HGCのスパコンにて
Java
PATHの通っているバージョンはjava version "1.7.0_131"
1.8が必要なソフトのためにaliasを設定しておく
alias java1.8="/usr/local/package/java/current8_32/bin/java"
java version "1.8.0_141"
csvkit (python)
$ pip search csvkit |egrep ^csvkit csvkit (1.0.2) - A suite of command-line tools for working with CSV, the king of tabular file formats. $ pip install --user csvkit
ユーザディレクトリにインストール
SRA Toolkit
/usr/local/package/sra/2.1.7/current/にPATHは通してある。もうちょっと新しいバージョンが欲しいのでダウンロードしてみたがmakeでコケる。（要調査）
Trimmomatic
/usr/local/package/trimmomatic/0.36
javaなのでPATH通せない。
BWA
alias bwa="/usr/local/package/bwa/0.7.15/bwa"
/usr/local/bin/bwaは0.6.0-r85なので、こちらにエイリアスをはっておく。
Picard
最新版は2.10.3 java1.8が必要っぽい。
Samtools
/usr/local/bin/samtools
がVersion: 0.1.18 (r982:295)
GATK
$ java1.8 -jar GATK/GenomeAnalysisTK.jar -version Picked up JAVA_TOOL_OPTIONS: -XX:+UseSerialGC -Xmx64m -Xms32m 3.7-0-gcfedb67
GATKもjava1.8でないと動かなくなったようだ。
Annovar
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