メイン環境のiMacでcummeRbundが言うことを聞かなくなって暫く経つ。
現在、諸般の事情でサブ環境のMacbookAirで作業をしているのだが
（主要な解析はスパコンやクラスタマシンを使用、グラフィカルな出力のあるRの部分はできるだけ手元のMacでやりたい）
こちらのRではcummeRbundも動いていたのに、さっきやってみたら動かなくなってやがった。自動でアップデートでもやってるのか？
で、別件で検索、さまよっていたら日本人のページ発見。
http://mctakashima.blog.jp/archives/2794205.html
なんとR自体をバージョンダウンで解決なさっている。なるほど。
このページの御仁、なんか最近のこのページとおんなじようなことをやっているみたい。
案外近くのヒトかもしれん。
さらになんと、このページも参照してはるやないですか。
http://mctakashima.blog.jp/archives/2354077.html
ぜひいろいろ情報共有したいもんですな。
というわけでMacBookAirのRを3.3.3にバージョンダウンしよっとRStudioを起動。
R version 3.3.3 (2017-03-06) -- "Another Canoe" Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit) R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。 一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。 配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence()' と入力してください。 R は多くの貢献者による共同プロジェクトです。 詳しくは 'contributors()' と入力してください。 また、R や R のパッケージを出版物で引用する際の形式については 'citation()' と入力してください。 'demo()' と入力すればデモをみることができます。 'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。 'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。 'q()' と入力すれば R を終了します。
ええっと・・・・
ただ、たしかにRSQLiteのバージョンはいつの間にか2.0になっている。いつのまに・・・他のパッケージを入れたときか？
ということで1.1に落とす操作をやってみる。
biocLite("cummeRbund")でcummeRbundを入れようとするとやっぱりOld versionがうんたらといってバージョンアップを迫られるが、ここを断固としてnで突っぱねる。R3.4だとcummeRbundのインストールがここでコケたわけだがR3.3.3では何事もなくスルーされる。インストールがちゃんと終わったのかもわからないくらいスルー。
> library(cummeRbund)
要求されたパッケージ BiocGenerics をロード中です
要求されたパッケージ parallel をロード中です
次のパッケージを付け加えます: ‘BiocGenerics’
以下のオブジェクトは ‘package:parallel’ からマスクされています:
clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply,
parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB
以下のオブジェクトは ‘package:stats’ からマスクされています:
IQR, mad, xtabs
以下のオブジェクトは ‘package:base’ からマスクされています:
anyDuplicated, append, as.data.frame, cbind, colnames, do.call,
duplicated, eval, evalq, Filter, Find, get, grep, grepl, intersect,
is.unsorted, lapply, lengths, Map, mapply, match, mget, order, paste,
pmax, pmax.int, pmin, pmin.int, Position, rank, rbind, Reduce,
rownames, sapply, setdiff, sort, table, tapply, union, unique,
unsplit, which, which.max, which.min
要求されたパッケージ RSQLite をロード中です
要求されたパッケージ ggplot2 をロード中です
要求されたパッケージ reshape2 をロード中です
要求されたパッケージ fastcluster をロード中です
次のパッケージを付け加えます: ‘fastcluster’
以下のオブジェクトは ‘package:stats’ からマスクされています:
hclust
要求されたパッケージ rtracklayer をロード中です
要求されたパッケージ GenomicRanges をロード中です
要求されたパッケージ stats4 をロード中です
要求されたパッケージ S4Vectors をロード中です
次のパッケージを付け加えます: ‘S4Vectors’
以下のオブジェクトは ‘package:base’ からマスクされています:
colMeans, colSums, expand.grid, rowMeans, rowSums
要求されたパッケージ IRanges をロード中です
要求されたパッケージ GenomeInfoDb をロード中です
要求されたパッケージ Gviz をロード中です
要求されたパッケージ grid をロード中です
次のパッケージを付け加えます: 'cummeRbund'
以下のオブジェクトは 'package:GenomicRanges' からマスクされています:
promoters
以下のオブジェクトは 'package:IRanges' からマスクされています:
promoters
以下のオブジェクトは 'package:BiocGenerics' からマスクされています:
conditions
> sessionInfo()
R version 3.3.3 (2017-03-06)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X El Capitan 10.11.6
locale:
[1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8
attached base packages:
[1] grid stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets
[9] methods base
other attached packages:
[1] cummeRbund_2.16.0 Gviz_1.18.2 rtracklayer_1.34.2
[4] GenomicRanges_1.26.4 GenomeInfoDb_1.10.3 IRanges_2.8.2
[7] S4Vectors_0.12.2 fastcluster_1.1.22 reshape2_1.4.2
[10] ggplot2_2.2.1 RSQLite_1.1-2 BiocGenerics_0.20.0
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Biobase_2.34.0 httr_1.2.1
[3] AnnotationHub_2.6.5 splines_3.3.3
[5] Formula_1.2-2 shiny_1.0.3
[7] interactiveDisplayBase_1.12.0 latticeExtra_0.6-28
[9] BSgenome_1.42.0 Rsamtools_1.26.2
[11] yaml_2.1.14 backports_1.1.0
[13] lattice_0.20-35 biovizBase_1.22.0
[15] digest_0.6.12 RColorBrewer_1.1-2
[17] XVector_0.14.1 checkmate_1.8.3
[19] colorspace_1.3-2 htmltools_0.3.6
[21] httpuv_1.3.5 Matrix_1.2-10
[23] plyr_1.8.4 XML_3.98-1.9
[25] biomaRt_2.30.0 zlibbioc_1.20.0
[27] xtable_1.8-2 scales_0.4.1
[29] BiocParallel_1.8.2 htmlTable_1.9
[31] tibble_1.3.3 SummarizedExperiment_1.4.0
[33] GenomicFeatures_1.26.4 nnet_7.3-12
[35] lazyeval_0.2.0 survival_2.41-3
[37] magrittr_1.5 mime_0.5
[39] memoise_1.1.0 foreign_0.8-69
[41] BiocInstaller_1.24.0 tools_3.3.3
[43] data.table_1.10.4 matrixStats_0.52.2
[45] stringr_1.2.0 munsell_0.4.3
[47] cluster_2.0.6 AnnotationDbi_1.36.2
[49] ensembldb_1.6.2 Biostrings_2.42.1
[51] rlang_0.1.1 RCurl_1.95-4.8
[53] dichromat_2.0-0 VariantAnnotation_1.20.3
[55] htmlwidgets_0.9 bitops_1.0-6
[57] base64enc_0.1-3 gtable_0.2.0
[59] DBI_0.7 R6_2.2.2
[61] GenomicAlignments_1.10.1 gridExtra_2.2.1
[63] knitr_1.16 Hmisc_4.0-3
[65] stringi_1.1.5 Rcpp_0.12.12
[67] rpart_4.1-11 acepack_1.4.1しかし、これでちゃんとインストールできてる模様。
> cuff <- readCufflinks("hoge")
もちゃんとできたっぽい。ので良しとしておこう。
ナイスな情報 very thanksです。
ところで気がついたら100万ページビューを突破している。
一体皆さん何を求めてやってきてるんだろう？
