XREAがいまいち融通がきかない。ちょっと規模の大きいFlaskサイトを動かそうとすると負荷がかかりすぎるのか強制終了されてしまい、サーバエラーを返されてしまう。
一旦XREAはペンディングとし、自宅ネットにRaspberry piでwebアプリ設置テストをすることに方針変更。
python3環境はとりあえずできているが、bioinfo系のアプリが入っていないのでそのあたりの環境構築から実施することにする。
Raspberry piはARMなのでbrewが使えないのでやはり個別インストールするしかない。
(Apple M1には対応しているんだからLinuxbrewも対応してくれても良さそうなもんだが）
まずsamtools
www.htslib.org
ここからソースをダウンロード
$ wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.14/samtools-1.14.tar.bz2 $ tar -xf samtools-1.14.tar.bz2 $ cd samtools-1.14 $ ./configure --prefix=$HOME
そうするとエラー
configure: error: curses development files not found
なので
$ sudo apt-get install libcurses-*
気を取り直して
$ ./configure --prefix=$HOME configure: error: libbzip2 development files not found
まだだ、
$ sudo apt-get install libbz2-dev $ ./configure --prefix=$HOME configure: error: liblzma development files not found
うーむ
$ sudo apt-get install liblzma-dev
これでようやくconfigureができた。あとは
$ make $ make install
これでOK適当にパスの通ったところにsamtoolsをコピーしておく。
つぎにBlast
ftp.ncbi.nlm.nih.gov
ここからダウンロードするのだがlinuxのバイナリ
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz
はintel用なのでraspberry piでは動かず。
なのでやはりソースからbuild
$ wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.12.0+-src.tar.gz $ tar -xvzf ncbi-blast-2.12.0+-src.tar.gz $ cd ncbi-blast-2.12.0+-src/c++ $ ./configure --prefix=$HOME $ make $ make install
