さて、Alphafold2の公開から4ヶ月ほど経ったが、その間に出てきた多量体解析のアイデアなどを取り込んでver2.1がアップされた。
GoogleColabの方ではいち早くバージョンアップがされていたわけだが、gitの本体の方も正式に対応したということか。
アップグレードのキモとしては使用するデータベースを2つ更新、2つ追加ということになっている。
ダウンロードのやり方はmoriwakiさんのページを見てもらうｗことにして、一点だけ。
Docker imageの構築の際、以前はrun_docker.pyのなかで、データベースのディレクトリや、結果の出力先を設定しておくことになっていたが、今回その設定は廃されて跡形もない。
代わりに解析の実行時に引数で
--data_dir='/mnt/ssd/af_database' --output_dir='/mnt/ssd/af_results'
のように与えることになったようだ。
ちょっと悩んだので共有しとく。
