kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

Jetson Nanoにminiforge

Ubuntu20.04にアップグレードできたことだし、Linuxマシンとして色々使うならやはりanaconda入れておきたいよね、と思ったんだがどうやらこれもまたJetsonNanoでは一筋縄では行かないらしい。aarch64用のminiconda-likeな環境であるminiforge(https://github…

Jetson Nano 2GB Ubuntuのアップデート

長いことほったらかしにしていたJetson Nano 2GBの電源を久々に入れてみたら、Ubuntu18.04だった。 B01のほうすらほとんど使い道がなくて放置しているけど、あれは20.04にはしてあったはず。というわけでいちおうシステムをアップデートしておこう。 多分ト…

scRNA-seqやってみる(その3)

時系列や各種処理を与えたサンプル間で比較するなら、それらをマージして同じクラスターで重ね合わせて考えたい。 まずはumapチャートを出力するまで。4つの実験区の比較を行う例をやってみたい。Seuratのハンズオンでは2区の重ね合わせなんだけど、実際に10…

Rの基本的なこと

本当に何もわからないRのお作法で学んだことをメモしとこう。文字列をつなげる > paste ("a", "b") a b 間にスペースが入る。スペースを入れたくなかったら > paste ("a", "b", sep = "") abベクトル(=pythonのリスト)の合成にも使える。随時書き足していく

scRNA-seqやってみる(その2)

ちょっとごちゃごちゃしてきたので一旦整理すると #Seuartパッケージのインストール install.packages('Seurat') library(Seurat) #テストファイルの準備とdirectoryの移動 setwd("~/scrnaseqtest/immune_alignment_matrix/") #data読み込み ctrl.data <- re…

scRNA-seqやってみる(その1)

とりあえずSeuratというRのパッケージで解析すると良いらしい。 ちなみに10xのCell Rangerでマッピングまではやっている前提で。 こちらの情報を参考にやってみることにする。ちょっと古いけど大丈夫かな? Seuratを駆使する会 ① - ばいばいバイオ Rはほんと…

MAiX II DOCKをいじってみる

どうもこれに入っているLinuxはTina-LinuxといってOpenWRTに由来する組み込みLinuxらしいとの情報を得た。 Allwinner Tina Linux · GitHub https://d1.docs.aw-ol.com/en/study/study_1tina/OpenWRT懐かしい。2008年頃、FONという無線LANをみんなでシェアし…

MAiX II DOCK

Amazonでなんか面白いもの売ってないかなと思って彷徨っていたらこれを見つけた。 wiki.sipeed.comえーっとこれが600円? 中身。 KIOXIAの32GB microSDだけで元値超えてるんじゃない? Linuxの走るM2スタイルのCPUボードに64MB DDR2メモリ、2Mピクセルのカメ…

M5Stack ESP32CAM-PSRAM

さらに気をよくしてM5Stack ESP32CAM-PSRAMも試してみる。こちらは入手したもののArduinoで全然使い方が分からずに放置していたのだが。 まず、このボードはESP32-WROVER。メモリはPSRAM,FLASHとも4MBと半分しかない。カメラはOV2640なんだけど魚眼がついて…

M5 Timer Camera X再び

XIAO ESP32S3 senseの運用がうまくいったのに気をよくして、M5 Timer Camera Xの方も上手く使えないかと思い、もう一度引っ張り出してきた。 そして以前作っていたファームウェアを書き込もうとしたらどういうわけかエラーが出てコンパイルができない。 以前…

XIAO ESP32S3 senseがネットワークに繋がりにくい件

ESP32でwifi接続できてOV2640のカメラを搭載した小さい基板であるXIAO ESP32S3 senseをたくさん購入してタイムラプスを撮りまくるはずだったのだが、この基板、どういうわけか無線LANへの接続がうまくいかないことが多い。多いというのは合計8台買ってみた…

Slurmでノードのstateがdrainedになってしまうとき

サブシステムをクラスタ化しようとしてちょっとハマった。 メインシステムはほぼ同じスペックで各ノード256GBメモリを積んでおり、特に問題なくSlurmがインストールできて NODELIST NODES PARTITION STATE CPUS S:C:T MEMORY TMP_DISK WEIGHT AVAIL_FE REASO…

ネットワークの冗長化

サーバとして売られているPCにはたいていネットワークコネクタ(NIC)が2つ以上ついている。 場合によっては2つのNICを使ってネットワークをブリッジさせる目的に使われるが、多くは冗長化によるネットワークの安定を図る目的で使われていると思う。 チーミ…

Slurmの計算ノードのSTATEがdownになったとき

Slurmを運用していて、原因不明で計算ノードが動かなくなった。 sinfoで確認すると # sinfo PARTITION AVAIL TIMELIMIT NODES STATE NODELIST work* up infinite 1 idle kk3 work* up infinite 2 down kk4,kk5みたいな感じ。 それぞれのノードでslurmdのステ…

bowtie2-RSEM

bowtie2によるローカルアライメントを使い、Poly-Tプライマーで作成したcDNAライブラリのRNA-seq解析を行う。まずはbowtie2をインストールする。 $ git clone https://github.com/BenLangmead/bowtie2.git $ cd bowtie2/ $ make $ sudo make install次にリフ…

Flask2.0.0(3.0.0)のBlueprintの使い方

Flask1系から2系にアップデートしたとき、blueprintの使い方がちょっと変わっていてトラブったので覚書。 manage.py ## 2系以降は不要 sqlite.db app----------+ |-__init__.py |-config.py |-models.py |-views---------+ | |-home.py | |-tools.py | |-tem…

Flaskアプリでbotのアクセスを受けたときに拒否する

Flaskのアクセスログを見ていると半分以上がbotのアクセスであった。さらに、過去に生成して、時間経過のために消去した一時ファイルを参照していたりするので、ことごとくエラーになり、無駄な処理をさせられまくっていたので特にしつこくアクセスしてくるI…

RSEMのインストール

今更ですが。これまでメインにはStringTieを発現解析に使っていたが、RSEMも使ってみようと。現状miniconda3の上に環境構築をしているので、 $ conda install rsemとしてみる。その結果、 $ which rsem-calculate-expression ~/miniconda3/envs/ngs/bin/rsem…

RNA-seqデータをde novo アッセンブリーしてUTR配列を含むトランスクリプトアノテーションを作成する。

前提:ゲノム配列の詳細な解析は実施されている。遺伝子予測はCDS領域に限定して実施されている。 やりたいこと:5’3’UTRがどこまでか推測し、cDNA領域のアノテーションを作る。1. Trinityでde novoアセンブリを実行: Trinityを使用してRNA-seqデータからde…

SDI-12コマンド

SDI-12インターフェースで接続した機器とのコミュニケーションについてSDI-12の規格では Bits per second: 1200 Data bits: 7 Parity: 1 Stop bits: 1 Flow Control: 反転(active LOW) で通信することになっている。Arduino,ESP32,M5stack等で接続するなら …

ESP32-WROOM32Eで複数のシリアル通信を行う

他の機器との通信をシリアルポートで行いつつ、他の機器とも通信をしたいということで、通常使用しているシリアルポート以外を使えるようにしたい。 ESP32にはハードウェアシリアルポートが3組用意されており、何も宣言しなくても使える通常使用しているSeri…

水耕栽培用各種センサーをESP32で読み取る

測りたいもの pH EC 水温(pH,ECの温度補正用でもある)購入した機材(メインとなるもの) pHセンサー(https://akizukidenshi.com/catalog/g/gM-12547/) ECセンサー(https://craft-studios.square.site/product/ec-/30) ESP32WROOM32E基板(https://akizukide…

fastp

fastp: an ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor version 0.23.2 usage: fastp [options] ... options: -i, --in1 read1 input file name (string [=]) -o, --out1 read1 output file name (string [=]) -I, --in2 read2 input file name (string [=]) …

ESP32をアクセスポイントにする

ESP32-WROOM-32EをアクセスポイントにしてWifiネットワークのとりあえずの中継地点とする #include <WiFi.h> #include <WiFiClient.h> #include <WiFiAP.h> // Set these to your desired credentials. const char *ssid = "kuroesp"; //SSID const char *pass = "kk********kk"; //password </wifiap.h></wificlient.h></wifi.h>…

M5STACK Timer Camera X

これまでタイムラプスカメラはラズパイベースで作ってきたが、もっと省電力で大量にばら撒くような使い方が必要となってきたのでESP32ベースに移行を考えた。 Amazonを見ていると1000円くらいで2MピクセルのカメラがついたESP32基板が見つかるが、どれもこれ…

おんどとりをwindows以外でどうにかするための調査

別途公開の通信プロトコルを使用し、お客様ご自身でソフトウェアを作成していただければシリアル通信が可能となります。その場合、オプションのシリアル通信ケーブル( T R - 0 7 C )が 必 要 で す 。 と取説には書かれているが、どこにも公開されている感じ…

Rのベンチマーク

#パッケージのインストール install.packages("devtools") devtools::install_github("csgillespie/benchmarkme")注:色々とエラーが出て、それを一つずつ潰していく必要がある。 あまりに色々やったのでなにがクリティカルだったのかわからん。 Ubuntuの情…

AlmaLinux8.7にRStudioをインストール

あんまりRは得意ではないんですが、入れてくれという希望があったためAlmaLinuxに入れてみる。CentOS8にインストールした事例をいくつかみてみたところ $ sudo dnf install epel-release $ sudo dnf config-manager --set-enabled PowerToolsとしろ、と書か…

WSL2でwindows10にext4フォーマットのHDDをマウント

自宅サーバはほぼラボサーバのデータバックアップ用でしかなかったので、Windowsに置き換えることにした。データバックアップディスクをwindowsのフォーマットにしてもいいといえばいいが、ext4のままのほうが楽といえば楽なのでそのままマウントできる方法…

INGOR.1.0.0

理研の玉田さんのSiGN-BNによるベイジアンネットワーク解析を利用させてもらっている。データサンプルとしてRNA-seqデータを投入しているのだが、久々にやり直してみようと思ったらうまく動かない。 実行履歴をもとに同じコマンドを投げても動かないのだ。ど…