RNAseqパイプライン4 cummeRbund

Rでゴニョゴニョ

>library("cummeRbund")
>setwd("~/") #作業ディレクトリを適当に指定
>cuff <- readCufflinks("hogehoge/tophat_results/cuffdiff_result")
>my.genes <- genes(cuff) #遺伝子発現量情報を取り出し
>ddr <- csDendro(my.genes) #取り出した情報をもとに系統樹を描く
>ddr

#コントロール遺伝子の確認（ヒートマップを描く）
>data(sampleData) #デモデータの読み込み
>my.genes.ID <- sampleIDs #コントロール遺伝子のリストを作成
>my.geneset <- getGenes(cuff, my.genes.ID) #リストに上げた遺伝子のデータをcuffから抜き出す
>heatmap <- csHeatmap(my.geneset, cluster = "both")　#ヒートマップを作成
>heatmap　#ヒートマップを表示
#ヒートマップをバープロットにしてみる
bar <- expressionBarplot(my.geneset)
bar

ここまでで、サンプルの情報と齟齬がないかを判断する。
どう考えてもおかしいぞ、というときはどこからやり直すか検討が必要