kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

データベースアプリ上のtempファイルを介した動作と古いtempファイルの自動削除

これまでデータベースアプリに仕込んだ解析プログラムの中間ファイルだったりダウンロードする解析済みファイルなどは各個人のプライベートフォルダに記録することにしていた。共有のフォルダにtempファイルを落とすようにすると、複数人でアクセスしたとき…

Meta quest 2を複数アカウントで使えない

Metaにブランド名が変わったOculus quest 2を入手したのでセットアップなどをしている。このヘッドセットは買ってから知ったんだけど、基本本体だけで完結して、本体に専用アプリをインストールすれば使える機器であるということらしい。 なんだけど、どうい…

サーバのメモリ整理

なんだか、ツギハギに増設をしていたら気がついたら規格まちまちになってて、遅いものに足を引っ張られてるんじゃないかという気がしてきたので全部調べてみる。 # dmidecode -t memoryServer#0 RX200S7 Locator: DIMM-1A Size: 2048 MB Type: DDR3 Type Det…

CentOS7にpyenv-virtualenvを噛ましてAnacondaを入れてETE3toolkitをインストールする

なんともややこしいが禁断のAnacondaをCentOS7に入れてみる。 とにかくメインのサービスの邪魔をしないように厳重に環境を切り分けておく必要がある。 単純なPythonの環境切り分けなら、venvが今風なんだろうけど、混ぜるな危険のcondaなのでちょっと面倒だ…

Phylogenetic treeを描くためのツールを自分で集める

大方のソフトウェアはバイナリを実行権限つけて/usr/local/bin/におく コンパイルが必要なものは適宜コンパイルしてやはり/usr/local/bin/におくclustalo: Clustal omega ClustalWより新しいアライメントソフトウェア www.clustal.org Mac用のバイナリがダウ…

Anacondaに手を出す

ずっとPythonは素のPython3をつかっている。 Anacondaはいっとき手を出した事はあるが、conda以外のpipでインストールしたライブラリとの折り合いが悪く、結局アンインストールして今に至る。 しかし素のPython3では依存関係がうまく構築できない案件がやは…

coreserverにNode.jsを入れてJbrowseを使いたい

まずNode.jsがCoreserverで使えるのか? 標準状態ではインストールされていないし、root権限がないので通常のインストールもできない。いろいろ調べてみると、nvm (Node Version Manager )を介するとユーザーごとにユーザー権限でインストールし、シェルごと…

PythonからUSB camで写真を撮る

Pythonでは映像周りはopenCVで扱うのが良いようだ。 $ sudo apt install python3-opencvcv2モジュールを読み込んであれこれするようだ。 $ python3 Python 3.8.10 (default, Mar 15 2022, 12:22:08) [GCC 9.4.0] on linux Type "help", "copyright", "credit…

VRoid Studioでアバターに着替えをさせてみる

VR

顔と体はころころ変えると誰かわからんくなるので固定するとして、服装くらいは色々変えてやってもいいよな。 ってことでVRoid Studioを使って服を作ってみる。すでに最初の服もVRoidのプリセットではなく、色を変えてみたりしているのだが。まずはプリセッ…

アバターのアップロード

VRoidで作成したアバターをVRChatにアップロードしてみる。 VRoid StudioはMacにインストールしてMacで作業した。出来上がったアバターをVRMにエクスポートして保存し、UbuntuにUSBメモリで運搬。いろいろ先人のページを見ているとこれをBlenderで微調整して…

アバターの自作

初心者向けのチュートリアルワールドをいくつか回っているうちにステータスがVisitorからNew Userに格上げされたので早速オリジナルなアバターをアップしたい。どうせなら自分で作りたいよ、ってことでVRoid Studio。これは流石にUbuntuでわざわざやることも…

XEONサーバにGTX1650をインストールしてVRChat

GTX1650をインストールした。 もっと強力なグラボのほうがいいのは当然なのだが、NEC Express5800 T110f-EのマザーボードはPCI-eスロットの配置が1x、1x、16x、4xとなっていて4xにRAIDカードが乗っており、SASのHDDx3でRAID5が起動ディスクとなっている。グ…

WEB会議用マイク

Mac

学会発表とか大事な場面でマイクの通りが悪くて何度も失敗しているため(比較的)ちゃんとしたマイクを使ってみようと思いたちこれを買ってみた。888M マランツプロ USBコンデンサーマイク。 コンデンサーマイクと書いてるがエレクトレットコンデンサーマイ…

VRChat

メタバースってのがジワジワきてる。 ってことでVRChatというのを始めることにする。まずはとにかくやってみるということで専用にPCを調達することにした。仮想空間、3Dってことなので3Dヘッドセットが必須なのかと思ったら、まああって悪くはないし、没入…

ETE Toolkitで系統解析

ClustalWはお手軽にアライメントをとって系統樹を描くことが出来る。 しかしClustalWで出力されるdndファイルを使った系統樹は近年、系統樹としてはあまり信頼をされない。 ClustalWで実施される解析は近隣結合法(Neighbor joining method)で、計算量は極…

リストに従ってテキスト置換

FASTAファイルのIDの命名を変更したいと思ったが、scaffoldの数が多すぎて面倒臭すぎるので、自動化したい。変更一覧をrename.listに以下のように記録しておく。 Scaffold1 Scf0001 Scaffold2 Scf0002 Scaffold3 Scf0003 Scaffold4 Scf0004 .......... .....…

Jetson NanoにUSB接続でリモートアクセス

Jetson Nano (B01, 2GB)はイーサネットワーク以外にUSBケーブル直結でリモートアクセスが可能になっている。B01, 2GBともにmicro USBコネクタがついている。B01のそれはデフォルトでは電源供給用となっているが、ピンヘッダでACジャックから供給してやると特…

somocluで自己組織マッピング その2

というわけで定番Irisでやってみよう。 import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt import somoclu import pandas as pd %matplotlib inline from sklearn.datasets import load_iris iris = load_iris() X = iris.data Y = iris.target n_rows, n…

somocluで自己組織マッピング

Self Organized Mappingをpythonでやりたくてsomocluをインストールしてみた。まずはMacに入れてみると、 Python 3.9.6 (default, Jun 29 2021, 06:20:32) [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.29)] on darwin Type "help", "copyright", "credits" or "license"…

Rasberry PiもJetsonNanoも品薄

なんだが世界中半導体不足らしく、Raspberry Pi4とかJetsonNanoが全然手に入らないか、転売ヤーにいいようにされているらしい。 アマゾンは転売ヤーの巣窟なので絶対手を出してはいけないが、頼みの綱の秋葉原、秋月電子でも在庫切れの札ばっかり。まあ今す…

ペプチドをコードするDNAを網羅的に探す。

例えばCLE25ペプチドはArg-Lys-Val-Pro-Asn-Gly-Pro-Asp-Ile-His-Asnからなるが(実際は246bpの前駆体がまず転写され翻訳されるのだが)、このペプチドがどんなゲノムDNA配列から転写翻訳されたかを考えたい。 Arg:CGT/CGC/CGA/CGG/AGA/AGG Lys:AAA/AAG Val:…

Dockerのコンテナをイメージに書き出して別のJetson Nanoに環境を移す

ここまでJetson Nano 2GBでDocker上にPython3環境を作ってきたが、32GBのSDカードだったためちょいと手狭になってきた。 JetsonNano B01のほうは128GBだったので一旦こっちに環境を移して続きの開発を行いたい。ということでDocker-composeで構築したコンテ…

JetsonNanoにMacのディレクトリをマウントする

JetsonNanoとMacはネットワークではなくUSBで直結しているものとする。Mac側の準備 OSはCatalina ユーザーkuroのホームディレクトリをマウントしたい。 % sudo nano /etc/exports /System/Volumes/Data/Users/kuro -maproot=root -network 192.168.55.0 -mas…

Docker-composeでpython3環境をJetson Nanoに作る。

Jetson NanoにDocker-composeを入れるところまではやったので、その先の実際の運用例としてpython環境を構築してみる。Jetson Nanoにも素の状態のpython3はインストールされているのだが、この素のpython環境にごちゃごちゃライブラリをインストールしようと…

Docker-composeをJetson Nanoで使う。

Docker-composeをJetson nanoに入れてdockerの起動を楽にする試み。まずはDocker-composeをインストールする。 sudo apt install python3-pip sudo apt install build-essential libssl-dev libffi-dev python3-dev sudo pip3 install docker-compose ------…

Rspberry piにnumpy

Raspberry piにpipでnumpyを入れようとしたら動かなかった。これまたARMに対応してないらしいね。対応策としては $ sudo apt install python3-numpyと直接インストールするといいらしい。 一旦 $ python3 -m pip uninstall numpyとしてやってからインストー…

Raspberry piにBlastとSamtoolsをインストール

XREAがいまいち融通がきかない。ちょっと規模の大きいFlaskサイトを動かそうとすると負荷がかかりすぎるのか強制終了されてしまい、サーバエラーを返されてしまう。 一旦XREAはペンディングとし、自宅ネットにRaspberry piでwebアプリ設置テストをすることに…

XREAサーバを使う(3)nano編

brewを入れるのは容量的にも得策ではないな、ということで必要なアプリケーションは個別にbuildしてインストールすることにする。 手始めに、nanoエディタを入れてみる。標準ではviは使えるけれど、nanoは入ってなかったので。viでいいじゃないかという意見…

XREAサーバを使う(2) Flask編

Homebrewのインストールは未完。Gitはインストールできたがcurlなど他にも対応しなければならないし、そもそもそこまでいろんなアプリを入れたいわけでもない。せいぜいblastとsamtoolsくらいなので、個別インストールしたほうが早そうなので、一旦ペンディ…

XREAサーバを使う

以前GMOのvalue serverを利用してデータベースサイトの試験運用を行っていた。今回久しぶりに同系列で完全無料で利用できる(広告は入る)XREAのレンタルサーバを使ってサイト構築をしてみようと思う。 無料で使えるのは1GBまでなので大規模なデータベースは…