１色法 最近の主流。同じ遺伝子セットの複数のレプリカスライドを用いて、各種条件での遺伝子発現プロファイルをそれぞれハイブリダイゼーションによって検出する。
２色法 以前は良く行われていた方法だが、最近はあまりされないようだ。2つの異なる条件や、組織由来のRNAサンプルを検出波長の異なる蛍光色素でそれぞれ標識し、1セットのマイクロアレイスライドに対してハイブリダイゼーションを行うことで、2者のプロファイルを同時に検出する。
メリット、デメリットはどちらの方法にもあるようだ。
１色法のメリットは３種類以上の条件や組織間のプロファイルを一気に、もしくは順次取得できること。デメリットは、ハイブリの条件を実験ごとに校正する必要があり、煩雑であったり実験誤差が問題になったりする。
２色法では２種類の条件や組織間の発現プロファイルが１回のハイブリダイゼーションで同時に取得できるので、比較する実験間の誤差が出ないことになる。デメリットは標識する蛍光色素ごとに検出強度等に特性があるため、補正が必要になる。
