早速、ssh→qloginでログインノードまで進む。
何が使えるかな?
Python3 OKだな。
$ pip3 list biopython (1.66) cutadapt (1.9.1) cycler (0.10.0) drmaa (0.7.6) Genshi (0.7) matplotlib (1.5.1) nose (1.3.7) numpy (1.10.4) Pillow (3.1.1) pip (8.1.0) psycopg2 (2.6) pyparsing (2.1.0) python-dateutil (2.5.0) pytz (2015.7) reportlab (3.2.0) requests (2.10.0) scikit-learn (0.17.1) scipy (0.17.0) setuptools (18.2) six (1.10.0) virtualenv (15.0.0) weblogo (3.4)
ふむふむ、csvとか入れないと。
$ samtools Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format) Version: 1.4.1 (using htslib 1.4.1) $ cufflinks cufflinks v2.2.1 $ vcfutils.pl Usage: vcfutils.pl <command> [<arguments>] $ hisat2 -bash: hisat2: コマンドが見つかりません $ trimmomatic -bash: trimmomatic: コマンドが見つかりません $ fastqc -bash: fastqc: コマンドが見つかりません
まあ足りない部分は自前で用意しておくということで。
とりあえず、このアカウントができるまでに手元のデータの処理はMacで頑張って終わらせてしまったので、こっちはぼちぼちでいいわ。