Flask1系から2系にアップデートしたとき、blueprintの使い方がちょっと変わっていてトラブったので覚書。 manage.py ## 2系以降は不要 sqlite.db app----------+ |-__init__.py |-config.py |-models.py |-views---------+ | |-home.py | |-tools.py | |-tem…

Flaskのアクセスログを見ていると半分以上がbotのアクセスであった。さらに、過去に生成して、時間経過のために消去した一時ファイルを参照していたりするので、ことごとくエラーになり、無駄な処理をさせられまくっていたので特にしつこくアクセスしてくるI…

ここまでJetson Nano 2GBでDocker上にPython3環境を作ってきたが、32GBのSDカードだったためちょいと手狭になってきた。 JetsonNano B01のほうは128GBだったので一旦こっちに環境を移して続きの開発を行いたい。ということでDocker-composeで構築したコンテ…

Homebrewのインストールは未完。Gitはインストールできたがcurlなど他にも対応しなければならないし、そもそもそこまでいろんなアプリを入れたいわけでもない。せいぜいblastとsamtoolsくらいなので、個別インストールしたほうが早そうなので、一旦ペンディ…

最終的にここに落ち着いた。 {% extends "base.html" %} {% import "bootstrap/wtf.html" as wtf %} {% block title %}Freezer list{% endblock %} {% block head %} {{ super() }} <link rel="stylesheet" href="https://bossanova.uk/jspreadsheet/v4/jexcel.css" type="text/css" /> </link>

以前チョロっと眺めていたjExcelを使ってウェブアプリに冷凍庫管理表を作ってみる。 javascriptなのでじつはあまり得意ではない。 しかし使い方は結構簡単そうだ。（実は実用するには結構ハードルが高いことは後でわかる） 設置方法は基本HTMLファイルにjava…

$ python3 manage.py runserver Traceback (most recent call last): File "manage.py", line 2, in <module> from app import app, manager File "/Users/kuro/database/app/__init__.py", line 11, in <module> from app.models import * File "/Users/kuro/database/app/m</module></module>…

いやーはまったはまった。 ラズパイ３で作ったwebカメラアプリを3+に入れてやったところ、ほんの数ヶ月の間にソフトウェアの構成がかなり変わったらしく、いろいろ言うことを聞かない。 最後まで手こずったのはタイムラプスで撮った写真をパラパラ漫画的にビ…

flaskで作ったwebアプリの起動を python3 manage.py runserver で行っていたが、このままではシステム立ち上げ時にそのまま起動できるようにならないので、uWSGIを介した起動をしないといけないのかなと思っていたが、flaskをpythonから読み込むのじゃなくて…

@app.route('/') def index(): import matplotlib.pyplot from matplotlib.backends.backend_agg import FigureCanvasAgg import io import random session = Session() q = session.query(Diff).filter(Diff.id <6).filter(Diff.id > 1).all() fig, ax = ma…

さて、Pythonでグラフをかけるようになったので、今度はそれをFlaskでweb上に表示させてみたい。 まえに参照したページはpython2系のコードだったようで、そのままではPython3ではエラーが出る。 なので、エラーを一つずつ潰していったところ @app.route('/'…

matplotlibでグラフを描画するプログラムの中でcStringIOというモジュールが使われているのだけれど、Python3のモジュールには該当するものが見つからない。で、調べてみるとPython3では標準モジュールのioにStringIOが含まれているので from io import Stri…

集計してテーブルを作って、個々のデータから生データであるBAMを参照することはできるようになったが、テーブルを眺めていてもそれ以上進まないので、テーブルからグラフを描かせていきたい。https://qiita.com/5t111111/items/3d9efdbcc630daf0e48f この辺…

ファイルアップロードボタン周りの統一感がほしい。 https://qiita.com/nakapython/items/46d44793827920282f75 ここを参考に。 また、WTFーFlaskのhtmlの書き方は簡単に書くなら <h3>Edit</h3> <form class="form form-group form-group-sm" method="post" role="form"> {{ wtf.form_field(form.edit) }} {{ wtf.form_field(form.colum) }} {</form>…

https://stackoverflow.com/questions/35540885/display-the-contents-of-a-log-file-as-it-is-updated ここに出ているテクニックが使えそうなんだけど、肝心のFlaskの動作ログを開こうとすると固まってしまう。

あるテーブルから別のテーブルに内容をコピーしたいとき q = session.query(Test.id, Test.samp, Test.gene, Test.zygo, Test.count, Test.z_id) ins = insert(Test_temp).from_select( (Test_temp.id, Test_temp.samp, Test_temp.gene, Test_temp.zygo, Tes…

q = select(["exome_temp.SampleName_phenotype, exome_temp.variant_id, exome_temp.variant_id, exome_temp.variant_id"], from_obj=['exome_temp']) ins = insert(Exome_sub2).from_select((Exome_sub2.SampleName_phenotype, Exome_sub2.variant_id, Exo…

まず、お気楽にプログラム中に print('===============') print('process complete') print('===============')みたいな行を挟みまくって標準出力に表示させていたわけだが、 これだとプログラムを走らせているウインドウをずっと見ておかないとならないわけ…

Flaskのお作法では config.pyで設定を定義しておいて UPLOAD_FOLDER = '/User/hogehoge/'__init__.pyで app = Flask(__name__) app.config.from_object('app.config')とやっておくと、メインなプログラム中で app.config['UPLOAD_FOLDER']という感じで使いま…

sample = session.query(Samples) if form.back_drop.data: outfile = open('samples.txt', 'w') outtsv = csv.writer(outfile, delimiter='\t') for record in sample.all(): outtsv.writerow([record.id, record.samplename, record.phenotype, record.alt…

まずはcsvファイルをサーバにアップロードする手順から。 当初Flask-wtfからファイルをアップロードさせようと思っていたが、思いの外要領を得ないため、素のFlaskでまずは構築してみる。 http://flask.pocoo.org/docs/0.12/patterns/fileuploads/ ここを参…

https://qiita.com/ekzemplaro/items/a570f79de254428a151d こんどはこのページを参考に進める。まずはFlaskのアプリを適当に作成。 foovar.py from flask import Flask app = Flask(__name__) @app.route("/") def hello(): return "Hello World!" if __nam…

https://qiita.com/mykysyk@github/items/3ebbd5a787fdbefaf5e8 ここの情報に従ってまずは必要なものをインストールしていく。 ここまでのインストールでepelの部分は入っているようなので yum install nginx --enablerepo=epelflaskはすでに入れたので飛ば…

Macローカルで初期画面をロードしてから、すぐにデータベースを開く操作をしてみるとSQLite版 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:24:29] "GET / HTTP/1.1" 200 - elapsed_time:0.0034799575805664062[sec] 127.0.0.1 - - [25/Dec/2017 19:24:36] "GET /exome/ H…

メインのデータベーステーブルexome_subが子テーブルになっていて、親テーブルexome_countからカラムを読み込んでいるときに、exome_countをDropしようとしたら Cannot delete or update a parent row: a foreign key constraint failsというエラーが出て消…

データベースをSQLiteからMySQLに移植し始めた。出来上がったテーブルを検索したり、カラムにコメントを書き込むだけだと、SQLAlchemyのお陰で、ほとんど手を加えることなく移行ができた。しかし、データベース（テーブル）にデータを追加し、そこから情報を…

テーブル定義を class User_comments(Base): __tablename__ = 'user_comments' id = Column(Integer, primary_key=True, autoincrement=True) user1_comments = Column(String(255)) user2_comments = Column(String(255)) user3_comments = Column(String(2…

これまで、複数項目を選択してORで検索項目に使うとき func = SelectMultipleField('Function', choices=[('exonic', 'exonic'), ('splicing', 'splicing'),・・・・ if form.func.data: exome = exome.filter(Exome_sub.Func_wgEncodeGencodeCompV19.in_(fo…

http://kishiken.com/bootstrap/collapse.html インターフェイスをすっきりさせるべく、こちらの記事を参考に、項目の折りたたみを導入してみた。 1項目をボタンで開閉するパターンと複数項目を順に開閉するパターンを付けてみた。

elapsed_time:0.0021708011627197266[sec] elapsed_time:0.0022499561309814453[sec] elapsed_time:0.002342700958251953[sec] elapsed_time:0.0023527145385742188[sec] elapsed_time:0.002480745315551758[sec] elapsed_time:0.002567768096923828[sec] el…