kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

Linux

クラスタにするかただの並列にするか

https://qiita.com/yubais/items/7c40227a17569dc9d412http://www.kurobuti.com/linux_server/?page_id=58 ディスクレスクライアント https://www.server-world.info/query?os=CentOS_7&p=pxe&f=4まずは入れてみる。 最初に導入したサーバーのイーサネットポ…

redmineのインストール

少人数とはいえいくつかのプロジェクトが同時に走っていて、かつそのなかのルーチンワークなどを数人の研究補佐員さんに手伝ってもらっている状況で、人員の配分がいまひとつ整理されていない状況を打破するべく、グループウェアのようなものを導入してみよ…

テスト運転

さて、早速 見せてもらおうか、富士通の中古サーバーの性能とやらを (注:ガ◯ダ◯って実は殆どみたことないんだが)大体270MBくらいのfastq.gzファイルを4つ trimmomatic SE \ -threads $cpu -phred33 -trimlog log.trimlog \ ./fastq_files/"$samp"_"$exp"…

CentOS7にNGS関連のソフトウェアをインストール

まずとにかくyumでwgetとnanoだけは入れておく。そのうえでlinuxbrewを入れてしまえば、ほぼ問題なく殆どの環境が構築できてしまった。 http://linuxbrew.sh Linuxbrewのインストール方法は上のサイトのままでOK幾つかのソフトは $ brew tap brewsci/science…

CentOS7にすることにした。

CentOS6.2にて環境構築を試みるも、やっぱりちょっとあちこち古くて、構築に難儀しそうだったので、最新の7を入れることにした。そうしたところ自分の知っているコマンドと色々変わっているらしく、それはそれで色々苦労しそうな予感。まずはネットワークの…

自前鯖ゲット

というわけで出来心から中古ラックマウントサーバマシンを入手してしまった。 富士通のPRIMERGYシリーズで、5年保守期間が切れて市場に出たものの、大量に売れ残って投げ売りされている2010年ごろのモデル RX200 S6がそれだ。 http://jp.fujitsu.com/platfo…

D&Dの挙動

引数としてファイルをD&Dした場合 dd_test.sh #!/bin/sh dd_data=$@ echo $dd_datahoge1.txtというファイルをD&D $ dd_test.sh '/home/hogehoge/hoge1.txt' /home/hogehoge/hoge1.txt' 'なしで返ってくる 途中でreadコマンドで読み込む場合 dd_test1.sh #!/b…