CentOS7のインストール再び

server2にもHDDを入れることにしたので、インストール再び。server1のHDDをserver2に差し替えてみたら、SAS raid コントローラの型番が違っていてraidがぶっ壊れてしまったので、server1の方も再インストールのおまけ付き。

まずは最小インストール。ネットワークの設定を固定IPでやっとく。キーボードレイアウトも確認のこと。
（あとでも変更可能ではあるが）

ユーザーの追加/ユーザーにsudo権限を与える。
https://qiita.com/Esfahan/items/a159753d156d23baf180

# useradd kuro
# passwd kuro
# usermod -aG wheel kuro #wheelグループに入れる（wheelグループはsu権限が付与されている＞visudo)

wgetを入れておく

# yum install -y wget

linuxbrewのインストール(rootで実行してはいけない）
http://linuxbrew.sh

$ sh -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Linuxbrew/install/master/install.sh)"

そしてbrewを使いたいユーザ毎に

$ test -d ~/.linuxbrew && PATH="$HOME/.linuxbrew/bin:$HOME/.linuxbrew/sbin:$PATH"
$ test -d /home/linuxbrew/.linuxbrew && PATH="/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin:/home/linuxbrew/.linuxbrew/sbin:$PATH"
$ test -r ~/.bash_profile && echo "export PATH='$(brew --prefix)/bin:$(brew --prefix)/sbin'":'"$PATH"' >>~/.bash_profile

を実施
一般ユーザの自分のホームあたりで

$ brew install hello

とやって最初のインストール。

httpdのインストール

# yum install -y httpd

で、

# systemctl start httpd
# systemctl enable httpd

そしてfirewalldに穴を開ける

# firewall-cmd --add-service=http --zone=public --permanent
# firewall-cmd --reload

これでアクセスは可能になった。
次にホームディレクトリにおいたページにアクセスできるようにする。

# nano /etc/httpd/conf.d/userdir.conf
    #UserDir disabled #コメントアウト
    UserDir public_html  #コメントを外す
<Directory "/home/*/public_html">
    AllowOverride All     # 変更
    Options None     # 変更
    Require method GET POST OPTIONS
</Directory>

ディレクトリのパーミッションを調節する

$ chmod 711 /home/kuro
$ chmod 755 /home/kuro/public_html

そしてもう一点、SELinuxを無効化する

# nano /etc/selinux/config

SELINUX=disabled     # enforcing → disabled

設定を有効にするには再起動が必要。
即時に（ただし一時的に）SELinuxを無効化するには

# setenforce 0

とりあえずこんなところか。

gnomeデスクトップを入れる。

# yum groupinstall "GNOME Desktop"

ユーザーをuseraddでいくつか作ったあとにgnomeをインストールすると、なぜかstartxで失敗するユーザーができてしまう。原因はいろいろあるようだが、ファイル、ディレクトリのパーミッションが不正なことが多いようだ。今回はなぜか/home//.cacheのown/grpがroot/rootになっていてstartxできないということになっていた。chown, chgrpで解決。

vnc serverを立ち上げる。

# yum install tigervnc-server

各ユーザ毎に

$ vncpasswd

でパスワードを設定しておく。
で、ユーザー毎に

$ vncserver:1

という感じにサーバーを起動してやる。
最後にお約束のfirewalldに穴

# firewall-cmd --permanent --zone=public --add-service=vnc-server
# firewall-cmd --reload

macとのデータ運搬のためhfs+のUSB HDDをマウントする

# rpm -Uvh http://www.elrepo.org/elrepo-release-7.0-2.el7.elrepo.noarch.rpm
# yum install kmod-hfsplus

# parted -l

でHDDのdevice IDを調べる。
今回は

モデル: WD Ext HDD 1021 (scsi)
ディスク /dev/sdb: 1000GB
セクタサイズ (論理/物理): 512B/512B
パーティションテーブル: gpt
ディスクフラグ: 

番号  開始    終了    サイズ  ファイルシステム  名前                  フラグ
 1    20.5kB  210MB   210MB   fat32             EFI System Partition  boot
 2    210MB   1000GB  999GB   hfs+              WD1
 3    1000GB  1000GB  650MB   hfs+              Recovery HD

となっていたので

# mount -t hfsplus -o rw /dev/sdb2 /media/hfs

これでいい。

brewでいろいろインストール

$ brew tap brewsci/science
$ brew tap brewsci/bio

$ brew list
bcftools     cufflinks	gmp	  libmagic	 openssl     samtools	   trimmomatic
berkeley-db  curl	gsl	  libmpc	 patchelf    samtools@0.1  unzip
binutils     eigen	hdf5	  libyaml	 pcre	     sphinx-doc    vcftools
blast	     expat	hello	  linux-headers  perl	     sqlite	   xz
boost	     fastqc	hisat2	  lmdb		 pkg-config  sratoolkit    zlib
bowtie	     gcc	htslib	  m4		 python      stringtie
bwa	     gdbm	isl@0.18  mariadb	 python@2    swig
bzip2	     git	libbsd	  mpfr		 readline    szip
cmake	     glibc	libffi	  ncurses	 ruby	     tab

こんな感じかな。実際にインストールをしたのは
bcftools
blast
bowtie
bwa
cufflinks
fastqc
hisat2
mariadb
perl
python
samtools
trimmomatic
vcftools

brewでインストールしたユーザ以外がpythonを利用する場合、