kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

homebrewにエラー再び

==> Upgrading ruby 
==> Downloading https://linuxbrew.bintray.com/bottles/ruby-2.6.1.x86_64_linux.bo
######################################################################## 100.0%
==> Pouring ruby-2.6.1.x86_64_linux.bottle.tar.gz
Error: The `brew link` step did not complete successfully
The formula built, but is not symlinked into /home/linuxbrew/.linuxbrew
Could not symlink bin/bundle
Target /home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/bundle
is a symlink belonging to ruby. You can unlink it:
  brew unlink ruby

To force the link and overwrite all conflicting files:
  brew link --overwrite ruby

To list all files that would be deleted:
  brew link --overwrite --dry-run ruby

Possible conflicting files are:
/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/bundle -> /home/linuxbrew/.linuxbrew/Cellar/ruby/2.6.0_1/libexec/gembin/bundle
/home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/bundler -> /home/linuxbrew/.linuxbrew/Cellar/ruby/2.6.0_1/libexec/gembin/bundler

んー。またrubyか。めんどくさいやっちゃなー。

あと、cufflinksがヘッドノードでは走るのに、計算ノードから起動しようとすると
Illegal installation
というエラーが出て起動しない。
これではtorqueでqsubできないのでめっちゃボトルネックができてしまう。

いろいろ試してみた。

$ brew remove cufflinks

で一旦アンインストールし、ヘッドノードで

$ brew install cufflinks

とインストールし直し→解決せず。
もう一度アンインストールし、計算ノードからインストール→これもだめ。
アンインストールしてから

$ brew cleanup

で不要なリンクファイルなどを一掃してからインストールし直し→解決。

今度からこまったときはbrew cleanupね。