kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

Server

KVM環境をホストの電源オンオフと連動

ホストの電源を入れたら自動で起動させるには $ sudo virsh list --all Id Name State ---------------------------------------------------- 1 centos7 running - centos8 shut off $ sudo virsh autostart centos7ホストをシャットダウンするとき自動的に…

Fujitsu PRIMERGY TX1310M3にCentOSをインストールする

昨年度末にディスコン間近と思われるTX1310M3を購入したっきり、全然時間がなくて放置してあったのだが、ちょっと触ってみる。まず、これまでのRX200や300とはBIOSがUEFIになっている点でかなり勝手が違う。同じUEFIのRX1330M3ともなにやら違っていてこのTX1…

最近のサーバ構成

サーバ CPU メモリ 理論性能 RX1330M3 E3-1230v6(4C/8T, 3.50GHz) DDR4-2400 (PC4-19200E) UDIMM 64GB 224.0GFLOPS RX300S7 E5-2667(6C/12T, 2.90GHz)x2 DDR3-1600 (PC3L-12800R) LV-RDIMM 32GB 278.4GFLOPS RX300S7 E5-2643(4C/8T, 3.30GHz)x2 DDR3-1600 (P…

Fujitsu Primergy TX1310M3にUbuntuをインストールしたい

ファイルサーバ兼深層学習プラットフォームとして使用するつもりでTX1310M3を入手してみた。 これまで富士通のサーバにはCentOS7をインストールして使ってきたのだが、深層学習プラットフォームとしてはRedhat系のCentOSよりDebian系のUbuntuの方が構築しや…

RX200S6のオンボードSATA software RAIDを使わないでCentOS7をインストール

諸般の事情でRX200S6のRAIDカードを他に回したところ、enbedded MegaRAIDがCentOS7ではドライバがなくて使えないということになり、まあ引退して部品取りでもいいかと思っていたのだけれど、せっかくあるハードウェアを眠らせておくのももったいないというこ…

Express5800/R110e-1EにCentOS7をインストールしてファイルサーバにする

ここまで基本FujitsuのPrimergyシリーズでサーバを構築してきたのだが、ファイルサーバを別個に立てる必要性が出てきた。 ファイルサーバなのでそんなに強力なCPUもいらないけど、3.5インチHDDが4台くらいは内蔵できてほしい&ラック型1Uで場所を取らない&…

またまたサーバの構成をいじる

サーバ CPU メモリ 理論性能 RX1330M3 E3-1230v6(4C/8T, 3.50GHz) 2400 UDIMM 64GB 224.0GFLOPS RX300S7 E5-2667(6C/12T, 2.90GHz)x2 1600 LV-RDIMM 32GB 278.4GFLOPS RX300S7 E5-2643(4C/8T, 3.30GHz)x2 1600 LV-UDIMM 24GB 211.2GFLOPS RX200S7 E5-2630(6C…

Deep learning マシンを変更

手持ちのサーバの構成を考え、Deep learningの環境テストを行うノードをPRIMERGY RX200S6に移した。手順は クラスタから切り離す。 一般ユーザを作成。 グラボを移し替え。 NVIDIAのドライバインストール。 CUDAのインストール。 pyenvインストール。 anacon…

プロジェクト進捗管理とコミュニケーションツールの構築

現在ラボメンバー間の情報共有にはSlack、Benchiling、Google calendarとバラバラのツールを使っている。 そこにプロジェクト進捗管理グループウェアを追加しようということになったので、RedMineをサーバに立ち上げてみた。 だが、うちのサーバはファイアウ…

サーバのメモリ構成を整理

サーバ CPU メモリ 理論性能 RX1330M3 E3-1230v6(4C/8T, 3.50GHz) 2400 UDIMM 64GB 224.0GFLOPS RX300S7 E5-2667(6C/12T, 2.90GHz)x2 1600 LV-RDIMM 32GB 278.4GFLOPS RX300S7 E5-2643(4C/8T, 3.30GHz)x2 1600 LV-UDIMM 24GB 211.2GFLOPS RX200S7 E5-2620(6C…

富士通PRIMERGY RX300S7で深層学習の学習環境を構築してみる(2)

続き次にanacondaを入れる 最初普通にanacondaのサイトからインストーラをダウンロードしてきて $ bash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.shとインストールしてtensorflowをpipで入れて・・・とやってみたのだが、glibcのバージョンがCentOS7では2.17、tensorfl…

富士通PRIMERGY RX300S7で深層学習の学習環境を構築してみる

データ解析をする上で無視できない深層学習(deep learning)を使えるように勉強中なのだが、手元に実機があったほうがいろいろと試せて良いだろう、ということでサーバの1ノードを深層学習用GPUマシンにすることにした。 当初RX200S7 (XEON E5-2620 x2)の1U…

VALUE-SERVERにRedmine

うまくいかないよー libcのバージョンが古すぎるからbrewでインストールしたけど、そっちを使ってくれない。

value serverでレンタルサーバー

某大学内でサーバを建ててあれこれやっているが、外部からアクセスできるようには、なかなかさせてもらえないので、学外にサーバを建てることにした。 といっても、物理サーバを管理することもできないので、レンタルサーバでお茶を濁す。 とにかく料金が安…

3世代5CPU対決

RX1330M3 E3-1230 v6 3.5GHz 4C8T 224.0GFLOPS 18/11/06 13:06:26 [M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs [M::process] read 1815774 sequences (80000053 bp)... [M::process] read 1833396 sequences (80000011 bp)... [M::mem_process_seqs] Pr…

UPSを導入ーterastationとサーバの両方を連動してシャットダウンー

停電や不慮の電源トラブルに備えてオムロンのUPSを導入した。全サーバー群の電源を確保できるような大容量のUPSは高価なため、WEBサービス用データを保持しているヘッドノードとNFSサーバとして使っているTeraStationだけでもつないでおけるようにと、750Wの…

3世代のサーバの能力を検証してみた

ベンチマークソフトを使ってもいいけど、実際に仕事に使うスクリプトを処理するのにかかる時間を計測したほうが意味があるだろう。 ということで、試しにBAMファイルをcufflinksにかけて遺伝子発現量を算出させてみた。 処理してみたBAMファイルは 1, 4.4GB…

XEON覚書

富士通 PRIMERGY RX200S6 xeon E56xx (Nehalem もしくはWestmere) 同世代のNEC→Expres5800/R120a-1 xeon E55xx, Expres5800/R120b-1 xeon E55xx, E56xx富士通 PRIMERGY RX200S7 xeon E5-26xx (Sandy Bridge) 同世代のNEC→Expres5800/R120d-1 xeon E5-24xx, …

サーバのネットワークをうまく組みたい

現状の整理 イントラネットには現状無線LANルータ設置しか申請してないので、サーバも無線LAN下にある。 更に、居室にサーバを置けないので、別室に設置している関係で、無線LANルータからは中継機でwifiを飛ばし接続という回りくどさ。 さらに、server2はHD…

CentOS7にすることにした。

CentOS6.2にて環境構築を試みるも、やっぱりちょっとあちこち古くて、構築に難儀しそうだったので、最新の7を入れることにした。そうしたところ自分の知っているコマンドと色々変わっているらしく、それはそれで色々苦労しそうな予感。まずはネットワークの…

自前鯖ゲット

というわけで出来心から中古ラックマウントサーバマシンを入手してしまった。 富士通のPRIMERGYシリーズで、5年保守期間が切れて市場に出たものの、大量に売れ残って投げ売りされている2010年ごろのモデル RX200 S6がそれだ。 http://jp.fujitsu.com/platfo…