公開されているSRAファイルをダウンロードして再解析がしたいとき、データのダウンロードが結構面倒なので（サイトの構造が複雑すぎてなかなかファイル本体にたどり着けない）専用のツールを利用したい。
とおもってインストールをbrewからやってみた。
$ brew install sratoolkit
ところがだ。
$ fastq-dump --gzip --split-files SRRxxxxxxxx
localeがおかしいとかのwarningはまあいいとして、どうもperlのライブラリがぶつかって動かないらしい。
というわけで、バイナリを手動でインストールしてみた。
$ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz $ tar xvzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz $ mv sratoolkit.2.10.7-centos_linux64 ~/src/ $ ln -s ~/src/sratoolkit.2.10.7-centos_linux64/bin/* ~/bin
