kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

2018-08-06から1日間の記事一覧

bwaでtranscript.faにマッピングしたあとcufflinksで解析するには

bwaを使ってRNAseqのリードをtranscript.faをリファレンスとしてマッピング、出来上がったBAMファイルからcufflinksでFPKMを得ようとしたが、gtfファイルが無いので、FPKMを計算すると、マッピング領域のゆらぎを反映して1つのtranscriptの中にいくつかのloc…