Python3.7.7/CentOS7でエラー

Traceback (most recent call last):
  File "manage.py", line 2, in <module>
    from app import app, manager
  File "/home/kuro/database/app/__init__.py", line 23, in <module>
    from app.views import samples, genes, anno, fasta, blast, blast_nb, crispr, clustalw, seeds, plasmid, stat
  File "/home/kuro/database/app/views/crispr.py", line 8, in <module>
    import matplotlib
  File "/home/linuxbrew/.linuxbrew/Cellar/python/3.7.7_1/lib/python3.7/site-packages/matplotlib/__init__.py", line 205, in <module>
    _check_versions()
  File "/home/linuxbrew/.linuxbrew/Cellar/python/3.7.7_1/lib/python3.7/site-packages/matplotlib/__init__.py", line 190, in _check_versions
    from . import ft2font
ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.18' not found (required by /home/linuxbrew/.linuxbrew/lib/libstdc++.so.6)

matplotlibをインポートしようとするとGLIBC_2.18が無いと言って落ちる。
CentOS7ではGLIBC_2.18はサポートしないらしいので、そろそろCentOS7も８に上げるべき時期が来たのかもしれない。

KVM仮想環境でテストを開始するか。
それともbrewで入れずanacondaにしてみるか？

brewで新規にインストールすると3.7.7がインストールされてしまうので、brewの環境を一旦アンインストールし、yumで標準リポジトリから3.6系を入れてみることにした。そうすると問題はなくなることは確認できたが、yumで入れるといちいちsudoでパッケージを追加したりと若干使い勝手が悪い。

次はbrewで明示的に3.6系をインストールする方法を試してみる。
参照
macOS Mojave に Python 3.6 環境を構築する - Satoshi Oikawa - Medium

cDNA FASTAファイルから最長ORFを抽出し、5'UTR/CDS/3'UTRに分割してそれぞれのFASTAファイルを作成する(改訂版）

#DNA FASTAファイルから最長のORFを抽出し５UTR,CDS,３UTRに分割して保存する。

import sys, os, re
from Bio import SeqIO
from Bio.Alphabet import IUPAC
from Bio.Seq import Seq

fasta_file = sys.argv[1]
faname = os.path.basename(fasta_file)
fdir = os.path.dirname(fasta_file)
fname = os.path.splitext(faname)[0]
fext = os.path.splitext(fasta_file)[1]
utr_5_fasta = os.path.splitext(fasta_file)[0] + '_5utr' + fext
cds_fasta = os.path.splitext(fasta_file)[0] + '_cds' + fext
utr_3_fasta = os.path.splitext(fasta_file)[0] + '_3utr' + fext
for record in SeqIO.parse(fasta_file, 'fasta'):
    cds = re.findall('(ATG(?:\S{3})*?T(?:AG|AA|GA))', str(record.seq).upper())

    if cds:
        match = max(cds, key = len, , default=0)
        seq = Seq(match, IUPAC.ambiguous_dna)
        utr_5 = re.sub(str(seq.strip()+'[ACGT]*'), '', str(record.seq).upper())
        utr_3 = re.sub(str(utr_5 + seq.strip()), '', str(record.seq).upper())
        with open(utr_5_fasta, 'a') as f:
            f.write(">" + record.id +'\n')
            f.write(str(utr_5) + '\n')
        with open(cds_fasta, 'a') as f:
            f.write(">" + record.id +'\n')
            f.write(str(seq) + '\n')
        with open(utr_3_fasta, 'a') as f:
            f.write(">" + record.id +'\n')
            f.write(str(utr_3) + '\n')
    else:
        t_cds = re.findall('(ATG[ACGT]*)', str(record.seq).upper())
        if t_cds:
            match = max(t_cds, key = len)
            seq = Seq(match, IUPAC.ambiguous_dna)
            utr_5 = re.sub(str(seq.strip()+'[ACGT]*'), '', str(record.seq).upper())
            utr_3 = re.sub(str(utr_5 + seq.strip()), '', str(record.seq).upper())
            with open(utr_5_fasta, 'a') as f:
                f.write(">" + record.id +'\n')
                f.write(str(utr_5) + '\n')
            with open(cds_fasta, 'a') as f:
                f.write(">" + record.id +'\n')
                f.write(str(seq) + '\n')
            with open(utr_3_fasta, 'a') as f:
                f.write(">" + record.id +'\n')
                f.write(str(utr_3) + '\n')

CDSがstopまで入っていないとき５UTRも切り出せていなかったところを改善してみた。

Pythonのライブラリアップデート

$ python3 -m pip install --upgrade <ライブラリ>

が基本書式。
インストールしているライブラリを一括でアップデートしたいときは

$ python3 -m pip install pip-review
$ pip-review --auto

とする。
アップデートする前に

$ python3 -m pip freeze > lib.txt

とやってリストを作っておくほうが良い。アップデートして不具合が生じるようなら

$ python3 -m pip install <パッケージ>==<バージョン>

という書式でバージョン指定してインストールし直す。

OSXで改行をまとめて消す。

普通にテキストエディタの置換でやろうとすると１万行とかあると時間がかかって仕方がない。
そこでsedで置換してやりたいのだがOSXのsedはGNU sedではなくBSD sedなのでお作法が違う。

$ sed -e :loop -e 'N; $!b loop' -e 's/\n/* /g' gene.txt >gene1.txt

こう書くと改行を消してアスタリスクとスペースを付け足してくれる。
１万行でも一瞬で完了。

なおすべての行末に文字を追加する場合

$ echo 'Hello World' | sed -e 's/$/ !!/'
Hello World !!

seqkitでfastaファイルから一部を取り出す

multi fastaファイルから一部の遺伝子だけ取り出したサブfastaファイルを作るには

samtools faidx TAIR10_cDNA.fasta AT1G01010.1 AT1G01020.1 AT1G01030.1 AT1G01040.1 AT1G01050.1 > subset.fasta

のようにsamtoolsを使えばいいのだけれど、fastaファイルがcDNAで遺伝子のリストがtranscript IDではなくてgene IDだったとしたら、これでは抽出できない。
そんなときは

seqkit faidx TAIR10_cDNA.fasta -r AT1G01010* AT1G01020* AT1G01030* AT1G01040* AT1G01050* > subset.fasta

という感じでseqkitを使って正規表現で抽出すると良い。

更に遺伝子のリストがlist.txtなどテキストファイルに列記されているなら。

list=`cat list.txt`
seqkit faidx TAIR10_cDNA.fasta -r $list > subset.fasta

みたいにテキストを読み込んで渡してやる。

さらにさらに、遺伝子のリストが10000遺伝子とかめちゃめちゃ膨大だと引数の文字制限にぶち当たって

Argument list too long

とか文句言われるので、

list=`cat list.txt`
echo "$list" | xargs seqkit faidx TAIR10_cDNA.fa -r  >> subset.fasta

とxargsを使うと良いみたい。

>>ではなくて>でも内容は同じだが、何故か順番は変わってくる模様。

`はバックスラッシュなので注意。

Raspberry pi にarduinoをのっける

Raspberry piにはピンが出ていて、デジタル信号を操作した工作などができるようになっている。ただし、そのピンは基本デジタルであってアナログな信号は直接やり取りできない。アナログ（電圧値など）の入出力をコントロールするならワンチップマイコンの出番なわけだ。ArduinoならばUSB経由でPCと通信できるので、工作するまでもなく、単純にUSBケーブルでつなぐだけでよいのだけれど、それじゃあんまりおもしろくない。てことでワンチップArduinoをRaspberry piのピンヘッダに直接乗っけてやろうと言うことになった。

ワンチップと言いながら、シリアル通信をすることもあり、ある程度精度はほしいのでクリスタルとかコンデンサは最低限つなぐためにユニバーサル基板の切れ端でちょっとしたIOボードを作ってやる。猛者は亀の子のような工作をしたりするがAtMegaを使っている時点である程度の大きさはあるため、実用上は意味はない。

Piの1pinが電源なのでこれをAtmagaの7pinに繋ぎ、6pin→8pin (GND)、9pin→10pF→1pin と1Pin→10kΩ→1pinでリセット回路、後は8pin→1kΩ→2pin、10pin→1kΩ→3pinでシリアル通信。クリスタルは9,10ピンに繋いでやる。10ｐFコンデンサをそれぞれの足からGNDに落として完成。

Raspberry Piには設定＞Add/Remove softwareでArduinoを検索して出てくるIDEを入れてやる。

プログラムの書き込みはシリアルポートを設定してやらないとならない。
シリアルポートはRaspbianの標準ではシリアルコンソールに使う設定となっているので、シリアル通信ポートに設定を変えてやっておく必要がある。

$ sudo raspi-config

で5 Interfacing Option→P6 Serial→No→Yes→Ok→Finish
/etc/rc.localの1. Exit 0の前に

/user/bin/gpio mode 0 alt5

と入れて、11pin をRTS信号に割り付けておく。

今回、AtMega168pに前もってArduinoのファームウェアをインストール済みだったので、そのまま繋ぐとプログラムは動き出す。
Arduino IDEでシリアルポートを指定して、ボードをArduino Diecimila or Duemilanove w/ ATmega168pを選択する。
これでプログラムコンパイル→書き込みしてやればプログラムを即実行できる。

LM35DZを使った温度ロガープログラムの例

#include <TimeLib.h>
// These constants won't change.  They're used to give names
// to the pins used:
const int analogInPin = A0;  // Analog input pin that the potentiometer is attached to
const int ledPin =  13;      // the number of the LED pin
int sensorValue = 0;        // value read from the pot
int outputValue = 0;        // value output to the PWM (analog out)
int ledState = LOW;             // ledState used to set the LED
long previousMillis = 0;        // will store last time LED was updated
long interval = 10000;
void setup() {
  // initialize serial communications at 9600 bps:
  Serial.begin(9600);
   pinMode(ledPin, OUTPUT); 
}

void loop() {
  unsigned long currentMillis = millis();
  if(currentMillis - previousMillis > interval) {
    previousMillis = currentMillis;
    if (ledState == LOW)
      ledState = HIGH;
    else
      ledState = LOW;
     digitalWrite(ledPin, ledState);
  // read the analog in value:
      sensorValue = analogRead(analogInPin);
      // map it to the range of the analog out:
      outputValue = map(sensorValue, 0, 1023, 0, 330);　//3.3V駆動としているので330
      // change the analog out value:
      analogWrite(analogOutPin, outputValue);
    
      // print the results to the serial monitor:
      Serial.print(now());
      Serial.print("\t sensor = " );
      Serial.print(sensorValue);
      Serial.print("\t temp = ");
      Serial.println(outputValue);
    }
}

シリアルコンソールを開くと10秒ごとにアナログポートの値とそれを温度変換した数値が表示されるはずだ。
温度計測と同時にLEDがついたり消えたりするので動作も確認できる。
なお、LM35DZを写真のような基板上にはんだ付けしてしまうとATmegaやRaspberry Piの熱の影響がもろに伝わってしまい、常に30度以上になってしまうので、センサーはツイストケーブルとかを使って本体から離したほうがよさそうだ。

matplotlibで自動的に振られる色が10色しか無い点を変更する

marplotlibは複数の要素をグラフ表示すると、自動的に色を分けてくれるわけだが、これが10色しか用意されていない。まあ実際10本以上折れ線が重なっていたらかなり見にくいことになるのは確かなのだが、それでもたくさんの色で表現したいこともあるわけで。そこでこの色の自動振り当てをどうにかする方法を考えた。

color_codes={3:'#E60012',7:'#F39800',11:'#FFF100',4:'#8FC31F',8:'#009944',12:'#009E96',1:'#00A0E9',5:'#0068B7',9:'#1D2088',2:'#920783',6:'#E4007F',10:'#E5004F',15:'#EB6100',19:'#FCC800',23:'#CFDB00',16:'#22AC38',20:'#009B6B',24:'#00A0C1',13:'#0086D1',17:'#00479D',21:'#601986',14:'#BE0081',18:'#E5006A',22:'#E60033',25:'#848484',0:'#000000'}

まずはこういうカラーチャートに番号を振っておく。番号が順番どおりでないのはグラフに表示させる順番で近い色が隣り合わせにならないように調整したため。

c_code = 0
#と初期化しておいて複数の要素を描かせるためにforループを回す。
for y in q1:
    y0 = [y.data1, y.data2, y.data3]
    y2 = [y.data10,y.data11,y.data12]
    y3 = [y.data13,y.data14,y.data15]
    y5 = [y.data19,y.data20,y.data21]
    y0m = statistics.mean(y0)
    y2m = statistics.mean(y2)
    y3m = statistics.mean(y3)
    y5m = statistics.mean(y5)
    y0d = statistics.stdev(y0)
    y2d = statistics.stdev(y2)
    y3d = statistics.stdev(y3)
    y5d = statistics.stdev(y5)
    c_code1 = c_code % 26
    gcolor = color_codes[c_code1]
#ここでループごとの色指定を行う。26色を用意しているので26で割ったあまりの数値で指定する。27番目で最初の色に戻るわけだ。
    x_ax = np.array([0, 1, 2, 3])
    y_ax = np.array([y0m,y2m,y3m,y5m], dtype=np.float16)
    y_err = np.array([y0d,y2d,y3d,y5d])
    ax.errorbar(x_ax, y_ax, y_err, capsize=3, linestyle=lineStyle, linewidth=lineWidth, color=gcolor, marker=mstyle, markersize=mSize, markeredgewidth=1, label = y.id)
    plt.xticks([0,1,2,3], ['control','1d','3d','7d'], rotation=90, fontsize=tSize, weight='bold')
    ax.legend(bbox_to_anchor=(1, 1), loc='upper left', borderaxespad=1, fontsize=lSize)
    plt.xlabel('samples', fontsize=xSize, weight='bold')
    plt.ylabel('FPKM', fontsize=ySize, weight='bold')
    plt.tick_params(axis='y', which='major', labelsize=ytSize)
    plt.tight_layout()
    plt.subplots_adjust(left=0.15, right=0.6)
    img_data1a = dir + "a_" + str(time.time()) + ".eps"
    plt.savefig(img_data1a)
    canvas = FigureCanvasAgg(fig)
    buf = io.BytesIO()
    canvas.print_png(buf)
    data = buf.getvalue()
    img_data = urllib.parse.quote(data)
#ここまででグラフを描写
    c_code = c_code + 1
#これで色指定をシフトさせる。

DataTablesの表にチェックボックスをつけて選択した内容から次のアクションを起こす

まず、DataTablesで表をweb上に表示できていることが前提。

いろいろなプラグインがあるのだけれど、ほぼ標準的に使われているButtonsに加え、Selectプラグインも入れておく。

<script type="text/javascript" src="{{ url_for('static', filename='js/datatables.min.js') }}"></script>
<script type="text/javascript" src="{{ url_for('static', filename='js/dataTables.select.min.js') }}"></script>
<script type="text/javascript" src="{{ url_for('static', filename='js/dataTables.buttons.min.js') }}"></script>

説明はコードを見ればわかるだろう。

<script type="text/javascript">
    $(document).ready(function() {
        var events = $('#events');
        var table = $('#result').DataTable({
            "lengthMenu": [[10, 25, 50, 100, -1], [10, 25, 50, 100, "All"]],
            scrollY: 600,
            scrollX: true,
            stateSave: true,
            stateDuration: 0,
            colReorder: true,
            columnDefs: [ {　　　　　　　　　　　　　＃この辺がチェックボックスを表示させるコード
                    orderable: false,
                    className: 'select-checkbox',
                    targets:   0　　　　　　　　　　　　　
                } ],
                select: {
                    style:    'multi',　　　　　　　　　　　＃複数行にチェックを入れる事ができる
                    selector: 'td:first-child',　　　　　　＃一列目にチェックボックスをつける
                    blurable: false,
                },
                order: [[ 1, 'asc' ]],
            buttons: [
                'selectAll',　　　　　　　　　　　　　　＃全行にまとめてチェック
                'selectNone',　　　　　　　　　　　　＃全行のチェックを外す
                {
                text: 'Go to selected data',　　　　　　＃チェックを入れた行から次のアクションを起こすボタンを作る
                action: function ( e, dt, type, indexes ) {
                    selData = table.rows({selected: true}, indexes).data().toArray();　　　　＃チェックを付けた行を集めてjavascriptの２次元配列を作る
                    const transpose = a => a[0].map((_, c) => a.map(r => r[c]));　　　　　＃ある列の値だけを集めたいので行列入れ替えの関数を作る
                    selData2 = transpose(selData)[34]　　　　　　　　　　　　　　　　　＃この場合34列目（チェックボックス除く）の値を集める
                    window.open("/exp_diff/?id="+selData2, '_blanc')　　　　　　　　　　＃集めた文字列を引数にデータベースを再検索して表示させる
                    }
                },
                'copy',
                {
                text: 'Download TSV',
                extend: 'csvHtml5',
                fieldSeparator: '\t',
                extension: '.tsv'
                },
                {
                extend: 'colvis',　　　　　　　　　　　　　　　　＃カラムを選択するこの機能は廃止されたらしいのだが
                text: 'Column select'
                }
            ],
            dom: 'Biftlp'
          });
  } );
</script>

Fujitsu PRIMERGY TX1310M3にCentOSをインストールする

昨年度末にディスコン間近と思われるTX1310M3を購入したっきり、全然時間がなくて放置してあったのだが、ちょっと触ってみる。

まず、これまでのRX200や300とはBIOSがUEFIになっている点でかなり勝手が違う。同じUEFIのRX1330M3ともなにやら違っていてこのTX1310M3は特に曲者らしい・・・

色々やってみたがembedded MegaRAID (software RAID)がCentOSでもUbuntuでもうまく使えない。

暇を見つけてやってみたことを並べていくことにする。

買ったままの状態では何もOSが入ってないのでF2を押さなくても勝手にUEFIの画面に入る。

AdvancedからLSI Software RAID Configuration Utilityに進む。

ここからのRAID設定はややこしいので、
富士通 PRIMERGY TX1310 M3 ソフトウェアRAID設定手順 | PGDブログ
こちら参照で。

ちなみにAdvanced>SATA ConfigurationでAHCIが選択されているとEmbedded RAIDがスキップされ、BIOS上にもメニューが表示されない。
RAIDに変更してリセットするとこのメニューが現れる。

【PRIMERGY】uEFI時のEmbedded SATA RAIDの設定 | OTTOSERVER "TECH" Blog
こちらの説明によると旧BIOSモードに切り替えてからのRAID設定ができないと言っているがそんなことはなく
AdvancedでCSM Configurationをenableにして再起動してやると、起動シークエンスの途中でRAID設定に入ることができるはずだ。

LSIの昔ながらのインターフェースで設定できるので、なれた人ならこちらのほうがやりやすかろう。

さて、RAIDが設定できたら早速インストール。
CentOS8.1なら標準でドライバを持っているらしいという情報を得たので、試しに入れてみようと8.1を探してみると、どうやら８以降はインストーラが片面２層DVD出ないと入り切らないサイズになっているらしい。そんなディスクもない、ということでUSBメモリにネットワークインストーラを入れてやってUSBからのインストールを試してみる。

いけそうでいけない。anacondaが起動してインストーラが立ち上がった時点でこのようなエラーが出て止まってしまう。

ネットワークインストールの問題かもしれないので、とりあえず何も考えずにCentOS7のインストーラディスクを装着して起動してみる。
ちなみに今度は色々枯れたちょっと古めのバージョン7.5のディスクでやってみる。

まあ、当然というかインストーラはRAIDディスクにアクセスできず、行き詰まる。

次、MEGASR2ドライバを読ませる。
【PRIMERGY】PRIMERGY M3世代へのCentOSインストールについて【CentOS】 | OTTOSERVER "TECH" Blog
ドライバは7.5のものをSDカードに仕込んでおく。

http://azby.fmworld.net/app/customer/driversearch/ia/drviadownload?driverNumber=F1027982

お約束の
インストール項目選択で「e」を押す。
quietを消して

modprobe.blacklist=ahci inst.dd

を追加しctrl + x
でドライバを読ませる。

あれ？ちゃんとインストール出来たよ。
前やったときはどうしてもドライバが動かなかったのに。ドライバのバージョンが上がったか？

RNAmotifのコンパイル(OSX)

config.hは以下のようになっている。

#  Edit the configuration variables below to match your system.  The default
#  values given here should work on GNU/Linux systems.

CC= gcc
CFLAGS= -O2 -Wall

#  Notes: clang can replace gcc above;
#         for icc (version 13.0.1) you need to use -O1 in cflags.

#  The yacc compiler is typically "yacc" (for the *real* yacc), "byacc"
#  (for the Berkeley equivalent) or "bison -y" (to get yacc compatible output 
#  from bison).  Note that /bin/yacc is sometimes a symlink to bison; on
#  such systems you need the -y flag.

#  Note that you need to get version 1.875 or later of bison.  Since this 
#  was released in 2003, that should not be much of a problem....
#  Go to http://www.gnu.org/software/bison/bison.html for more information.

YACC = bison -y

#  The GNU version of lex is called flex.  So the following variable is 
#  either "lex" or "flex", depending upon your system.

LEX = flex

# Uncomment & use these 3 lines to use Genbank in addition to FASTN:

# GBHOME=/home/macke/gensearch
# GBLIB=$(GBHOME)/libgb.a
# CFLAGS=-O2 -DUSE_GENBANK

you may need to locate the C-compiler, lex or yacc, and set compiler
flags.
と説明があったのでbisonをインストールしておく。

$ brew install bison

・・・

bison is keg-only, which means it was not symlinked into /usr/local,
because macOS already provides this software and installing another version in
parallel can cause all kinds of trouble.

If you need to have bison first in your PATH run:
  echo 'export PATH="/usr/local/opt/bison/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile

For compilers to find bison you may need to set:
  export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/bison/lib"

言われたとおりPATHを通しておく。

lexもいるようなので

$ brew install flex

・・・

flex is keg-only, which means it was not symlinked into /usr/local,
because macOS already provides this software and installing another version in
parallel can cause all kinds of trouble.

If you need to have flex first in your PATH run:
  echo 'export PATH="/usr/local/opt/flex/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile

For compilers to find flex you may need to set:
  export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/flex/lib"
  export CPPFLAGS="-I/usr/local/opt/flex/include"

これまたPATHを通しておく。

さてmakeしてみる。

$ make
cd src; make
gcc -O2 -Wall   -c -o rnamot.o rnamot.c
flex rmlex.l
bison -y -d -v -t rmgrm.y
rmgrm.y: warning: 1 shift/reduce conflict [-Wconflicts-sr]
gcc -O2 -Wall   -c -o compile.o compile.c
gcc -O2 -Wall   -c -o dbutil.o dbutil.c
gcc -O2 -Wall   -c -o dump.o dump.c
gcc -O2 -Wall   -c -o efn.o efn.c
gcc -O2 -Wall   -c -o efn2.o efn2.c
gcc -O2 -Wall   -c -o errormsg.o errormsg.c
gcc -O2 -Wall   -c -o find_motif.o find_motif.c
gcc -O2 -Wall   -c -o getargs.o getargs.c
gcc -O2 -Wall   -c -o log.o log.c
gcc -O2 -Wall   -c -o mm_regexp.o mm_regexp.c
./mk_dumpnode.h.sh y.tab.h > dumpnode.h
gcc -O2 -Wall   -c -o node.o node.c
gcc -O2 -Wall   -c -o preprocessor.o preprocessor.c
gcc -O2 -Wall   -c -o regexp.o regexp.c
regexp.c:344:15: warning: implicit conversion from 'int' to 'char' changes value from 255
      to -1 [-Wconstant-conversion]
                                                *ep++ = 255;
                                                      ~ ^~~
1 warning generated.
gcc -O2 -Wall   -c -o score.o score.c
gcc -O2 -Wall   -c -o split.o split.c
gcc -O2 -Wall   -c -o y.tab.o y.tab.c
y.tab.c:1601:16: warning: implicit declaration of function 'yylex' is invalid in C99
      [-Wimplicit-function-declaration]
      yychar = yylex ();
               ^
y.tab.c:2631:7: warning: implicit declaration of function 'yyerror' is invalid in C99
      [-Wimplicit-function-declaration]
      yyerror (YY_("syntax error"));
      ^
y.tab.c:2742:3: warning: implicit declaration of function 'yyerror' is invalid in C99
      [-Wimplicit-function-declaration]
  yyerror (YY_("memory exhausted"));
  ^
In file included from rmgrm.y:545:
lex.yy.c:1691:17: warning: unused function 'yyunput' [-Wunused-function]
    static void yyunput (int c, char * yy_bp )
                ^
4 warnings generated.
gcc	-O2 -Wall -o rnamotif rnamot.o compile.o dbutil.o dump.o efn.o efn2.o errormsg.o find_motif.o getargs.o log.o mm_regexp.o node.o preprocessor.o regexp.o score.o split.o y.tab.o	  -lm
gcc -O2 -Wall   -c -o rmprune.o rmprune.c
gcc	-O2 -Wall -o rmprune rmprune.o split.o log.o
gcc -O2 -Wall   -c -o rm2ct.o rm2ct.c
gcc	-O2 -Wall -o rm2ct rm2ct.o split.o log.o
gcc -O2 -Wall   -c -o rmfmt.o rmfmt.c
gcc	-O2 -Wall -o rmfmt rmfmt.o split.o log.o
gcc -O2 -Wall   -c -o efn_drv.o efn_drv.c
gcc	-O2 -Wall -o efn_drv efn_drv.o efn.o split.o log.o -lm
gcc -O2 -Wall   -c -o efn2_drv.o efn2_drv.c
gcc	-O2 -Wall -o efn2_drv efn2_drv.o efn2.o split.o log.o -lm 

warningはでたものの、makeはできたらしく、srcディレクトリに色々できている。

testを走らせてみる。

$ make test
cd test; make
=====================================================
Running nanlin test:

nanlin.descr: complete descr length: min/max = 54/58
  PASSED
=====================================================
Running pk1 test:

pk1.descr: complete descr length: min/max = 22/46
  PASSED
=====================================================
Running pk_j1+2 test:

pk_j1+2.descr: complete descr length: min/max = 66/118
  PASSED
=====================================================
Running qu+tr test:

qu+tr.descr: complete descr length: min/max = 45/101
  PASSED
=====================================================
Running score.1 test:

score.1.descr: complete descr length: min/max = 18/24
  PASSED
=====================================================
Running score.2 test:

score.2.descr: complete descr length: min/max = 25/40
  PASSED
=====================================================
Running trna test:

trna.descr: complete descr length: min/max = 63/95
  PASSED
=====================================================
Running mp.ends test:

mp.ends.descr: complete descr length: min/max = 20/24
  PASSED
=====================================================
Running efn test:

・・・

< SEU28SRRNA -21.400 0  152 28 tcaac cgg  .  ggcg g  actg tcct cagt g  cgcc .   ccg cccgc
< TTERRDA    -21.700 0   59 27 cgagt cgc  .  gcgc .  ccgg ggcg ccgg .  gcgc g   gcg cacgg
< MEPMETH    -22.100 0 1234 32 acaat ggga .  tcc  ga cccc gaaa gggg ga  gga aa tccc ctaaa
< MVORR16SY  -22.700 0 1201 32 acaat ggga .  cgc  ga cccc gaaa gggg ga  gcg aa tccc ctaaa
< THCLRRNA   -23.200 0  261 22 ctgaa cc   .  ctc  .  cggg gaaa cccg .   gag .    gg gatgt
< HRTSSRRNA  -24.400 0  667 31 tcttt agtg gt ccgc .  ccc  ttcg  ggg a  gcgg gt cact ggcct
   FAILED (possibly; see if diffs above look OK)

FAILEDで終わった。なにかまずいのか。

echo 'export EFNDATA="/Users/kuro/local/bin/rnamotif-master/efndata"' >> ~/.bash_profile 

これでヨシ。