ということなのでgunzipとパイプで連携を考える
mkfifo temp1.fastq mkfifo temp2.fastq gunzip -c hogehoge_1.fastq.gz > temp1.fastq & gunzip -c hogehoge_2.fastq.gz > temp2.fastq & bowtie -1 temp1.fastq -2 temp2.fastq
これでうまく走ることを確認した.
と思ったら、6/12/17付でニューバージョン（bowtie1.2.1）が出ており、gzipファイルに対応したという噂が・・・
現状まだエラー出るみたい。
あと、mkfifo便利そうなんだけど、なんか不安定かもしれない。
大きいファイルを細切れに書き込んでいくような場合、一旦書き込みが止まったところで先に進んでしまうようだ。
pigz -d -c hogehoge_1.fastq.gz > temp1.fastq pigz -d -c hogehoge_2.fastq.gz > temp2.fastq bowtie -1 temp1.fastq -2 temp2.fastq rm temp1.fastq rm temp2.fastq
としたほうが確実。ただしディスクに書き込むので遅い。RAMに余裕があればRAMディスクを使うといいかも。
