==> Upgrading ruby ==> Downloading https://linuxbrew.bintray.com/bottles/ruby-2.6.1.x86_64_linux.bo ######################################################################## 100.0% ==> Pouring ruby-2.6.1.x86_64_linux.bottle.tar.gz Error: The `brew link` step did not complete successfully The formula built, but is not symlinked into /home/linuxbrew/.linuxbrew Could not symlink bin/bundle Target /home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/bundle is a symlink belonging to ruby. You can unlink it: brew unlink ruby To force the link and overwrite all conflicting files: brew link --overwrite ruby To list all files that would be deleted: brew link --overwrite --dry-run ruby Possible conflicting files are: /home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/bundle -> /home/linuxbrew/.linuxbrew/Cellar/ruby/2.6.0_1/libexec/gembin/bundle /home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/bundler -> /home/linuxbrew/.linuxbrew/Cellar/ruby/2.6.0_1/libexec/gembin/bundler
んー。またrubyか。めんどくさいやっちゃなー。
あと、cufflinksがヘッドノードでは走るのに、計算ノードから起動しようとすると
Illegal installation
というエラーが出て起動しない。
これではtorqueでqsubできないのでめっちゃボトルネックができてしまう。
いろいろ試してみた。
$ brew remove cufflinks
で一旦アンインストールし、ヘッドノードで
$ brew install cufflinks
とインストールし直し→解決せず。
もう一度アンインストールし、計算ノードからインストール→これもだめ。
アンインストールしてから
$ brew cleanup
で不要なリンクファイルなどを一掃してからインストールし直し→解決。
今度からこまったときはbrew cleanupね。