今更感はありありなのだけれど、実は参考にしようとしていたGA4GHのAPIはIGVのJavascript版IGV.JSを使っているのだね。
https://igv.org/doc/doc.html
そうすると
こんな感じにBAMだろうとなんだろうとIGV同様に読み込めるわけだ。ついでにいうとこのデモページのAPIは今回使っているBootstrapまんまだな。すぐにでも組み込んでしまえそうだけど。
https://github.com/igvteam/igv.js-flask
というわけでgitからクローンを取ってきたところ、すんなりと起動できてしまった。
2−3日あれば目的の動作をさせることも可能かもしれないが、どうしたものか。今更だなあ。