kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2017-12-01から1日間の記事一覧

インプットファイルの整形からSQLiteへのインポートまでを1スクリプトで

import glob import csv import os def cat_input_files(lst): for f in lst: with open(f, 'r') as inp: reader = csv.reader(inp, delimiter='\t') next(reader) for row in reader: with open('./temp/temp.txt', 'a') as oup: writer = csv.writer(oup, …

多数のテキストファイルからヘッダ行を除いて1つのファイルにまとめる

#!/bin/sh #ls /target/multiannovar/filtered/files > list.txt #list.txtを引数として # $ sh ./input_files.sh list.txt mkdir -p ./temp filename=$1 for line in `cat ${filename}` do fname="${line##*/}" #ファイルからヘッダ行を除く sed -e '1d' $l…