ゲノム解析論文でよく見かけるCircosなんだが、どうやって描いているのか調べると
Requirements // CIRCOS Circular Genome Data Visualization
こちらで配布されているアプリを使うらしいことがわかった。しかしこのアプリとっつきにくい。まあconfigをテキストで書いてその指示通りに画像を作るという仕組みなので、シンプルではあるんだが、パラメータが多すぎて、どこから手を付けていいのかわからない。そこで世の中にはこのアプリをバックエンドに用いて、GUIで使いやすくするような取り組みがたくさんなされている。まあそうなるわな。私も自分で作るつもりになって調べてみたらすでに作っていることを知ったわけだし。
いくつかプロジェクトはあるし、有料ソフトみたいなものもあるようだが、もともとRで書かれているアプリなのでRのpackageでGUIをラッピングしているのがシンプルに良いだろうと言うことでShinyCircosというものをためしてみることにする。
github.com
すでにwebサービスとしても公開されているらしいが、推奨としてはローカルにインストールしてね、もしくはサーバにインストールして使ってね、ってことだったので、まずはサーバに入れてみよう。
ターゲットはいつものCentOS7だ。
Rはローカルには入れているがサーバには入れていなかったのでまずはそこから。
$ sudo yum install R $ which R /usr/bin/R
でwebページに従って
> install.packages("shiny")
> install.packages("circlize")
> install.packages("RColorBrewer")
> install.packages("data.table")ここまでは問題なくOK
> install.packages("RLumShiny")
パッケージを ‘/home/kuro/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6’ 中にインストールします
(‘lib’ が指定されていないため)
警告メッセージ:
パッケージ ‘RLumShiny’ が利用できません (for R version 3.6.0) あれあれ？これはなんだ？
いろいろ調べてみたけど解決できず・・・一旦CentOS7は置いておいてMacにローカルでインストールしてみるか。
MacにはRもRStudioも入っていたので、RStuidioを起動し、
> install.packages("shiny")
> install.packages("circlize")
> install.packages("RColorBrewer")
> install.packages("data.table")
> install.packages("RLumShiny")お、問題なくインストールされた。
> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
エラー: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see https://bioconductor.org/installなに？
どうもBioconductorの使い方が変わっているらしいな。
Bioconductor: Genomicデータ解析ツール群 - Heavy Watal
> install.packages("BiocManager")
> BiocManager::install(c("GenomicRanges"))こうするらしい。で、
> shiny::runGitHub("shinyCircos", "venyao") 
でけた。
このやり方だと、毎回起動するたびにGitHubからソースを一時フォルダにダウンロードすることになるので、ローカルにダウンロードしておいて
> library(shiny)
> runApp("/Applications/shinyCircos-master", launch.browser = TRUE)とするといいようだ。
CentOS7へのインストールは課題だな。
とりあえず直接ダウンロードしてインストールしてみる。
$ wget https://cran.r-project.org/src/contrib/RLumShiny_0.2.3.tar.gz $ R CMD INSTALL RLumShiny_0.2.3.tar.gz * installing to library '/home/rnaseq/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.6' エラー：このRはバージョン 3.6.0です。パッケージ 'RLumShiny' は R >= 4.0 を必要とします。
まず、CentOS7にyumでインストールできるRがR3.6.0だけど、RLumShinyが4.0以上を要求するらしい。
なので、epelから入れたR3.6をアンインストールして、代わりに4.0.5のソースをとってきてコンパイルしてインストールだな。
$ sudo yum remove --enablerepo=epel -y R $ ls /usr/bin | grep "R" $ sudo rm -rf /usr/bin/R $ sudo rm -rf /usr/bin/Rscript $ wget https://cran.r-project.org/src/base/R-4/R-4.0.5.tar.gz $ tar -zxvf R-4.0.5.tar.gz $ cd R-4.0.5 $ sudo ./configure ・・・・・ configure: error: "--with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available"
ここでエラーが出る。
この対処として
$ sudo yum install xorg-x11-server-devel libX11-devel libXt-devel
OK
$ sudo ./configure $ sudo make $ sudo make check $ sudo make install $ R --version R version 4.0.5 (2021-03-31) -- "Shake and Throw" Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. You are welcome to redistribute it under the terms of the GNU General Public License versions 2 or 3. For more information about these matters see https://www.gnu.org/licenses/.
これで良いはず。
$ sudo su - \
-c "R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
$ wget https://download3.rstudio.org/centos7/x86_64/shiny-server-1.5.18.987-x86_64.rpm
$ sudo yum install --nogpgcheck shiny-server-1.5.18.987-x86_64.rpm
