kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

DDBJのスパコンアカウントが使えるようになった。

早速、ssh→qloginでログインノードまで進む。
何が使えるかな?
Python3 OKだな。

$ pip3 list
biopython (1.66)
cutadapt (1.9.1)
cycler (0.10.0)
drmaa (0.7.6)
Genshi (0.7)
matplotlib (1.5.1)
nose (1.3.7)
numpy (1.10.4)
Pillow (3.1.1)
pip (8.1.0)
psycopg2 (2.6)
pyparsing (2.1.0)
python-dateutil (2.5.0)
pytz (2015.7)
reportlab (3.2.0)
requests (2.10.0)
scikit-learn (0.17.1)
scipy (0.17.0)
setuptools (18.2)
six (1.10.0)
virtualenv (15.0.0)
weblogo (3.4)

ふむふむ、csvとか入れないと。

$ samtools

Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)
Version: 1.4.1 (using htslib 1.4.1)

$ cufflinks
cufflinks v2.2.1

$ vcfutils.pl

Usage:   vcfutils.pl <command> [<arguments>]

$ hisat2
-bash: hisat2: コマンドが見つかりません
$ trimmomatic
-bash: trimmomatic: コマンドが見つかりません
$ fastqc
-bash: fastqc: コマンドが見つかりません

まあ足りない部分は自前で用意しておくということで。
とりあえず、このアカウントができるまでに手元のデータの処理はMacで頑張って終わらせてしまったので、こっちはぼちぼちでいいわ。