in these Python versions:
  anaconda3-5.3.1

Note: See 'pyenv help global' for tips on allowing both
      python2 and python3 to be found.

ここで一旦つまづく。


(anac1) $ cd
$ pyenv global anaconda3-5.3.1
(anaconda3-5.3.1) $ conda create -n ete3 python=3
Solving environment: done


==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.5.11
  latest version: 4.13.0

Please update conda by running

    $ conda update -n base -c defaults conda

・・・・・

# To activate this environment, use
#
#     $ conda activate ete3
#
# To deactivate an active environment, use
#
#     $ conda deactivate

(anaconda3-5.3.1) $ cd anac1/
(anac1) $ pyenv local anac1
(anac1) $ pyenv versions
  system
* anac1 (set by /home/rnaseq/anac1/.python-version)
  anaconda3-5.3.1
  anaconda3-5.3.1/envs/anac1
  anaconda3-5.3.1/envs/ete3
(anac1) $ pyenv global system
(anac1) $ pyenv versions
  system
* anac1 (set by /home/rnaseq/anac1/.python-version)
  anaconda3-5.3.1
  anaconda3-5.3.1/envs/anac1
  anaconda3-5.3.1/envs/ete3
(anac1) [rnaseq@mn-rx1330m3 anac1]$ cd
$ pyenv versions
* system (set by /home/rnaseq/.pyenv/version)
  anac1
  anaconda3-5.3.1
  anaconda3-5.3.1/envs/anac1
  anaconda3-5.3.1/envs/ete3

一旦Anacondaをglobalに切り替えてインストール後globalをsystemに戻してやる。

(anac1) $ conda activate ete3
(ete3) (anac1) $ conda install -c etetoolkit ete3 ete_toolchain
Solving environment: done


==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
  current version: 4.5.11
  latest version: 4.13.0

Please update conda by running

    $ conda update -n base -c defaults conda

・・・・・



Downloading and Extracting Packages
ete3-3.1.2           | 2.1 MB    | ################################################### | 100% 
argtable2-2.13       | 2.8 MB    | ################################################### | 100% 
dialigntx-1.0.2      | 2.4 MB    | ################################################### | 100% 
numpy-1.19.2         | 21 KB     | ################################################### | 100% 
paml-4.8             | 7.1 MB    | ################################################### | 100% 
trimal-1.4           | 1.4 MB    | ################################################### | 100% 
pyqt-5.9.2           | 5.6 MB    | ################################################### | 100% 
numpy-base-1.19.2    | 5.2 MB    | ################################################### | 100% 
pip-21.2.2           | 2.1 MB    | ################################################### | 100% 
sip-4.19.8           | 290 KB    | ################################################### | 100% 
libxslt-1.1.34       | 573 KB    | ################################################### | 100% 
glib-2.69.1          | 1.9 MB    | ################################################### | 100% 
muscle-3.8.31        | 1.9 MB    | ################################################### | 100% 
gstreamer-1.14.0     | 4.0 MB    | ################################################### | 100% 
python-3.6.13        | 32.5 MB   | ################################################### | 100% 
fontconfig-2.13.1    | 299 KB    | ################################################### | 100% 
iqtree-1.5.5         | 6.8 MB    | ################################################### | 100% 
phyml-20160115.patch | 3.9 MB    | ################################################### | 100% 
jpeg-9e              | 273 KB    | ################################################### | 100% 
mkl-service-2.3.0    | 56 KB     | ################################################### | 100% 
freetype-2.11.0      | 943 KB    | ################################################### | 100% 
scipy-1.5.2          | 18.5 MB   | ################################################### | 100% 
expat-2.4.4          | 211 KB    | ################################################### | 100% 
libxcb-1.15          | 609 KB    | ################################################### | 100% 
setuptools-58.0.4    | 979 KB    | ################################################### | 100% 
intel-openmp-2022.0. | 8.5 MB    | ################################################### | 100% 
clustalo-1.2.4       | 2.0 MB    | ################################################### | 100% 
lxml-4.6.3           | 1.4 MB    | ################################################### | 100% 
gst-plugins-base-1.1 | 6.3 MB    | ################################################### | 100% 
mkl_random-1.1.1     | 382 KB    | ################################################### | 100% 
pmodeltest-1.4       | 727 KB    | ################################################### | 100% 
mkl-2020.2           | 213.9 MB  | ################################################### | 100% 
phylobayes-4.1c      | 26.7 MB   | ################################################### | 100% 
libgcc-7.2.0         | 304 KB    | ################################################### | 100% 
fasttree-2.1         | 272 KB    | ################################################### | 100% 
certifi-2021.5.30    | 141 KB    | ################################################### | 100% 
slr-1.4.3            | 638 KB    | ################################################### | 100% 
mafft-6.861          | 4.7 MB    | ################################################### | 100% 
ete_toolchain-3.0.0  | 2 KB      | ################################################### | 100% 
pcre-8.45            | 257 KB    | ################################################### | 100% 
qt-5.9.7             | 85.9 MB   | ################################################### | 100% 
libxml2-2.9.14       | 771 KB    | ################################################### | 100% 
dbus-1.13.18         | 586 KB    | ################################################### | 100% 
libpng-1.6.37        | 364 KB    | ################################################### | 100% 
raxml-8.2.11         | 10.4 MB   | ################################################### | 100% 
icu-58.2             | 22.7 MB   | ################################################### | 100% 
mkl_fft-1.3.0        | 185 KB    | ################################################### | 100% 
kalign-2.03          | 176 KB    | ################################################### | 100% 
six-1.16.0           | 19 KB     | ################################################### | 100% 
t_coffee-11.00       | 5.8 MB    | ################################################### | 100% 
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done

無事インストールが完了した。AnacondaなしでのインストールとかMacにインストールはどうしてうまく行かないんだろう。

ただまあete3としてこれらを使う気は実はなくて、インストールされたツール群を自分のアプリから呼び出して使うつもりなのだが。
ete3として使うときはanac1ディレクトリに入って、

(anac1) $ conda activate ete3

としてやってからコマンドを叩くことになる。