jpegなどの画像に写っている細胞数などをカウントする方法を模索した。実験でとある細胞がどれくらい含まれているかを顕微鏡でカウントすることになった。顕微鏡をのぞきながらハンドカウンターで数えるのは目が疲れるし、数え落としや重複が多いと思われる。そこで検鏡像をCCDカメラで取り込み、これをA4に印刷して数えることにした。しかしなんだか面倒くさいし、紙の無駄だし、アナログすぎて嫌になったので、次の方法としてドローソフトにペーストして、画面上でマーキングしながらブツブツと数えてみた。これでまあそれなりに楽にはなったが数えながらマウスでマーキングするのはいまいち操作性が悪い。マーキングを淡々と先にしていくつマークしたかをカウントできるといいのに・・・とおもい、ネットでそういうツールを探してみた。
まず見つかったのは
http://www.vector.co.jp/soft/win95/art/se301451.html
と
http://www.vector.co.jp/soft/win95/art/se347447.html
なんだがどっちもWindowsのソフト。
Macではないのか？とさらに探してみると、どうやらImageJとCell counterというプラグインでできるらしい。ImageJはNIH Imageという画像解析ソフトのJava移植版で、面積計算とか濃度計算とかができるソフトで、68k Macの時代からある由緒正しきフリーウェアである。画像処理をかければ自動で細胞数などをカウントさせることもできそうだが、ここは何も考えずに手動でカウントしてみることにした。
ImageJの配布先はここ
Cell counter plug-inは
http://rsb.info.nih.gov/ij/plugins/cell-counter.html
プラグインの使い方も上のページに書かれているが、pluginsフォルダに入れてメニューバー→Plugins→Compile and Run...でCell_Counter.javaを選択。出来上がったファイルを適当なフォルダにまとめていれれば、メニューバー→Plugins→「適当なフォルダ」内にCell Counterという項目が出てくる。カウントしたい画像をImageJで開いて、このCell Counterを選択するとカウンターが起動し、対象の細胞をポチポチとクリックして行くとリアルタイムにresultウィンドウにカウントされて行く。４種類に分類しながらそれぞれカウントすることも可能だ。
注意点としては結構メモリを食うのでいらないソフトは終了しておいた方がいいこと。可能ならば画像をいったん８ビットグレースケールに直してカウントするとか領域を狭めてCropしておくなど。さあこれでどんどんぽちぽちしてかうんとすべし。マウス操作の練習にもなるぞ（笑い）
ImageJは他にもいろいろできるのだがなかなか奥が深くて使いこなせないのであった・・・
