あんまりRは得意ではないんですが、入れてくれという希望があったためAlmaLinuxに入れてみる。CentOS8にインストールした事例をいくつかみてみたところ $ sudo dnf install epel-release $ sudo dnf config-manager --set-enabled PowerToolsとしろ、と書か…

理研の玉田さんのSiGN-BNによるベイジアンネットワーク解析を利用させてもらっている。データサンプルとしてRNA-seqデータを投入しているのだが、久々にやり直してみようと思ったらうまく動かない。 実行履歴をもとに同じコマンドを投げても動かないのだ。ど…

私の用途としては大量のデータの処理、という方がメインなのでクラスタと言ってもノードをまたぐ並列処理よりもバッチシステムのほうがよく使う。しかしノードをまたぐような大規模解析も時々行うことがあって、これまではスパコンを使ってやっていた。せっ…

さて、サーバ間でユーザとディレクトリを共有できるようになったので、次にジョブスケジューラを導入してサーバクラスタとしたい。 これまでCentOS７ではTORQUEを使ってきたのだが、どうも８系以降ではインストールができないらしい。有料のSGEという選択肢…

新しいサーバマシンが導入されたため、環境をセットアップする。 これまでサーバはCentOS7を並列クラスタ、データベース用に使用し、AlphaFold2用GPUサーバに限ってUbuntu20.04をインストールしていた。 CentOS7のサポート期限が来年ということで、5年はあま…