CentOS7
新規構築したCentOS7環境にLinuxbrewでpython3.7をインストールするとmatplotlibがインポートできない現象が出て、どうにかpython3.6を入れてお茶を濁そうとしていたわけだ。 Mac OSXのHomebrewではgit checkoutで古いバージョンのインストールができるよう…
公開されているSRAファイルをダウンロードして再解析がしたいとき、データのダウンロードが結構面倒なので（サイトの構造が複雑すぎてなかなかファイル本体にたどり着けない）専用のツールを利用したい。 とおもってインストールをbrewからやってみた。 $ br…
$ cd /home/linuxbrew/.linuxbrew/Homebrew/Library/Taps/homebrew/homebrew-core/Formula $ git log python.rb commit b02eee23d9ac8e1027a212f269da6edd4c1f0f5f Author: BrewTestBot <homebrew-test-bot@lists.sfconservancy.org> Date: Mon Apr 20 06:02:17 2020 +0000 python: update 3.7.7_1 bottl</homebrew-test-bot@lists.sfconservancy.org>…
Traceback (most recent call last): File "manage.py", line 2, in <module> from app import app, manager File "/home/kuro/database/app/__init__.py", line 23, in <module> from app.views import samples, genes, anno, fasta, blast, blast_nb, crispr, clustalw, se</module></module>…
昨年度末にディスコン間近と思われるTX1310M3を購入したっきり、全然時間がなくて放置してあったのだが、ちょっと触ってみる。まず、これまでのRX200や300とはBIOSがUEFIになっている点でかなり勝手が違う。同じUEFIのRX1330M3ともなにやら違っていてこのTX1…
サーバ CPU メモリ 理論性能 RX1330M3 E3-1230v6(4C/8T, 3.50GHz) DDR4-2400 (PC4-19200E) UDIMM 64GB 224.0GFLOPS RX300S7 E5-2667(6C/12T, 2.90GHz)x2 DDR3-1600 (PC3L-12800R) LV-RDIMM 32GB 278.4GFLOPS RX300S7 E5-2643(4C/8T, 3.30GHz)x2 DDR3-1600 (P…
deep learningの本を読めば読むほどに自分のやりたいことが教師あり深層学習ではできないんじゃないかと思い始めた。結局正解、不正解が明確に判定できる例が多数ないと、その特徴を抽出する学習が機能しないわけだが、世の中そんなに白黒はっきりした例が揃…
%matplotlib inline import matplotlib.pyplot as plt import pandas as pd import matplotlib as mpl color_codes = {1:'#E60012', 2:'#F39800', 3:'#FFF100', 4:'#8FC31F', 5:'#009944', 6:'#009E96', 7:'#00A0E9', 8:'#0068B7', 9:'#1D2088', 10:'#920783…
これまたしょっちゅう・・・activeなゾーンの表示 # firewall-cmd --list-all public (active) target: default icmp-block-inversion: no interfaces: eth0 sources: services: dhcpv6-client ssh ports: protocols: masquerade: no forward-ports: source-…
すぐに忘れてしょっちゅう調べている気がするので、覚書。基本のネットワーク設定 # nmcli c m eth0 ipv4.method manual ipv4.addresses 192.168.1.101/24 ipv4.gateway 192.168.1.1 ipv4.dns 8.8.8.8 connection.autoconnect yesこの例ではDHCPをやめて手動…
こうなっているNAT接続を こういうBridge接続に変える方法。もともとKVMホストeno0にあてがっていた192.168.0.40をブリッジにあてがう。 # nmcli d DEVICE TYPE STATE CONNECTION eno0 ethernet 接続済み 有線接続 1 virbr0 bridge 接続済み virbr0 eno1 eth…
だいぶ仕事がまとまってきて、新しく学生なども入ってくるようになった。こうなるとそのうちインフォマティクスをやりたいという学生もきっと入ってくるだろう。最初のうちはとりあえず自分のPCでどうにかしてもらえばいいが、そのうちきっとサーバを触るこ…
諸般の事情でRX200S6のRAIDカードを他に回したところ、enbedded MegaRAIDがCentOS7ではドライバがなくて使えないということになり、まあ引退して部品取りでもいいかと思っていたのだけれど、せっかくあるハードウェアを眠らせておくのももったいないというこ…
ここまで基本FujitsuのPrimergyシリーズでサーバを構築してきたのだが、ファイルサーバを別個に立てる必要性が出てきた。 ファイルサーバなのでそんなに強力なCPUもいらないけど、3.5インチHDDが4台くらいは内蔵できてほしい＆ラック型1Uで場所を取らない＆…
pyenvで仮想化 $ git clone https://github.com/yyuu/pyenv.git ~/.pyenv $ echo 'export PYENV_ROOT="$HOME/.pyenv"' >> ~/.bashrc $ echo 'export PATH="$PYENV_ROOT/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc $ echo 'eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bashrc $ source ~/.…
サーバ CPU メモリ 理論性能 RX1330M3 E3-1230v6(4C/8T, 3.50GHz) 2400 UDIMM 64GB 224.0GFLOPS RX300S7 E5-2667(6C/12T, 2.90GHz)x2 1600 LV-RDIMM 32GB 278.4GFLOPS RX300S7 E5-2643(4C/8T, 3.30GHz)x2 1600 LV-UDIMM 24GB 211.2GFLOPS RX200S7 E5-2630(6C…
なかなか先に進まないが、とりあえずちょとでもいじってみるか。 jupyter notebookの使い方を確かめながらmnistのデータを使った練習をやってみる。いろいろわからないまま言われるままに入力し、その出力をまずは眺めてみる。
deep learning machineの構成をあれこれいじっているうちに動作がおかしくなってきたので、一旦リセットしてOSインストールからやり直すことにした。ここまでの手順ではCentOS7をデフォルトの最小構成でインストール ネットワーク設定 一般ユーザー追加 gnom…
手持ちのサーバの構成を考え、Deep learningの環境テストを行うノードをPRIMERGY RX200S6に移した。手順は クラスタから切り離す。 一般ユーザを作成。 グラボを移し替え。 NVIDIAのドライバインストール。 CUDAのインストール。 pyenvインストール。 anacon…
サーバにはCentOS7をインストールして使っている。 基本的にサーバにはsshかvncで接続して使っているわけだが、端末としてはMacOSXを使用しており、キーボードもmacの（それもかなりレガシーな）US配列のものを使っているため、いまいちキーマップが一致せず…
サーバ CPU メモリ 理論性能 RX1330M3 E3-1230v6(4C/8T, 3.50GHz) 2400 UDIMM 64GB 224.0GFLOPS RX300S7 E5-2667(6C/12T, 2.90GHz)x2 1600 LV-RDIMM 32GB 278.4GFLOPS RX300S7 E5-2643(4C/8T, 3.30GHz)x2 1600 LV-UDIMM 24GB 211.2GFLOPS RX200S7 E5-2620(6C…
続き次にanacondaを入れる 最初普通にanacondaのサイトからインストーラをダウンロードしてきて $ bash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.shとインストールしてtensorflowをpipで入れて・・・とやってみたのだが、glibcのバージョンがCentOS7では2.17、tensorfl…
データ解析をする上で無視できない深層学習(deep learning)を使えるように勉強中なのだが、手元に実機があったほうがいろいろと試せて良いだろう、ということでサーバの１ノードを深層学習用GPUマシンにすることにした。 当初RX200S7 (XEON E5-2620 x2)の1U…
まずはサーバの側の公開鍵・秘密鍵を設定秘密鍵をmacの側で~/.ssh/kuro-server などの名前で保存しておく /usr/local/bin/sshfs kuro@192.168.1.100:/home/kuro ./mnt -o IdentityFile=~/.ssh/kuro-serverというスクリプトをautomatorで作成してアプリとして…
==> Upgrading ruby ==> Downloading https://linuxbrew.bintray.com/bottles/ruby-2.6.1.x86_64_linux.bo ######################################################################## 100.0% ==> Pouring ruby-2.6.1.x86_64_linux.bottle.tar.gz Error: Th…
いつの頃からか $ brew update fatal: unable to access 'https://github.com/brewsci/homebrew-bio/': error setting certificate verify locations: CAfile: /home/linuxbrew/.linuxbrew/etc/openssl/cert.pem CApath: /home/linuxbrew/.linuxbrew/etc/ope…
redmineをインストールしようとして Redmineが依存するgemパッケージをインストールのため # bundle install --without development test --path vendor/bundle としようとすると、途中で Gem::Ext::BuildError: ERROR: Failed to build gem native extensio…
Torqueでジョブを投げると、errorとoutputが処理がすべて終わった後に書き出される。 しかし、何時間もかかる処理が果たしてちゃんと走っているのか心配になるので、できれば普通にスクリプトを走らせるときのように画面にstdoutを出しておきたいこともある…
RX1330M3 E3-1230 v6 3.5GHz 4C8T 224.0GFLOPS 18/11/06 13:06:26 [M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs [M::process] read 1815774 sequences (80000053 bp)... [M::process] read 1833396 sequences (80000011 bp)... [M::mem_process_seqs] Pr…
停電や不慮の電源トラブルに備えてオムロンのUPSを導入した。全サーバー群の電源を確保できるような大容量のUPSは高価なため、WEBサービス用データを保持しているヘッドノードとNFSサーバとして使っているTeraStationだけでもつないでおけるようにと、750Wの…
