kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

Linux

PythonからUSB camで写真を撮る

Pythonでは映像周りはopenCVで扱うのが良いようだ。 $ sudo apt install python3-opencvcv2モジュールを読み込んであれこれするようだ。 $ python3 Python 3.8.10 (default, Mar 15 2022, 12:22:08) [GCC 9.4.0] on linux Type "help", "copyright", "credit…

アバターのアップロード

VRoidで作成したアバターをVRChatにアップロードしてみる。 VRoid StudioはMacにインストールしてMacで作業した。出来上がったアバターをVRMにエクスポートして保存し、UbuntuにUSBメモリで運搬。いろいろ先人のページを見ているとこれをBlenderで微調整して…

XEONサーバにGTX1650をインストールしてVRChat

GTX1650をインストールした。 もっと強力なグラボのほうがいいのは当然なのだが、NEC Express5800 T110f-EのマザーボードはPCI-eスロットの配置が1x、1x、16x、4xとなっていて4xにRAIDカードが乗っており、SASのHDDx3でRAID5が起動ディスクとなっている。グ…

VRChat

メタバースってのがジワジワきてる。 ってことでVRChatというのを始めることにする。まずはとにかくやってみるということで専用にPCを調達することにした。仮想空間、3Dってことなので3Dヘッドセットが必須なのかと思ったら、まああって悪くはないし、没入…

リストに従ってテキスト置換

FASTAファイルのIDの命名を変更したいと思ったが、scaffoldの数が多すぎて面倒臭すぎるので、自動化したい。変更一覧をrename.listに以下のように記録しておく。 Scaffold1 Scf0001 Scaffold2 Scf0002 Scaffold3 Scf0003 Scaffold4 Scf0004 .......... .....…

Docker-composeでpython3環境をJetson Nanoに作る。

Jetson NanoにDocker-composeを入れるところまではやったので、その先の実際の運用例としてpython環境を構築してみる。Jetson Nanoにも素の状態のpython3はインストールされているのだが、この素のpython環境にごちゃごちゃライブラリをインストールしようと…

Docker-composeをJetson Nanoで使う。

Docker-composeをJetson nanoに入れてdockerの起動を楽にする試み。まずはDocker-composeをインストールする。 sudo apt install python3-pip sudo apt install build-essential libssl-dev libffi-dev python3-dev sudo pip3 install docker-compose ------…

帰ってきたJetson nano 2GB

というわけで2ヶ月のすったもんだの末、うちに帰ってきたJetson Nano 2GB。 左:帰ってきた2GB、右:買い足した4GB(B01)壊れる前はそもそもMacbookAirのACアダプタ(容量、定格上は十分なスペック)で起動できなかったところからすでに異常だったわけだが…

Jetson Nano 4GBと自作キーボード

壊れたJetson Nano 2GBの保証交換がちっとも進まないまま2ヶ月が過ぎようとしている。ということでもう一台買っちゃった。それも4GB。 今回はアマゾンではなく、日本での正規代理店らしい菱洋エレクトロから購入。アマゾンより安い。 ryoyo-gpu.jp基板丸出…

Jetson nano 2GB

とうとう手を出すことに。 https://amzn.to/33zSXVO NVIDIA Jetson Nano 2GB 開発者キットNVIDIAAmazonまずはOSのセットアップから。 developer.nvidia.com 現在の最新版は4.5.1らしい。Getting Started with Jetson Nano 2GB Developer Kit | NVIDIA Develo…

Ubuntu環境をしっかりと入れる

自宅鯖で深層学習の学習環境を整えようと四苦八苦していて、私が主に使っているCentOS7に構築したkvm環境上のUbuntu18.04にNVIDIAのドライバやtensorflowをインストールするところまでやったわけだが。 結局kvmではビデオカードを仮想環境が使うとホストで…

linuxbrewをCentOS7にいまさらながら入れる

インストールしたまんま放置されていたCentOS7にいまさらながらにLinuxbrewを入れようとしてどつぼにはまり中。自分の覚書の通りにまずやってみたらいきなり怒られる。 $ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/linuxbrew/go/in…

systemctlでvncserver起動

$ sudo cp /lib/systemd/system/vncserver@.service /etc/systemd/system/vncserver@:1.service $ sudo nano /etc/systemd/system/vncserver@:1.service[Unit] Description=Remote desktop service (VNC) After=syslog.target network.target [Service] Type…

CentOS7のKVMにUbuntuを乗せる

$ sudo virt-install --name kvm3_ubuntu --memory 8192 --disk /home/kvm/images/kvm3,size=100 --location /tmp/ubuntu-20.04-desktop-amd64.iso --network default --vcpu 8 WARNING オペレーティングシステムを検出できません。仮想マシンのパフォーマン…

KVM環境をホストの電源オンオフと連動

ホストの電源を入れたら自動で起動させるには $ sudo virsh list --all Id Name State ---------------------------------------------------- 1 centos7 running - centos8 shut off $ sudo virsh autostart centos7ホストをシャットダウンするとき自動的に…

Fujitsu Primergy TX1310M3にUbuntuをインストールしたい

ファイルサーバ兼深層学習プラットフォームとして使用するつもりでTX1310M3を入手してみた。 これまで富士通のサーバにはCentOS7をインストールして使ってきたのだが、深層学習プラットフォームとしてはRedhat系のCentOSよりDebian系のUbuntuの方が構築しや…

またまたサーバの構成をいじる

サーバ CPU メモリ 理論性能 RX1330M3 E3-1230v6(4C/8T, 3.50GHz) 2400 UDIMM 64GB 224.0GFLOPS RX300S7 E5-2667(6C/12T, 2.90GHz)x2 1600 LV-RDIMM 32GB 278.4GFLOPS RX300S7 E5-2643(4C/8T, 3.30GHz)x2 1600 LV-UDIMM 24GB 211.2GFLOPS RX200S7 E5-2630(6C…

Deep learning マシンを変更

手持ちのサーバの構成を考え、Deep learningの環境テストを行うノードをPRIMERGY RX200S6に移した。手順は クラスタから切り離す。 一般ユーザを作成。 グラボを移し替え。 NVIDIAのドライバインストール。 CUDAのインストール。 pyenvインストール。 anacon…

wgetでディレクトリごとダウンロード、でもparent directoryはいらないよ

$ wget -r -np http://hogehoge.com/huga/

PXEブートのまとめ

PRIMERGY RX200をネットワークブートでディスクレス運用するまとめ。まず、クライアント側でPXEブートに使うネットワークポートを確認し、BIOSでPXE enableに設定する。PRIMERGYの場合デフォルトで1つのポートだけPXE対応に設定されているはず。(2つ両方…

php MARIADB phpmyadminのインストール

前にもやったが、記憶が曖昧になっているため、整理。まずはphpのインストールから。 # yum install epel-release # rpm -Uvh http://rpms.famillecollet.com/enterprise/remi-release-7.rpm # yum install --enablerepo=remi,remi-php70 php php-mbstring p…

TeraStationのNFSの設定

アマゾンで超破格で12TBのTeraStationが売っていたので、怪しいと思いつつも導入してみた。ラックマウントの4HDDのNASで、HDD無しで売っている某メーカーの価格くらいで3TBx4ついてきた感じ。 早速設定をしてNFSでマウントしてみると、どうも挙動がおかし…

NFSで解析用ディレクトリを共有する

serverが2台になったのでとりあえず一つのディスク領域を共有してデータ解析を分散させたい。そのために入出力するデータの置き場は1箇所にまとめておきたいのでnfsサーバを立ててそこに共有フォルダを置く。 server2(10.0.1.101)にnfsサーバーを立て、serve…

TORQUEジョブスケジューラをインストールする。

最終的にはヘッドノードを独立させて、計算ノードはネットワークブートで運用しようと思うが、まずは2ノードでそれぞれHDDでブートして一方がヘッドノードも兼ねるという構成で構築実験をしてみようと思う。https://qiita.com/yf_xa/items/6042619a5d1a3decf…

CentOS7のインストール再び

server2にもHDDを入れることにしたので、インストール再び。server1のHDDをserver2に差し替えてみたら、SAS raid コントローラの型番が違っていてraidがぶっ壊れてしまったので、server1の方も再インストールのおまけ付き。まずは最小インストール。ネットワ…

IPマスカレード

ずいぶん昔、まだ世の中にネットワークルータというハードウェアがほとんどなく、あったとしてもマニアックな超高級品であった時代、Linux-boxをルータとして使うIP-Masqueradeを組んだ・・・というのがLinuxとの最初の出会いであったなあ・・・(遠い目時代…

クラスタにするかただの並列にするか

https://qiita.com/yubais/items/7c40227a17569dc9d412http://www.kurobuti.com/linux_server/?page_id=58 ディスクレスクライアント https://www.server-world.info/query?os=CentOS_7&p=pxe&f=4まずは入れてみる。 最初に導入したサーバーのイーサネットポ…

redmineのインストール

少人数とはいえいくつかのプロジェクトが同時に走っていて、かつそのなかのルーチンワークなどを数人の研究補佐員さんに手伝ってもらっている状況で、人員の配分がいまひとつ整理されていない状況を打破するべく、グループウェアのようなものを導入してみよ…

テスト運転

さて、早速 見せてもらおうか、富士通の中古サーバーの性能とやらを (注:ガ◯ダ◯って実は殆どみたことないんだが)大体270MBくらいのfastq.gzファイルを4つ trimmomatic SE \ -threads $cpu -phred33 -trimlog log.trimlog \ ./fastq_files/"$samp"_"$exp"…

CentOS7にNGS関連のソフトウェアをインストール

まずとにかくyumでwgetとnanoだけは入れておく。そのうえでlinuxbrewを入れてしまえば、ほぼ問題なく殆どの環境が構築できてしまった。 http://linuxbrew.sh Linuxbrewのインストール方法は上のサイトのままでOK幾つかのソフトは $ brew tap brewsci/science…