kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

UbuntuでUnity

久しぶりにVRChatのアバターをアップロードしようとubuntuのUnity Hubを立ち上げて見たところ、一瞬立ち上がった、っと思うとウインドウがすぐ閉じてしまう現象で行き詰まった。 ダブルクリックで起動しているとなにが起こっているのかデバッグできないので…

Macにnode.jsを入れてJbrowse2 webを動かす

これまでIGVをゲノムブラウザに使ってきたが、見た目がなんとなくショボいので、ハッタリのJBrowse2を入れるぜ、でもあんまり基本環境は汚したくないよ。ってことで今どきならDockerなんだろうけど、まあ、とりあえず原始的に外付けHDDに仕込んでみる。まず…

Pythonでベン図

いろいろな条件で遺伝子発現パターンを調べ、各条件に共通した因子を探るときなど、よくベン図を使う。2条件、3条件などのかんたんなものから、単純な円で表現できなくなる4条件以上など。 これを今まで、excelで並べて処理していたんだけど、超面倒くさい。…

ラズパイにキャラクタディスプレイとシャットダウンスイッチ

ラズパイには電源ボタンがない。電源を入れるときはケーブルを刺すだけなので、別に困りはしないが、切るときはネットワーク越しにアクセスするか、キーボードとモニタを繋いでシャットダウンするしかない。もしくはブチっとケーブルを抜くか。ハードディス…

MacbookAir 2010のOSを一旦MacOSに戻す

Mac

Ubuntuを入れてそれなりに使えるようになった2010年式のMacbook Airなんだが動作が軽くなったのはいいが、やはり使い勝手的には今ひとつ。 一旦MacOSに戻そう。 とおもったがインストールメディアが見つからない。 この年式のMacbook Airはまだリカバリ領域…

Circosをインタラクティブに作成するShinyCircos

ゲノム解析論文でよく見かけるCircosなんだが、どうやって描いているのか調べると Requirements // CIRCOS Circular Genome Data Visualization こちらで配布されているアプリを使うらしいことがわかった。しかしこのアプリとっつきにくい。まあconfigをテキ…

Ubuntu20.04にしておく

やはり22.04はちょっとまだ心配なので、実績のある20.04でひとまず構築してみることにする。Ubuntuのインストールからディスクのマウントなどは特に違いはない。Nvidia RTX3060がちゃんと認識されているのか $ lspci | grep -i nvidia 01:00.0 VGA compatibl…

AlphaFold2.2.0をUbuntu22.04に構築したい

$ lspci | grep -i nvidia 01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GA106 [GeForce RTX 3060 Lite Hash Rate] (rev a1) 01:00.1 Audio device: NVIDIA Corporation Device 228e (rev a1) $ uname -m && cat /etc/*release x86_64 DISTRIB_ID…

CentOS7からUbuntu22.04LTSに移行

CentOS7メインでこれまでやってきたけどワークステーションは徐々にUbuntuに移行していこうと思う。とりあえずAlphaFold2を運用しているサーバをUbuntu22.04にしてみる。富士通Primergy TX1310M3なのだが、CentOS7では使えていたsoftware RAID1がどうしてもU…

データベースアプリ上のtempファイルを介した動作と古いtempファイルの自動削除

これまでデータベースアプリに仕込んだ解析プログラムの中間ファイルだったりダウンロードする解析済みファイルなどは各個人のプライベートフォルダに記録することにしていた。共有のフォルダにtempファイルを落とすようにすると、複数人でアクセスしたとき…

Meta quest 2を複数アカウントで使えない

Metaにブランド名が変わったOculus quest 2を入手したのでセットアップなどをしている。このヘッドセットは買ってから知ったんだけど、基本本体だけで完結して、本体に専用アプリをインストールすれば使える機器であるということらしい。 なんだけど、どうい…

サーバのメモリ整理

なんだか、ツギハギに増設をしていたら気がついたら規格まちまちになってて、遅いものに足を引っ張られてるんじゃないかという気がしてきたので全部調べてみる。 # dmidecode -t memoryServer#0 RX200S7 Locator: DIMM-1A Size: 2048 MB Type: DDR3 Type Det…

CentOS7にpyenv-virtualenvを噛ましてAnacondaを入れてETE3toolkitをインストールする

なんともややこしいが禁断のAnacondaをCentOS7に入れてみる。 とにかくメインのサービスの邪魔をしないように厳重に環境を切り分けておく必要がある。 単純なPythonの環境切り分けなら、venvが今風なんだろうけど、混ぜるな危険のcondaなのでちょっと面倒だ…

Phylogenetic treeを描くためのツールを自分で集める

大方のソフトウェアはバイナリを実行権限つけて/usr/local/bin/におく コンパイルが必要なものは適宜コンパイルしてやはり/usr/local/bin/におくclustalo: Clustal omega ClustalWより新しいアライメントソフトウェア www.clustal.org Mac用のバイナリがダウ…

Anacondaに手を出す

ずっとPythonは素のPython3をつかっている。 Anacondaはいっとき手を出した事はあるが、conda以外のpipでインストールしたライブラリとの折り合いが悪く、結局アンインストールして今に至る。 しかし素のPython3では依存関係がうまく構築できない案件がやは…

coreserverにNode.jsを入れてJbrowseを使いたい

まずNode.jsがCoreserverで使えるのか? 標準状態ではインストールされていないし、root権限がないので通常のインストールもできない。いろいろ調べてみると、nvm (Node Version Manager )を介するとユーザーごとにユーザー権限でインストールし、シェルごと…

PythonからUSB camで写真を撮る

Pythonでは映像周りはopenCVで扱うのが良いようだ。 $ sudo apt install python3-opencvcv2モジュールを読み込んであれこれするようだ。 $ python3 Python 3.8.10 (default, Mar 15 2022, 12:22:08) [GCC 9.4.0] on linux Type "help", "copyright", "credit…

VRoid Studioでアバターに着替えをさせてみる

VR

顔と体はころころ変えると誰かわからんくなるので固定するとして、服装くらいは色々変えてやってもいいよな。 ってことでVRoid Studioを使って服を作ってみる。すでに最初の服もVRoidのプリセットではなく、色を変えてみたりしているのだが。まずはプリセッ…

アバターのアップロード

VRoidで作成したアバターをVRChatにアップロードしてみる。 VRoid StudioはMacにインストールしてMacで作業した。出来上がったアバターをVRMにエクスポートして保存し、UbuntuにUSBメモリで運搬。いろいろ先人のページを見ているとこれをBlenderで微調整して…

アバターの自作

初心者向けのチュートリアルワールドをいくつか回っているうちにステータスがVisitorからNew Userに格上げされたので早速オリジナルなアバターをアップしたい。どうせなら自分で作りたいよ、ってことでVRoid Studio。これは流石にUbuntuでわざわざやることも…

XEONサーバにGTX1650をインストールしてVRChat

GTX1650をインストールした。 もっと強力なグラボのほうがいいのは当然なのだが、NEC Express5800 T110f-EのマザーボードはPCI-eスロットの配置が1x、1x、16x、4xとなっていて4xにRAIDカードが乗っており、SASのHDDx3でRAID5が起動ディスクとなっている。グ…

WEB会議用マイク

Mac

学会発表とか大事な場面でマイクの通りが悪くて何度も失敗しているため(比較的)ちゃんとしたマイクを使ってみようと思いたちこれを買ってみた。888M マランツプロ USBコンデンサーマイク。 コンデンサーマイクと書いてるがエレクトレットコンデンサーマイ…

VRChat

メタバースってのがジワジワきてる。 ってことでVRChatというのを始めることにする。まずはとにかくやってみるということで専用にPCを調達することにした。仮想空間、3Dってことなので3Dヘッドセットが必須なのかと思ったら、まああって悪くはないし、没入…

ETE Toolkitで系統解析

ClustalWはお手軽にアライメントをとって系統樹を描くことが出来る。 しかしClustalWで出力されるdndファイルを使った系統樹は近年、系統樹としてはあまり信頼をされない。 ClustalWで実施される解析は近隣結合法(Neighbor joining method)で、計算量は極…

リストに従ってテキスト置換

FASTAファイルのIDの命名を変更したいと思ったが、scaffoldの数が多すぎて面倒臭すぎるので、自動化したい。変更一覧をrename.listに以下のように記録しておく。 Scaffold1 Scf0001 Scaffold2 Scf0002 Scaffold3 Scf0003 Scaffold4 Scf0004 .......... .....…

Jetson NanoにUSB接続でリモートアクセス

Jetson Nano (B01, 2GB)はイーサネットワーク以外にUSBケーブル直結でリモートアクセスが可能になっている。B01, 2GBともにmicro USBコネクタがついている。B01のそれはデフォルトでは電源供給用となっているが、ピンヘッダでACジャックから供給してやると特…

somocluで自己組織マッピング その2

というわけで定番Irisでやってみよう。 import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt import somoclu import pandas as pd %matplotlib inline from sklearn.datasets import load_iris iris = load_iris() X = iris.data Y = iris.target n_rows, n…

somocluで自己組織マッピング

Self Organized Mappingをpythonでやりたくてsomocluをインストールしてみた。まずはMacに入れてみると、 Python 3.9.6 (default, Jun 29 2021, 06:20:32) [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.29)] on darwin Type "help", "copyright", "credits" or "license"…

Rasberry PiもJetsonNanoも品薄

なんだが世界中半導体不足らしく、Raspberry Pi4とかJetsonNanoが全然手に入らないか、転売ヤーにいいようにされているらしい。 アマゾンは転売ヤーの巣窟なので絶対手を出してはいけないが、頼みの綱の秋葉原、秋月電子でも在庫切れの札ばっかり。まあ今す…

ペプチドをコードするDNAを網羅的に探す。

例えばCLE25ペプチドはArg-Lys-Val-Pro-Asn-Gly-Pro-Asp-Ile-His-Asnからなるが(実際は246bpの前駆体がまず転写され翻訳されるのだが)、このペプチドがどんなゲノムDNA配列から転写翻訳されたかを考えたい。 Arg:CGT/CGC/CGA/CGG/AGA/AGG Lys:AAA/AAG Val:…