Programing
#DNA FASTAファイルから最長のORFを抽出し５UTR,CDS,３UTRに分割して保存する。 import sys, os, re from Bio import SeqIO from Bio.Alphabet import IUPAC from Bio.Seq import Seq fasta_file = sys.argv[1] faname = os.path.basename(fasta_file) fdir …
multi fastaファイルから一部の遺伝子だけ取り出したサブfastaファイルを作るには samtools faidx TAIR10_cDNA.fasta AT1G01010.1 AT1G01020.1 AT1G01030.1 AT1G01040.1 AT1G01050.1 > subset.fastaのようにsamtoolsを使えばいいのだけれど、fastaファイルが…
marplotlibは複数の要素をグラフ表示すると、自動的に色を分けてくれるわけだが、これが10色しか用意されていない。まあ実際10本以上折れ線が重なっていたらかなり見にくいことになるのは確かなのだが、それでもたくさんの色で表現したいこともあるわけで。…
まず、DataTablesで表をweb上に表示できていることが前提。いろいろなプラグインがあるのだけれど、ほぼ標準的に使われているButtonsに加え、Selectプラグインも入れておく。 <script type="text/javascript" src="{{ url_for('static', filename='js/datatables.min.js') }}"></script> <script type="text/javascript" src="{{ url_for('static', filename='js/dataTables.select.min.js') }}">…
前回xgboostのインストールがすんなりいかなくて色々回り道をしたが、ちゃんとエラーの内容を紐解けば正しいやり方がわかったろうに、ということでやり直し。まず、一旦戻ってpip3のところから。 $ pip3 list WARNING: pip is being invoked by an old scrip…
プログラミングの練習も兼ねてPythonでゲームを作ってみる。 まずはtkinterの使い方練習。 import tkinter #tkinterモジュールをインポート root = tkinter.Tk() # ウィンドウの部品を作る root.geometry("400x300") #ウィンドウのサイズを決める root.title…
%matplotlib inline import matplotlib.pyplot as plt import pandas as pd import matplotlib as mpl color_codes = {1:'#E60012', 2:'#F39800', 3:'#FFF100', 4:'#8FC31F', 5:'#009944', 6:'#009E96', 7:'#00A0E9', 8:'#0068B7', 9:'#1D2088', 10:'#920783…
かなり久しぶりにSQLiteのデータを追加しようと以前に作成したスクリプトを持ち出してきて実行してみたところ sqlalchemy.exc.ArgumentError: Textual SQL expression 'rnaseq_temp' should be explicitly declared as text('rnaseq_temp')こんなエラーが出…
これまでCLUSTALWによるクラスタリングから系統樹作成はDDBJのサービスを主に使っていたのだけれど、系統樹を描く部分はNjplotというかなり古いソフトをMac上で利用していた。これがいつまで使えるかわからないし、クラスタリングからの連携も面倒なので、一…
cDNA FASTAファイルから最長のORFを抽出し、５UTR,CDS,３UTRに分割して保存する。 Multi FASTA にも対応する。 #fasta_utr.py import sys, os, re from Bio import SeqIO from Bio.Alphabet import IUPAC from Bio.Seq import Seq fasta_file = sys.argv[1] …
相変わらずいろいろ画策中。 やっぱり何が面倒ってab1ファイルを開いて2つ重なったピークを分離するところなわけで。 ピークコールの自動化ができるととても楽ちんになる。BiopythonモジュールでもSeqデータを見られるらしい。 from Bio import SeqIO from B…
以前、CRISPRによって編集された遺伝子配列を解析するプログラムを書いたが、100％マッチするときしか検出できないのは不便だな、ということで、アライメントを取るツールを利用できないだろうかと考え中。pairwise2 | BioPython の pairwise2 ライブラリー…
なかなか先に進まないが、とりあえずちょとでもいじってみるか。 jupyter notebookの使い方を確かめながらmnistのデータを使った練習をやってみる。いろいろわからないまま言われるままに入力し、その出力をまずは眺めてみる。
zeissの共焦点レーザー顕微鏡で撮影したマルチチャンネルな画像ファイルの各チャンネルをバラバラにしたファイルを出力し、それらをstackではなく1枚の画像にmergeしたものを作成したい。使うのはImageJ。 とりあえずImageメニューの中のツールでできること…
ラズパイを温度監視用ロガーとして使えないかなと。ここまでラズパイはマイクロLinuxボックスとしてしか使っておらず、IoT的な電子工作はやっていない。 で、どうなんよ、と今更ながらにIO関係を調べてみたところ、AD変換とかはない。 抵抗とコンデンサを使…
適当に選んだ配列がoff targetを増幅しないか調べるためにblastnで検索するとき、普通にデフォルトでやっても何も引っかからない。 そんなときは $ blastn -db ath -query ~/Desktop/act1_f.txt -word_size 7のように-word_sizeオプションを付けると良い。
ちょっと調べたらいけそうな気がしてきた。Biopythonを使うといろいろ簡単にできる模様。まずはmultifastaを開いて配列を順番に読み込む import sys from Bio import SeqIO fasta_file = sys.argv[1] for record in SeqIO.parse(fasta_file, 'fasta'): ids =…
シークエンスファイルとかfastaファイルとかMacのApEとかで開いてどうにかするのがだんだん億劫になってきた。 pythonでどうにかあんなことやこんなことができないかと調査中abifpy · PyPIまあこんなモジュールでも使えばどうにかなりそうな感じ。 引き続き…
やりたいことは 複数の遺伝子のcDNA情報をまとめて記載したFASTA形式のファイルがあったとして、それをアミノ酸に翻訳し、clustalw等でアライメントを作成する。 cDNA情報はUTRを含んでいたりいなかったりまちまちである。 フレームを3フレームともチェック…
テプラには文字列からQRコードを生成して、テープに印字する機能があるのだが、このQRコード生成と文字情報の印字の入力は別系統な操作が必要で結構面倒臭い。 なので、QRコードと文字情報をまとめて画像にしてしまって画像挿入機能一操作だけで完結できるよ…
QRコード生成をFlaskのwebアプリから行ってみる。 2つのパターンを想定。 前もってデータベースのIDごとのQRコードを生成。 データベースの1エントリーからQRコードを生成。 from functools import wraps from flask import request, redirect, url_for, ren…
ラボの物品や実験植物の管理をやりたい。 サーバにデータを置いておいて、WEBアプリで管理できるようにし、物品をQRコードで紐づけておく。物品にそのQRコードを貼り付けておいて、スマホカメラで見ると、WEBに飛んでその場でデータを編集、statusを変更など…
現在ラボメンバー間の情報共有にはSlack、Benchiling、Google calendarとバラバラのツールを使っている。 そこにプロジェクト進捗管理グループウェアを追加しようということになったので、RedMineをサーバに立ち上げてみた。 だが、うちのサーバはファイアウ…
モチーフの抽出ができたらそれが一体どこにあるのか列記したい。 import re text = """GACTTTAGATGGCTTCTTCCTTTATAACCAATTGATATTGCATACTCTGATGAGATTTAT AATTAAAGAAGCAGAAACAAAAACAAGTAAAACAGAAACAATCAACACAGAGAAACCACC CCGAGAATATCTCCATTGGTTGGTGACTGATATCCC…
ファイルを連番を付けて作成していてそれに同じ操作を全部やるとき、excelで編集してコマンドリストを作っていたが、shellでやるほうが簡単なので、その覚え書き seq -w 0 42 | xargs -i echo "python3 seq.py TAIR10_cdna_20101214_updated.fa.split/TAIR10…
要するに文章からよく出てくる単語をピックアップしてカウントし、リストを作れれば良い。 辞書型を使って単語を数えるプログラムはpythonのプログラム例としてよく上がっているが、単語の区切りが明確でない遺伝子配列のような文字列から指定文字数の連続し…
どうもややこしくていけないのだが、systemに入っているpython は2.6とかなりふるい目。なので自前でpython3を入れて使いたいわけだが バージョンの使い分けにpyenvというものがある。更にはvirtualenvというものもある。 しかしよく考えると、バージョンを…
a.txt AT1G01000:10 AT1G01000:15 AT1G01000:20 AT1G01000:25 AT1G01001:10 AT1G01001:15 AT1G01001:20 AT1G01001:25 AT1G01002:10 AT1G01002:15 AT1G01002:20 AT1G01002:25 AT1G01003:10 AT1G01003:15 AT1G01003:20 AT1G01003:25 AT1G01004:10 AT1G01004:15…
flaskで作ったwebアプリの起動を python3 manage.py runserver で行っていたが、このままではシステム立ち上げ時にそのまま起動できるようにならないので、uWSGIを介した起動をしないといけないのかなと思っていたが、flaskをpythonから読み込むのじゃなくて…
まず、SQLで抽出された遺伝子のIDを元にtranscriptのFASTAファイルから配列を抽出。 抽出した配列をfasta形式で一時保存し、Arabidopsisの遺伝子データベースに対してtblastxでサーチ。 結果をwebに表示。こんな流れを構築した。 https://pypi.python.org/py…
