ヒートマップの描画ははじめてseabornを使ってみたのだが、噂通り細かい調節は難しい。
今回系統樹の枝の長さを入れたかったのだが、結局方法にたどり着けなかったので、系統樹の部分だけmatplotlibで描いてみる。
枝が自動で色がついていたり、まだ改良の余地はあるかな。
@app.route('/cluster', methods=['GET', 'POST'])
def cluster_index():
user = g.user.name
form=StatForm()
dir = "./user/" + user + "/cluster"
if os.path.exists(dir):
shutil.rmtree(dir)
if not os.path.exists(dir):
os.makedirs(dir)
input = dir + "/input.txt"
output = dir + "/results.txt"
if request.method == 'POST':
if 'file' not in request.files:
flash('No file part')
return redirect(request.url)
file = request.files['file']
if file.filename == '':
flash('No data input')
return redirect(request.url)
if file and allowed_file(file.filename):
file.save(input)
if os.path.exists(input):
if form.fig_x.data:
fig_x=form.fig_x.data
if form.fig_y.data:
fig_y=form.fig_y.data
if form.fig_dpi.data:
fig_dpi=form.fig_dpi.data
if form.c_method.data:
c_method=form.c_method.data
if form.c_dist.data:
c_dist=form.c_dist.data
if form.font_size.data:
f_size=form.font_size.data
df = pd.read_csv(input, index_col=0)
df_t = df.T
header = df.columns
from scipy.spatial.distance import pdist
linkage_result = linkage(df_t, method=c_method, metric=c_dist)
plt.figure(num=None, figsize=(fig_x,fig_y), dpi=fig_dpi, facecolor='w', edgecolor='k')
dendrogram(linkage_result, leaf_font_size=f_size, labels=header)
cluster_fig = dir + "/cluster_" + str(time.time()) + ".png"
plt.savefig(cluster_fig)
img_url = "../../static/" + cluster_fig
return render_template('/tools/cluster.html', form=form, img_url=img_url)
return render_template('/tools/cluster.html', form=form)
