テーブルをexportして、ファイルとしてローカルにダウンロードなど

    sample = session.query(Samples)

    if form.back_drop.data:
        outfile = open('samples.txt', 'w')
        outtsv = csv.writer(outfile, delimiter='\t')
        for record in sample.all():
            outtsv.writerow([record.id, record.samplename, record.phenotype, record.alt_samplename, record.exome_data, record.Sample_detail, record.Disease_name, record.Disease_Abbreviation, record.Lineage])
        outfile.close()

        return send_file('../samples.txt', as_attachment = True)

まあこんな感じ。

参照
https://stackoverflow.com/questions/2952366/dump-csv-from-sqlalchemy