kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2023-12-11から1日間の記事一覧

RNA-seqデータをde novo アッセンブリーしてUTR配列を含むトランスクリプトアノテーションを作成する。

前提:ゲノム配列の詳細な解析は実施されている。遺伝子予測はCDS領域に限定して実施されている。 やりたいこと:5’3’UTRがどこまでか推測し、cDNA領域のアノテーションを作る。1. Trinityでde novoアセンブリを実行: Trinityを使用してRNA-seqデータからde…