kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

Docker

Dockerのコンテナをイメージに書き出して別のJetson Nanoに環境を移す

ここまでJetson Nano 2GBでDocker上にPython3環境を作ってきたが、32GBのSDカードだったためちょいと手狭になってきた。 JetsonNano B01のほうは128GBだったので一旦こっちに環境を移して続きの開発を行いたい。ということでDocker-composeで構築したコンテ…

Docker-composeでpython3環境をJetson Nanoに作る。

Jetson NanoにDocker-composeを入れるところまではやったので、その先の実際の運用例としてpython環境を構築してみる。Jetson Nanoにも素の状態のpython3はインストールされているのだが、この素のpython環境にごちゃごちゃライブラリをインストールしようと…

Docker-composeをJetson Nanoで使う。

Docker-composeをJetson nanoに入れてdockerの起動を楽にする試み。まずはDocker-composeをインストールする。 sudo apt install python3-pip sudo apt install build-essential libssl-dev libffi-dev python3-dev sudo pip3 install docker-compose ------…

AlphaFold2.1.0登場

さて、Alphafold2の公開から4ヶ月ほど経ったが、その間に出てきた多量体解析のアイデアなどを取り込んでver2.1がアップされた。 GoogleColabの方ではいち早くバージョンアップがされていたわけだが、gitの本体の方も正式に対応したということか。アップグレ…

AlphaFold2のその後2.2

いろいろわけがわからなくなってきている(特にPython絡み)ので、一旦minicondaもbrewで入れたpython3もアンインストールした。(minicondaは~/miniconda3にインストールされているのでフォルダまるごとrm -rf) (python3は $brew uninstall python3したあ…

Docker チートシート1

とりあえず慣れてしまえばなんてことはないはずなんだが、基本(既存のimageをリポジトリからダウンロード、コンテナを作成、起動、停止、削除のサイクル) docker container run hoge --name hoge001 または docker run hoge --name hoge001hogeがdocker ima…

Jetson nanoを使ってDockerの使い方を学習する

とおもって始めてみたが、いきなりハマった。ネットワークをDockerで構築するのを試してみようと $ docker network create test_network001のようにやった。次にWordpressコンテナでも動かしてみよう、と思い、それにはMySQLがいるね、ってことで $ docker r…

AlphaFold2の衝撃

とりあえず試してみておかないと。qiita.comただ、GPUがまともなものがない。試してみた環境は以下の通り CPU: Xeon E3-1230V6 Memory: 64GB Storage: 2GB(2GB x2 RAID1) + 8TB(4TBx2 RAID0) GPU: GeForce GT710(1M)まずは何も考えずにランしてみると $ pyth…

CentOS7上のDockerでDeep learning環境を構築

とりあえずDockerをインストールしてrunできる所まで来たのでいよいよDeep learning環境を構築していこうと思う。やることとしてはまずCentOS7にnvidiaのドライバを入れる。これは基本以前にやったとおりでいい。 k-kuro.hatenadiary.jp [kkuro@E5800-T110f-…

CentOS7にDocker

これまでデスクトップサーバで深層学習環境をUbuntuに構築するこころみをしてきたが、やはり時代はDockerだな、ということでUbuntuにDockerをインストールしたりまではやっていたのだが、なんというかやはりサーバとしてはUbuntuって凄く使い難い。なんか専…

Deep learningをDockerで構築

今どきDockerくらい使えないと、というわけですよ。Install Docker Engine on Ubuntu | Docker Documentation apt パッケージを更新し、必要なパッケージをインストール $ sudo apt-get update $ sudo apt-get -y install curl \ apt-transport-https \ ca-c…