kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

drishtiをCentOS7にインストールする

医学用途のフリー3D解析ソフトであるdrishtiをCentOS7にインストールしたい。

$ sudo yum install gcc-c++

$ brew install freeglut

$ brew install glew

$ brew install qt

$ echo 'export PATH="/home/linuxbrew/.linuxbrew/opt/qt/bin:$PATH"' >> ~/.bash_profile

$ source ~/bash_profile

freeglut、glew、qtはyumで入るバージョンではうまくインストールできないため、brewで入れる。
次にQGLViewerのソースをwww.libqglviewer.comの配布元からダウンロードする。

$ tar -xzf libQGLViewer-2.7.2.tar.gz

$ cd libQGLViewer-2.7.2/QGLViewer

$ qmake

$ make

$ sudo make install


github.com
ここからLinuxのコードをダウンロードし展開
drishti-v2.7linux/drishtiにlibGLViewer-2.7.2/QGLViewerをコピー

$ cd drishti-v2.7linux/drishti

$ qmake

$ make

makeでエラーが出てコンパイルできない・・・未完

追記
結局CentOSにはインストールできていない。Ubuntuならいけるんだろうか。

Macなら一つ前のバージョンながら
github.com
ここからダウンロードしたバイナリが動く。




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CentOS7のGitを最新のものにする

CentOS7のyumでインストールされるGitは1.xxとか古くてlinuxbrewのインストールでエラーが出て進まないので最新のGitをインストールする話。

まずは

# yum remove git

で古いのを消しておく。
次に
バイナリをダウンロード
https://mirrors.edge.kernel.org/pub/software/scm/git/
ここでインストールしたいバージョンの場所をコピーしておく

# cd /usr/local/src
# wget https://mirrors.edge.kernel.org/pub/software/scm/git/git-2.29.2.tar.gz
# tar xvzf git-2.29.2.tar.gz 
# rm -rf git-2.29.2.tar.gz 
# cd git-2.29.2/
# make prefix=/usr/local all
# make prefix=/usr/local install

これで

# git --version
git version 2.29.2

よしよし。

ところが

$ which git
/usr/local/bin/git

をHomebrewのスクリプトが見つけてくれない。
PATH=/usr/local/bin/git:$PATH
としても駄目なので

# ln -s /usr/local/bin/git /usr/bin/git

としてやってどうにかインストールできた。

追記
さらにエラーが出たときの対処

$ sudo make prefix=/usr/local all
GIT_VERSION = 2.29.2
make: curl-config: コマンドが見つかりませんでした
    * new build flags
    GEN command-list.h
    GEN config-list.h
    CC fuzz-commit-graph.o
/bin/sh: cc: コマンドが見つかりません
make: *** [fuzz-commit-graph.o] エラー 127

$ sudo yum install curl-devel
$ sudo yum install gcc

$ sudo make prefix=/usr/local all
........
致命的エラー: expat.h: そのようなファイルやディレクトリはありません
コンパイルを停止しました。
$ sudo yum install expat-devel

linuxbrewをCentOS7にいまさらながら入れる

インストールしたまんま放置されていたCentOS7にいまさらながらにLinuxbrewを入れようとしてどつぼにはまり中。

自分の覚書の通りにまずやってみたらいきなり怒られる。

$ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/linuxbrew/go/install)"
The Linuxbrew GitHub repository has moved to https://github.com/Linuxbrew/brew
Please see http://linuxbrew.sh for instructions to install Linuxbrew.

むー

$ sh -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

==> Select the Homebrew installation directory
- Enter your password to install to /home/linuxbrew/.linuxbrew (recommended)

〜中略〜

HEAD is now at 2c77a54 Merge pull request #9481 from MikeMcQuaid/bottle_prefix_repository_handling
Error: Please update your system cURL.
Minimum required version: 7.41.0
Your cURL version: 7.29.0
Your cURL executable: /usr/bin/curl
Error: Please update your system Git.
Minimum required version: 2.7.0
Your Git version: 1.8.3.1
Your Git executable: /usr/bin/git
Error: Curl must be installed and in your PATH!
Failed during: /home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/brew update --force

おや?cURLとGitのバージョンが古いって?でもyum updateはやったけど?

どうもCentOS7のyumではどっちもあたらしめの物を入れてくれないんだとか。

CentOSでcURLを最新にアップグレードします
ここのアドバイスに従ってみる

$ sudo yum install epel-release
$ sudo yum install libnghttp2

$ sudo nano /etc/yum.repos.d/city-fan.repo

[CityFan]
name=City Fan Repo
baseurl=http://www.city-fan.org/ftp/contrib/yum-repo/rhel$releasever/$basearch/
enabled=1
gpgcheck=0

$ sudo yum clean all
$ sudo yum install curl 

$ curl -V
curl 7.73.0 (x86_64-redhat-linux-gnu) libcurl/7.73.0 NSS/3.44 zlib/1.2.7 libpsl/0.7.0 (+libicu/50.1.2) libssh2/1.9.0 nghttp2/1.33.0
Release-Date: 2020-10-14
Protocols: dict file ftp ftps gopher http https imap imaps ldap ldaps mqtt pop3 pop3s rtsp scp sftp smb smbs smtp smtps telnet tftp 
Features: AsynchDNS GSS-API HTTP2 HTTPS-proxy IPv6 Kerberos Largefile libz Metalink NTLM NTLM_WB PSL SPNEGO SSL UnixSockets

curlはこれでいい

問題はGit
これがなかなか手強い。

続く。

まっさらなOSXが手に入ったから、一から環境構築をしてやる

先日MacBook Airを新たに導入したわけで、とりあえず書き物用としてOfficeはインストール済みである。
で、しばらく使ってきたわけだが、一昔前のサーバに引けを取らないパワーがありそうなんで、やはり開発環境やデータ解析環境なんかも入れておこうかなと。

せっかくまっさらな状態なので、ここまでの経験を生かして、汎用性の高い環境構築を目指したいもので。

方針
・まずはなにはなくともHomebrew
PythonはNGS解析用に素のPython3を入れておきたい。
機械学習/深層学習も念頭に置いたAnacondaかもしくはminicondaも使えるようにしておきたいのでpyenvをかませる。
・blast/samtools/seqkitくらいは入れておく。
・RとRStudioも念の為入れておく。


Homebrewのインストール

% /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

基本的なソフトウェアを一通り入れる

% brew install wget nano 
% brew tap brewsci/bio
% brew install samtools seqkit blast

Rはパッケージ版でインストールしたほうがいいらしいので

% brew cask install r
% brew cask install rstudio

python関係

% brew install pyenv
nano .zshrc

OSX Catarinaからbashzshに置き換わったので
.bash_profilesではなく.zshrcに以下の記述を書く

export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"
export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"
eval "$(pyenv init -)"
% source .zshrc
% pyenv install -l

pythonおよびディストリビューションのリスト

% pyenv install 3.8.6
% pyenv versions
* system (set by /Users/kkuro/.pyenv/version)
  3.8.6

% pyenv global 3.8.6
% python --version  
Python 3.8.6

安定性重視で一つ前のバージョンにしておく。

以上。
(Anacondaはまた必要が出てきたら入れることにする)

本日のおすすめ本

Pythonで統計解析

やはりRとはなかなか仲良くなれないな。

といってPythonでサラサラ~っとコードを書けるのかというと、結局は本と検索でどうにかやっているわけだが。
紙媒体の本はとりあえず大まかな感じを掴むのに向いている。
というわけで参考にしている本を並べてみる。

pythonの入門書は書店の棚に溢れんばかりになっているが、まあなんでもいいように思うな。とりあえず本のとおりにコードを書くよいうよりは検索で出てきたコードを解読する参考にする感じである。

実践力を身につける Pythonの教科書

実践力を身につける Pythonの教科書

  • 作者:クジラ飛行机
  • 発売日: 2016/10/26
  • メディア: 単行本(ソフトカバー)
これとか、かなり前に買ったけど、これで一通りは十分役立っている。一通り読んだあとは索引を頼りにコード書くときの参考にしている。もうちょっと索引が充実してるといいのだけれど。まあネットで検索、キーワードを集めて索引から該当するページを見る、という使い方が多い。

統計処理は機械学習ともつながっているので機械学習の入門書から入るのもいいけど。最近は機械学習というより深層学習が流行りでそればっかり、という感じであるが、本来深層学習は機械学習の一部の手法だろうから、まずは機械学習、というかそれにまつわる統計の使い方からきちんとやったほうが良いのだろうな。

オライリーの本は手順通りになぞっていくのはやりやすいのだが、読み物としての面白さ、というか読みやすさの点ではちょっとね。でもとりあえずこの1冊はおさえておきたいところ。

バイオ系データ解析でよく出てくるPCAや系統樹クラスタリング、発現量ヒートマップなどの入門的にはまずはこれ。

Pythonによるバイオデータ解析入門

Pythonによるバイオデータ解析入門

結局、具体的なコードはネット参照が多いのだけど、コードの書き方は結構人によって違うので、説明がちゃんとされている本もあったほうがいい。

ダブルタップでドラッグ

以前はコントロールパネルのトラックパッドの設定のところでできていたと思う設定がどこでやったらいいのかわからなかったので調べてみた。

アイコンやウインドウの位置を動かしたりドラッグドロップでファイルを開いたりしたいとき、マウスなら左クリックボタンを押したまま動かせばいいわけだが、トラックパッドで押したまま動かすというのは結構やりにくい。
そこで以前からずっと使っていた方法がダブルタップをしてそのまま指をパッドにくっつけておき、そのままスーッと滑らせると対象物を動かせる機能。その設定方法が久しぶりに買い替えたMacBookAirのCatarinaではわからなかったのだが。

f:id:k-kuro:20201031200731p:plain
アクセシビリティから設定するのか。

f:id:k-kuro:20201031200902p:plain
ポインタコントロールを開く

f:id:k-kuro:20201031201004p:plain
トラックパッドオプションを開き、「ドラッグを有効にする」にチェックを入れ、「ドラッグロックあり」を選ぶ。

以上。

これで一本指でドラッグドロップも範囲選択も簡単にできる。

画像をカタログ化して共有する

顕微鏡の画像データが蓄積してきているが、いまいち整理されてなくて、バラバラにCD-Rとかに保存されているので一元管理したい。
できればサムネイル付きでカタログ化しておいて、目的の画像をパラパラっと見つけ出せるようであればなお良い。

ということでまず画像の在り処をリストアップする方法から。

./pictures
                /.DS_Store
                /200101
                              /otaku.png
                              /otaku_tshirt_man.png
                /200201
                              /clover_itsutsuba.png
                              /plant_chlamydomonas.png
                              /tree_sequoia.png
                /200301
                              /.DS_Store
                              /fantasy_bird_yatagarasu.png
                              /youkai
                                          /youkai_amabiko.png
                                          /youkai_nurikabe.png
                /200401
                              /pet_darui_cat.png
                              /shigoto_zaitaku_cat_man.png
                /200501
                              /chikyu_inseki_syoutotsu.png
                              /kaseki_kohaku_bug.png
                              /tokusatsu_kaiju_blue.png

こういう構成で保存されているとする。(ちなみに画像はいらすとやからもらってきた画像)
かわいいフリー素材集 いらすとや

import os
dir = "./pictures"     
files = os.walk(dir)
for dirpath, dirs, files in files:
    for f in files:
        print(os.path.join(dirpath, f))

こうすると以下のように返ってくる。

./pictures/.DS_Store
./pictures/200101/otaku.png
./pictures/200101/otaku_tshirt_man.png
./pictures/200201/clover_itsutsuba.png
./pictures/200201/plant_chlamydomonas.png
./pictures/200201/tree_sequoia.png
./pictures/200301/.DS_Store
./pictures/200301/fantasy_bird_yatagarasu.png
./pictures/200301/youkai/youkai_amabiko.png
./pictures/200301/youkai/youkai_nurikabe.png
./pictures/200401/pet_darui_cat.png
./pictures/200401/shigoto_zaitaku_cat_man.png
./pictures/200501/chikyu_inseki_syoutotsu.png
./pictures/200501/kaseki_kohaku_bug.png
./pictures/200501/tokusatsu_kaiju_blue.png

一方、イメージファイルの一覧をHTMLファイルにカタログとして作るプログラムとして次のようなものを見つけた。

import os
from PIL import Image

pic_dir = './pictures/200101/'
filenames = os.listdir(pic_dir)
imgl=[]
ww=[]
hh=[]
for fname in sorted(filenames):
    path, ext = os.path.splitext( os.path.basename(fname) )
    if ext=='.png' or ext=='.jpg' or ext=='.tiff' and path[0:2]!='._':
        pic=path+ext
        im=Image.open(pic_dir + pic)
        w=im.size[0]
        h=im.size[1]
        print(pic, w, h)
        imgl=imgl+[pic]
        ww=ww+[w]
        hh=hh+[h]

f=open(pic_dir+'test1.html','w')
print('<html>',file=f)
print('<body>',file=f)
print('<table>',file=f)
n=len(imgl)
m=int(n/5)+1
k=-1
for i in range(0,m):
    print('<tr>',file=f)
    for j in range(0,5):
        k=k+1
        if k<=n-1:
            pic=imgl[k]
            w1=200
            h1=int(hh[k]/ww[k]*200)
            print('<td align="center"><img src="'+pic+'" alt="pic" width="'+str(w1)+'", height="'+str(h1)+'"><br><a href="'+pic+'">I'+pic+'<a></td>',file=f)
        else:
            print('<td></td>',file=f)
    print('</tr>',file=f)
print('</table>',file=f)
print('</body>',file=f)
print('</html>',file=f)
f.close()

これで画像ディレクトリ内の画像をそのディレクトリにhtmlでカタログ化できる。サムネイルは画像ファイルとしては生成せず、表示を小さくしているだけなので、ファイルサイズがでかくなってくると問題が生じるかもしれない。
1行に5画像まで並ぶ一覧が生成される。
f:id:k-kuro:20201025173553p:plain

import os
from PIL import Image

dir = "./pictures"     
files = os.walk(dir)
for dirpath, dirs, files in files:
    pic_dir = dirpath +'/'
    filenames = os.listdir(pic_dir)
    imgl=[]
    ww=[]
    hh=[]
    for fname in sorted(filenames):
        path, ext = os.path.splitext( os.path.basename(fname) )
        if ext=='.png' or ext=='.jpg' or ext=='.tiff'  and path[0:2]!='._':
            pic=path+ext
            im=Image.open(pic_dir + pic)
            w=im.size[0]
            h=im.size[1]
            print(pic, w, h)
            imgl=imgl+[pic]
            ww=ww+[w]
            hh=hh+[h]

    f=open(pic_dir+'list.html','w')
    print('<html>',file=f)
    print('<body>',file=f)
    print('<table border="1">',file=f)
    n=len(imgl)
    m=int(n/5)+1
    k=-1
    for i in range(0,m):
        print('<tr>',file=f)
        for j in range(0,5):
            k=k+1
            if k<=n-1:
                pic=imgl[k]
                w1=200
                h1=int(hh[k]/ww[k]*200)
                print('<td align="center"><img src="'+pic+'" alt="pic" width="'+str(w1)+'", height="'+str(h1)+'"><br><a href="'+pic+'">I'+pic+'<a></td>',file=f)
            else:
                print('<td></td>',file=f)
        print('</tr>',file=f)
    print('</table>',file=f)
    print('</body>',file=f)
    print('</html>',file=f)
    f.close()

これで各フォルダにそのフォルダに含まれる画像リストを生成する。
あとはフォルダへのリンクをどうにかすればとりあえずのカタログ化は完成なわけだ。

import os
from PIL import Image

dir = "./pictures"     
files = os.walk(dir)
dp=[]
for dirpath, dirs, files in files:
    pic_dir = dirpath +'/'
    filenames = os.listdir(pic_dir)
    imgl=[]
    ww=[]
    hh=[]   
    for fname in sorted(filenames):
        path, ext = os.path.splitext( os.path.basename(fname) )
        if ext=='.png' or ext=='.jpg' or ext=='.tiff'  and path[0:2]!='._':
            pic=path+ext
            im=Image.open(pic_dir + pic)
            w=im.size[0]
            h=im.size[1]
            print(pic, w, h)
            imgl=imgl+[pic]
            ww=ww+[w]
            hh=hh+[h]

    f=open(pic_dir+'list.html','w')
    print('<html>',file=f)
    print('<body>',file=f)
    print('<table border="1">',file=f)
    n=len(imgl)
    m=int(n/5)+1
    k=-1
    for i in range(0,m):
        print('<tr>',file=f)
        for j in range(0,5):
            k=k+1
            if k<=n-1:
                pic=imgl[k]
                w1=200
                h1=int(hh[k]/ww[k]*200)
                print('<td align="center"><img src="'+pic+'" alt="pic" width="'+str(w1)+'", height="'+str(h1)+'"><br><a href="'+pic+'">I'+pic+'<a></td>',file=f)
            else:
                print('<td></td>',file=f)
        print('</tr>',file=f)
    print('</table>',file=f)
    print('<a href="../list.html">back</a><br>',file=f)
    p=len(dirs)
    r=-1
    for q in range(0,p):
        r=r+1
        dpath=dirs[r]
        print('<a href="'+dpath+'/list.html">'+dpath+'</a><br>',file=f)
    print('</body>',file=f)
    print('</html>',file=f)
    f.close()

f:id:k-kuro:20201025202410p:plain
なおここまでは静的なHTMLファイルでの方法なので、Flaskで動的なサイトを作るにはもうちょっと作り込みが必要。
このあと追加したい機能
SQLとの連携
画像ダウンロード
一括ダウンロード
一括アップロード&自動カタログ生成
ImageJSを組み込んでWeb上で画像解析できるようにする。

ADBキーボードをUSB化する(その2)

さて、できるだけもとの基板パターンを利用しつつ、Pro Microを移植していく。

とりあえず半分だけ配線完了したので、ProMicroも乗っけてファームウェアを書き込んでみる。

表から見るとほぼ何事もなかったように見えるが、

f:id:k-kuro:20201017202904j:plain
今回のブツは下側のもの

裏を見るとえらいことになっているのがわかる?
f:id:k-kuro:20201017203002j:plain

アップにするとこんな感じ。

f:id:k-kuro:20201017203028j:plain
各スイッチの片方の足はまあ普通にProMicroとつなぐだけ。マトリックスになっているので8箇所をつなぐだけ。
反対側の足はまずダイオードで整流の後束ねてやる。できるだけジャンパワイヤで遠くを繋がず、ダイオードの足だけでつなごうと頑張ったらこんなことになった。

ショートしないようにある程度完成したらホットボンドか何かで固定しておこう。

さて、入力は・・・完璧です。
とても気持ちよく入力可能。

ADBキーボードをUSB化する

先日入手したADBキーボードがどうも調子が悪い。チャタリングがひどいといえばそうなんだが、特定のキー入力がダブるというよりはランダムにダブる。
これはスイッチがへたれているというよりはキーボードのICか周辺の回路に問題があるんだろうと思う。いっそのことUSB化してしまえ。

f:id:k-kuro:20201004235711p:plain

キーマトリクスを解析するとこんな感じなので、

f:id:k-kuro:20201004235728p:plain

こんな感じに改変してやればいい(太枠は接続を変更するキー)

f:id:k-kuro:20201004235738p:plain

QMKファームウェアでコントロールできるはず。

水色のところだけ元のパターンを切ってつなぎ替える必要がある。それ以外は元の基板パターンをそのまま流用できる。
とは言っても片方の足はダイオードをかませる必要があるから結構な面倒くささになるとは思う。

一旦スイッチのハンダを全部とって3枚おろしにする必要がありそうだ。そのうえでいらないICやコンデンサなどを全部取っ払って代わりにPro microとダイオードをどうにか仕込む。

追記
一部実際の配列と違う点があったため修正

これほしいなあ

SU120を使ってメカニカルキーボードを作る(ソフトウェア編)

キーの配置も決まって配線もできたので、キーボードファームウェアを作る。

コントローラはArduino Pro Micro互換を使い、QMK firmwareで制御することにする。
docs.qmk.fm

かなりシェアの大きい(といってもコアな趣味の人たちにだけど)環境なので、先人の知恵を借りる。

okayu-moka.hatenablog.com
こちらの記述が非常に参考になった。

$ git clone --recurse-submodules https://github.com/qmk/qmk_firmware.git
$ cd qmk_firmware
$ util/qmk_install.sh

これは以前にすでに取得済みであったし、インストールもしてあったが念のため。

$ util/new_keyboard.sh 
Generating a new QMK keyboard directory

Keyboard Name: kuro_sp
Keyboard Type [avr]: 
Your Name: kuro

Copying base template files... done
Copying avr template files... done
Renaming keyboard files... done
Replacing %YEAR% with 2020... done
Replacing %KEYBOARD% with kuro_sp... done
Replacing %YOUR_NAME% with kuro... done

Created a new keyboard called kuro_sp.

To start working on things, cd into keyboards/kuro_sp,
or open the directory in your favourite text editor.

こんな感じに新しい設定を作成すると、
qmk_firmware/keyboards/kuro_sp
というディレクトリが生成され、中に設定ファイルが作成されている。

rules.mk

# MCU name
MCU = atmega32u4 #ここをPro microなのでatmega32u4に

# Bootloader selection
#   Teensy       halfkay
#   Pro Micro    caterina
#   Atmel DFU    atmel-dfu
#   LUFA DFU     lufa-dfu
#   QMK DFU      qmk-dfu
#   atmega32a    bootloadHID
BOOTLOADER = caterina    #ここを上の説明に従って変える

# Build Options
#   change yes to no to disable
#
BOOTMAGIC_ENABLE = lite     # Virtual DIP switch configuration
MOUSEKEY_ENABLE = yes       # Mouse keys
EXTRAKEY_ENABLE = yes       # Audio control and System control
CONSOLE_ENABLE = no         # Console for debug
COMMAND_ENABLE = no         # Commands for debug and configuration
# Do not enable SLEEP_LED_ENABLE. it uses the same timer as BACKLIGHT_ENABLE
SLEEP_LED_ENABLE = no       # Breathing sleep LED during USB suspend
# if this doesn't work, see here: https://github.com/tmk/tmk_keyboard/wiki/FAQ#nkro-doesnt-work
NKRO_ENABLE = no            # USB Nkey Rollover
BACKLIGHT_ENABLE = no       # Enable keyboard backlight functionality
RGBLIGHT_ENABLE = no        # Enable keyboard RGB underglow
BLUETOOTH_ENABLE = no       # Enable Bluetooth
AUDIO_ENABLE = no           # Audio output
SPLIT_KEYBOARD = yes    #分割キーボードなのでこれを追加

オプションに分割キーボードの設定を足しておく。他のオプションはそのままデフォルトでいいと思う。

config.h

/* USB Device descriptor parameter */
#define VENDOR_ID    0xFEED
#define PRODUCT_ID   0x0001
#define DEVICE_VER   0x0001
#define MANUFACTURER kuro
#define PRODUCT      kuro_sp

/* key matrix size */
#define MATRIX_ROWS 12    #6行*2分割で12
#define MATRIX_COLS 7 #左手は6列、右手は7列だが多い方で作成

#define MATRIX_ROW_PINS { D4, C6, D7, E6, B4, B5 }  #結線したポートに合わせて。SU120だと基板にそのままのポート番号が書かれていて便利
#define MATRIX_COL_PINS { B6, B2, B3, B1, F7, F6, F5 }
#define UNUSED_PINS

/* COL2ROW, ROW2COL */
#define DIODE_DIRECTION COL2ROW

/*
 * Split Keyboard specific options, make sure you have 'SPLIT_KEYBOARD = yes' in your rules.mk, and define SOFT_SERIAL_PIN.
 */
#define SOFT_SERIAL_PIN D2  // or D1, D2, D3, E6   #SU120だとD2に結線済み

f:id:k-kuro:20200927162910p:plain

kuro_sp.h

 #define LAYOUT( \
     L00,                                  R00,                           \
     L10, L11, L12, L13, L14, L15,     R10, R11, R12, R13, R14, R15, R16, \
     L20, L21, L22, L23, L24, L25,     R20, R21, R22, R23, R24, R25, R26, \
     L30, L31, L32, L33, L34, L35,     R30, R31, R32, R33, R34, R35, R36, \
     L40, L41, L42, L43, L44, L45,     R40, R41, R42, R43, R44, R45, R46, \
     L50,      L52, L53, L54, L55,     R50, R51,      R53, R54, R55, R56  \
 ) \
 { \
     { L00, KC_NO, KC_NO, KC_NO, KC_NO, KC_NO, KC_NO }, \
     { L10, L11, L12, L13, L14, L15, KC_NO }, \
     { L20, L21, L22, L23, L24, L25, KC_NO }, \
     { L30, L31, L32, L33, L34, L35, KC_NO }, \
     { L40, L41, L42, L43, L44, L45, KC_NO }, \
     { L50, KC_NO, L52, L53, L54, L55, KC_NO }, \
     { R00, KC_NO, KC_NO, KC_NO, KC_NO, KC_NO, KC_NO }, \
     { R10, R11, R12, R13, R14, R15, R16 }, \
     { R20, R21, R22, R23, R24, R25, R26 }, \
     { R30, R31, R32, R33, R34, R35, R36 }, \
     { R40, R41, R42, R43, R44, R45, R46 }, \
     { R50, R51, KC_NO, R53, R54, R55, R56 }  \
 }

スイッチのないところにはKC_NOを入れる。

keymaps/default/keymap.c

#include QMK_KEYBOARD_H

// Defines names for use in layer keycodes and the keymap
enum layer_names {
    _BASE,
    _FN
};

// Defines the keycodes used by our macros in process_record_user
enum custom_keycodes {
    QMKBEST = SAFE_RANGE,
    QMKURL
};

const uint16_t PROGMEM keymaps[][MATRIX_ROWS][MATRIX_COLS] = {
    /* Base */
    [_BASE] = LAYOUT(
        KC_ESC, KC_BSPC, \
        KC_5, KC_4, KC_3, KC_2, KC_1, KC_GRV, KC_6, KC_7, KC_8, KC_9, KC_0, KC_MINS, KC_EQL, \
        KC_T, KC_R, KC_E, KC_W, KC_Q, KC_TAB, KC_Y, KC_U, KC_I, KC_O, KC_P, KC_LBRC, KC_RBRC, \
        KC_G, KC_F, KC_D, KC_S, KC_A, KC_LCTL, KC_H, KC_J, KC_K, KC_L, KC_SCLN, KC_QUOT, KC_ENT, \
        KC_B, KC_V, KC_C, KC_X, KC_Z, KC_LSFT, KC_N, KC_M, KC_COMM, KC_DOT, KC_SLSH, KC_BSLS, KC_RSFT, \
        KC_BSPC, KC_SPC, KC_LGUI, KC_LALT, MO(_FN), KC_ENT, KC_SPC, KC_LEFT, KC_RGHT, KC_UP, KC_DOWN \
        // KC_A,    KC_1,    MO(_FN),
        //     KC_TAB,   KC_SPC
    ),
    [_FN] = LAYOUT(
        KC_DEL, KC_END, \
        KC_F5, KC_F4, KC_F3, KC_F2, KC_F1, KC_CAPS, KC_F6, KC_F7, KC_F8, KC_F9, KC_F10, KC_F11, KC_F12, \
        _______, _______, _______, _______, _______, _______, _______, _______, KC_INS, _______, KC_PAUS, _______, _______, \
        _______, _______, _______, KC_PSCR, _______, _______, KC_HOME, _______, _______, KC_SLCK, _______, _______, _______, \
        _______, _______, _______, _______, _______, _______, _______, _______, _______, _______, _______, _______, _______, \
        _______, _______, _______, _______, _______, _______, _______, _______, _______, KC_PGUP, KC_PGDN \
        // QMKBEST, QMKURL,  _______,
        //     RESET,    XXXXXXX
    )
};

bool process_record_user(uint16_t keycode, keyrecord_t *record) {
    switch (keycode) {
        case QMKBEST:
            if (record->event.pressed) {
                // when keycode QMKBEST is pressed
                SEND_STRING("QMK is the best thing ever!");
            } else {
                // when keycode QMKBEST is released
            }
            break;
        case QMKURL:
            if (record->event.pressed) {
                // when keycode QMKURL is pressed
                SEND_STRING("https://qmk.fm/\n");
            } else {
                // when keycode QMKURL is released
            }
            break;
    }
    return true;
}

まずはこんな感じに設定してみる。

早速書き込む。
その前にビルド
qmk_firmwareのルートで

$ make kuro_sp:default

でビルド。
Pro microを接続して

$ make kuro_sp:default:avrdude

Detecting USB port, reset your controller now.
とでたらリセットボタンを1回押す。
そうすると書き込みが始まる。

で、入力をテストしてみたところ無事に間違いもなく入力できた。
めでたしめでたし。

なんだけど、ちょっと入力をしてみると、左手のdeleteが便利なようでスペースと押し間違える。これはもうちょっと配置を考えるか、そのうち慣れるか?


追記
左手右下のdelはやはり違和感があるためなくし、スペースキーを大きくすることにした。ついでにコマンドキーもちょっと大きくしてやる。
そもそもシンメトリーではないのでかえっていい感じかもしれない。

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