kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

Server

Macにnode.jsを入れてJbrowse2 webを動かす

これまでIGVをゲノムブラウザに使ってきたが、見た目がなんとなくショボいので、ハッタリのJBrowse2を入れるぜ、でもあんまり基本環境は汚したくないよ。ってことで今どきならDockerなんだろうけど、まあ、とりあえず原始的に外付けHDDに仕込んでみる。まず…

Ubuntu20.04にしておく

やはり22.04はちょっとまだ心配なので、実績のある20.04でひとまず構築してみることにする。Ubuntuのインストールからディスクのマウントなどは特に違いはない。Nvidia RTX3060がちゃんと認識されているのか $ lspci | grep -i nvidia 01:00.0 VGA compatibl…

CentOS7からUbuntu22.04LTSに移行

CentOS7メインでこれまでやってきたけどワークステーションは徐々にUbuntuに移行していこうと思う。とりあえずAlphaFold2を運用しているサーバをUbuntu22.04にしてみる。富士通Primergy TX1310M3なのだが、CentOS7では使えていたsoftware RAID1がどうしてもU…

サーバのメモリ整理

なんだか、ツギハギに増設をしていたら気がついたら規格まちまちになってて、遅いものに足を引っ張られてるんじゃないかという気がしてきたので全部調べてみる。 # dmidecode -t memoryServer#0 RX200S7 Locator: DIMM-1A Size: 2048 MB Type: DDR3 Type Det…

アバターのアップロード

VRoidで作成したアバターをVRChatにアップロードしてみる。 VRoid StudioはMacにインストールしてMacで作業した。出来上がったアバターをVRMにエクスポートして保存し、UbuntuにUSBメモリで運搬。いろいろ先人のページを見ているとこれをBlenderで微調整して…

XEONサーバにGTX1650をインストールしてVRChat

GTX1650をインストールした。 もっと強力なグラボのほうがいいのは当然なのだが、NEC Express5800 T110f-EのマザーボードはPCI-eスロットの配置が1x、1x、16x、4xとなっていて4xにRAIDカードが乗っており、SASのHDDx3でRAID5が起動ディスクとなっている。グ…

VRChat

メタバースってのがジワジワきてる。 ってことでVRChatというのを始めることにする。まずはとにかくやってみるということで専用にPCを調達することにした。仮想空間、3Dってことなので3Dヘッドセットが必須なのかと思ったら、まああって悪くはないし、没入…

Dockerのコンテナをイメージに書き出して別のJetson Nanoに環境を移す

ここまでJetson Nano 2GBでDocker上にPython3環境を作ってきたが、32GBのSDカードだったためちょいと手狭になってきた。 JetsonNano B01のほうは128GBだったので一旦こっちに環境を移して続きの開発を行いたい。ということでDocker-composeで構築したコンテ…

Rspberry piにnumpy

Raspberry piにpipでnumpyを入れようとしたら動かなかった。これまたARMに対応してないらしいね。対応策としては $ sudo apt install python3-numpyと直接インストールするといいらしい。 一旦 $ python3 -m pip uninstall numpyとしてやってからインストー…

XREAサーバを使う(3)nano編

brewを入れるのは容量的にも得策ではないな、ということで必要なアプリケーションは個別にbuildしてインストールすることにする。 手始めに、nanoエディタを入れてみる。標準ではviは使えるけれど、nanoは入ってなかったので。viでいいじゃないかという意見…

XREAサーバを使う(2) Flask編

Homebrewのインストールは未完。Gitはインストールできたがcurlなど他にも対応しなければならないし、そもそもそこまでいろんなアプリを入れたいわけでもない。せいぜいblastとsamtoolsくらいなので、個別インストールしたほうが早そうなので、一旦ペンディ…

XREAサーバを使う

以前GMOのvalue serverを利用してデータベースサイトの試験運用を行っていた。今回久しぶりに同系列で完全無料で利用できる(広告は入る)XREAのレンタルサーバを使ってサイト構築をしてみようと思う。 無料で使えるのは1GBまでなので大規模なデータベースは…

Express5800/110e-1EのHDDマウンタ

かなーり需要の薄い情報。もう随分前になるが、NECの1UサーバにHDDを増設しようとしてHDDマウンタ(おそらくExpress5800/110d以前のもの、ラッチのパーツが緑色)を入手してみたところ、世代が違うと微妙にフィットせず使用できなかった、ということがあっ…

富士通サーバPRIMERGY RX200S7にIvy BridgeのCPUは搭載可能か

駄目でした。ちーん。 そうとう今更なんだが・・・RX200S7はE5-2600系のSandy Bridge世代のXeon CPUを搭載している。 Intelのtic-toc戦略によりSandy Bridgeとその次の世代のIvy Bridgeは同一アーキテクチャで基本互換性があることになっている。この基本、…

Fujitsu Primergy TX1310M3をDeep Learningマシンに仕立てる

手持ち機材をやりくりして深層学習マシンを仕立てようということで、一番遊んでいるTX1310M3に白羽の矢を立てた。 一応16x のPCI Express 3.0スロットがあるし、CPUもXeon E3-1230v6に換装し、64GBメモリ、8TB+1TBのRAIDも組めるし。 ってことでGPUを調達。…

8xのRAIDカードを1xに刺すとダメダメになるのか検証

Haswellなxeonの中古サーバを試験用に保持しているのだが、PCIeスロットが1x/1x/16x/4xと結構しょぼい。 4xにN8103-150というRAIDカードが刺さっており、こちらから2.5inch 450GB SAS HDDが3枚RAID5構成で接続されている。 しかしこのカードがここにいるとせ…

ラボ内サーバ体制の見直し

これまで、Fujitsu Primergy RX1330m3 をNGS解析用Cluster head node兼データベースサーバ兼WEBアプリサーバ兼開発プラットフォームというふうにフルに使っていた。 しかしデータベース&WEBアプリをラボメンバーがよく使うようになってきて、NGS解析で無理…

vncserverが起動しなくなった。

.vncディレクトリのログファイルを見ると Xvnc TigerVNC 1.8.0 - built Nov 16 2020 16:47:50 Copyright (C) 1999-2017 TigerVNC Team and many others (see README.txt) See http://www.tigervnc.org for information on TigerVNC. Underlying X server rel…

画像解析用サーバを考える。

兎に角デカイ画像ファイルを弄る必要があってメモリがMacminiじゃ足りない。 ということでサーバを一つ拵えようかと思っている。スペックを考えるに CPU:Xeon scalable (2nd Gen)で8コア以上 メモリ:128G以上、予算の許す限り。 MB:シングルCPUボードでも…

linuxbrewをCentOS7にいまさらながら入れる

インストールしたまんま放置されていたCentOS7にいまさらながらにLinuxbrewを入れようとしてどつぼにはまり中。自分の覚書の通りにまずやってみたらいきなり怒られる。 $ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/linuxbrew/go/in…

KVM環境をホストの電源オンオフと連動

ホストの電源を入れたら自動で起動させるには $ sudo virsh list --all Id Name State ---------------------------------------------------- 1 centos7 running - centos8 shut off $ sudo virsh autostart centos7ホストをシャットダウンするとき自動的に…

Fujitsu PRIMERGY TX1310M3にCentOSをインストールする

昨年度末にディスコン間近と思われるTX1310M3を購入したっきり、全然時間がなくて放置してあったのだが、ちょっと触ってみる。まず、これまでのRX200や300とはBIOSがUEFIになっている点でかなり勝手が違う。同じUEFIのRX1330M3ともなにやら違っていてこのTX1…

最近のサーバ構成

サーバ CPU メモリ 理論性能 RX1330M3 E3-1230v6(4C/8T, 3.50GHz) DDR4-2400 (PC4-19200E) UDIMM 64GB 224.0GFLOPS RX300S7 E5-2667(6C/12T, 2.90GHz)x2 DDR3-1600 (PC3L-12800R) LV-RDIMM 32GB 278.4GFLOPS RX300S7 E5-2643(4C/8T, 3.30GHz)x2 DDR3-1600 (P…

Fujitsu Primergy TX1310M3にUbuntuをインストールしたい

ファイルサーバ兼深層学習プラットフォームとして使用するつもりでTX1310M3を入手してみた。 これまで富士通のサーバにはCentOS7をインストールして使ってきたのだが、深層学習プラットフォームとしてはRedhat系のCentOSよりDebian系のUbuntuの方が構築しや…

RX200S6のオンボードSATA software RAIDを使わないでCentOS7をインストール

諸般の事情でRX200S6のRAIDカードを他に回したところ、enbedded MegaRAIDがCentOS7ではドライバがなくて使えないということになり、まあ引退して部品取りでもいいかと思っていたのだけれど、せっかくあるハードウェアを眠らせておくのももったいないというこ…

Express5800/R110e-1EにCentOS7をインストールしてファイルサーバにする

ここまで基本FujitsuのPrimergyシリーズでサーバを構築してきたのだが、ファイルサーバを別個に立てる必要性が出てきた。 ファイルサーバなのでそんなに強力なCPUもいらないけど、3.5インチHDDが4台くらいは内蔵できてほしい&ラック型1Uで場所を取らない&…

またまたサーバの構成をいじる

サーバ CPU メモリ 理論性能 RX1330M3 E3-1230v6(4C/8T, 3.50GHz) 2400 UDIMM 64GB 224.0GFLOPS RX300S7 E5-2667(6C/12T, 2.90GHz)x2 1600 LV-RDIMM 32GB 278.4GFLOPS RX300S7 E5-2643(4C/8T, 3.30GHz)x2 1600 LV-UDIMM 24GB 211.2GFLOPS RX200S7 E5-2630(6C…

Deep learning マシンを変更

手持ちのサーバの構成を考え、Deep learningの環境テストを行うノードをPRIMERGY RX200S6に移した。手順は クラスタから切り離す。 一般ユーザを作成。 グラボを移し替え。 NVIDIAのドライバインストール。 CUDAのインストール。 pyenvインストール。 anacon…

プロジェクト進捗管理とコミュニケーションツールの構築

現在ラボメンバー間の情報共有にはSlack、Benchiling、Google calendarとバラバラのツールを使っている。 そこにプロジェクト進捗管理グループウェアを追加しようということになったので、RedMineをサーバに立ち上げてみた。 だが、うちのサーバはファイアウ…

サーバのメモリ構成を整理

サーバ CPU メモリ 理論性能 RX1330M3 E3-1230v6(4C/8T, 3.50GHz) 2400 UDIMM 64GB 224.0GFLOPS RX300S7 E5-2667(6C/12T, 2.90GHz)x2 1600 LV-RDIMM 32GB 278.4GFLOPS RX300S7 E5-2643(4C/8T, 3.30GHz)x2 1600 LV-UDIMM 24GB 211.2GFLOPS RX200S7 E5-2620(6C…