kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

SRAToolkit

公開されているSRAファイルをダウンロードして再解析がしたいとき、データのダウンロードが結構面倒なので(サイトの構造が複雑すぎてなかなかファイル本体にたどり着けない)専用のツールを利用したい。
とおもってインストールをbrewからやってみた。

$ brew install sratoolkit

ところがだ。

$ fastq-dump --gzip --sprit-files SRRxxxxxxxx

localeがおかしいとかのwarningはまあいいとして、どうもperlのライブラリがぶつかって動かないらしい。


というわけで、バイナリを手動でインストールしてみた。

$ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
$ tar xvzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
$ mv sratoolkit.2.10.7-centos_linux64 ~/src/
$ ln -s ~/src/sratoolkit.2.10.7-centos_linux64/bin/* ~/bin