RX300S7にCentOS7をインストール。 計算ノードとして。 300GB SASドライブにシステムインストール。 一般ユーザーは作成しない。 NFSでヘッドノードの/home以下、/usr/local以下をマウント NISでヘッドノードで作成したユーザ情報を共有NFSのホスト：rx1330m…

ベンチマークソフトを使ってもいいけど、実際に仕事に使うスクリプトを処理するのにかかる時間を計測したほうが意味があるだろう。 ということで、試しにBAMファイルをcufflinksにかけて遺伝子発現量を算出させてみた。 処理してみたBAMファイルは 1, 4.4GB…

あるとき再起動したあと、NISクライアントがuserを受け付けてくれなくなり、ちょっと途方に暮れる。 NISサーバがどういうわけか起動していないので再起動してみたが、エラーが出て起動してくれない。 systemd[1]: Starting NIS/YP (Network Information Serv…

CentOS7でPXEサーバを立ててディスクレスブートを試しているのだが、どうにもNASのTeraStationがマウントできない。 マシンスペックが異なるがHDDでブートしているノードからはNFSで普通にマウントできているのだが。 どうしても mount.nfs: timeout set for…

結局RX200S7を追加入手。やすかったものでつい。 PRIMERGY RX200 S7 ラックベースユニット(2.5インチ×4) / PYR207RQN3 基本スペックは CPU:xeon E5-2520 (2.0GHz 6core 12thread) *2 MEM:16GB UDIMM HDD:なし RAID:オンボードSATAソフトウェアRAIDのみ CD/DV…

まずはTerastationの設定。 これまでのところNFS以外はすべて切っていたが、Macから接続するならAFPが便利なのでAFPをオンにする。 WEBブラウザでterastationに接続し、ファイル共有設定画面でAFPのスライドスイッチを１にしておく。 次にヘッドノードのポー…

中古サーバ主体のクラスタのため、メモリはあまり潤沢にあるとは言えない。（システムとしては1ノードあたり192GBまで乗せることができるが現状1ノードに12GBしか積んでない。26GBまでは増強予定だが。） なので、無茶な計算をさせると一気にメモリを使い切…

Unable to copy file /var/lib/torque/spool/147.HostA.OU to quser@HostA:/home/quser/test.sh.o147, error 1 *** error from copy Host key verification failed. lost connection *** end error output Output retained on that host in: /var/lib/torque…

どうもちゃんと動いていないような気がしてならないので、いろいろテストしてみる。 $ echo "sleep 30" | qsub -l nodes=1:ppn=8こういうふうにジョブを投げると $ qstat -t Job ID Name User Time Use S Queue ------------------------- ---------------- …

TORQUEのインストールは以前やった通り。3ノードがstatus: freeで認識された。せっかくなのでmpiも入れてベンチマークなどもしてみたいのだが。 # yum install -y openmpi openmpi-develすべてのノードにインストール 使用するユーザ（root以外）についてPAT…

ディスクレスについてはまだちょっとハードルが高いので、とりあえず各サーバにRAID1でディスクを配置してシステムをインストールした。そのままではそれぞれのサーバにソフトウェアをインストールしたり使い勝手がイマイチなのでNFSでヘッドノードのディレ…

ヘッドノードも入ったことだし、古いサーバーはディスクレスにしてやることで安定動作＆消費電力の節約を図りたい。流石に５年以上使ったSASの15krpmディスクなんていつ壊れてもおかしくないので。実際１個壊れかけていたし。ということでヘッドノードにdhcp…

最終的にはヘッドノードを独立させて、計算ノードはネットワークブートで運用しようと思うが、まずは2ノードでそれぞれHDDでブートして一方がヘッドノードも兼ねるという構成で構築実験をしてみようと思う。https://qiita.com/yf_xa/items/6042619a5d1a3decf…

server2にもHDDを入れることにしたので、インストール再び。server1のHDDをserver2に差し替えてみたら、SAS raid コントローラの型番が違っていてraidがぶっ壊れてしまったので、server1の方も再インストールのおまけ付き。まずは最小インストール。ネットワ…

ずいぶん昔、まだ世の中にネットワークルータというハードウェアがほとんどなく、あったとしてもマニアックな超高級品であった時代、Linux-boxをルータとして使うIP-Masqueradeを組んだ・・・というのがLinuxとの最初の出会いであったなあ・・・（遠い目時代…

https://qiita.com/yubais/items/7c40227a17569dc9d412http://www.kurobuti.com/linux_server/?page_id=58 ディスクレスクライアント https://www.server-world.info/query?os=CentOS_7&p=pxe&f=4まずは入れてみる。 最初に導入したサーバーのイーサネットポ…

flaskで作ったwebアプリの起動を python3 manage.py runserver で行っていたが、このままではシステム立ち上げ時にそのまま起動できるようにならないので、uWSGIを介した起動をしないといけないのかなと思っていたが、flaskをpythonから読み込むのじゃなくて…

まずとにかくyumでwgetとnanoだけは入れておく。そのうえでlinuxbrewを入れてしまえば、ほぼ問題なく殆どの環境が構築できてしまった。 http://linuxbrew.sh Linuxbrewのインストール方法は上のサイトのままでOK幾つかのソフトは $ brew tap brewsci/science…

CentOS6.2にて環境構築を試みるも、やっぱりちょっとあちこち古くて、構築に難儀しそうだったので、最新の7を入れることにした。そうしたところ自分の知っているコマンドと色々変わっているらしく、それはそれで色々苦労しそうな予感。まずはネットワークの…

というわけで出来心から中古ラックマウントサーバマシンを入手してしまった。 富士通のPRIMERGYシリーズで、５年保守期間が切れて市場に出たものの、大量に売れ残って投げ売りされている2010年ごろのモデル RX200 S6がそれだ。 http://jp.fujitsu.com/platfo…