以前チョロっと眺めていたjExcelを使ってウェブアプリに冷凍庫管理表を作ってみる。 javascriptなのでじつはあまり得意ではない。 しかし使い方は結構簡単そうだ。（実は実用するには結構ハードルが高いことは後でわかる） 設置方法は基本HTMLファイルにjava…

しばらく中断していたDeep Learningをまた再開しようと思う。 なんか、いろいろやっているうちに環境を壊してしまったので、再構築からスタート。 毎回、環境構築で時間がかかって、それだけで疲れてしまって肝心のデータ解析までできてないような。この分野…

すでに解かれているタンパク質モデルをお手本に別の似たタンパク質の立体構造を予測してみる。UCSF Chimeraでできるらしいのだが、このソフトウェアは色々できることがありすぎて、逆に使い方がわかりにくい。 そこで、そもそもChimeraも内部で使っているら…

やはりMac、Windowsから共有できるファイルサーバを一つ立てておこうということで。TX1310M3に起動ディスクとして1T (RAID1)、ファイル領域として4T (RAID1)を用意した。 ファイル領域は/mnt/disk2にマウントされている。 基本的にshareグループに入っている…

これまで、Fujitsu Primergy RX1330m3 をNGS解析用Cluster head node兼データベースサーバ兼WEBアプリサーバ兼開発プラットフォームというふうにフルに使っていた。 しかしデータベース＆WEBアプリをラボメンバーがよく使うようになってきて、NGS解析で無理…

以前より作っていたグラフ描画用ウェブアプリをバージョンアップしてつかいやすくした。 ボックスプロットやバーグラフに各要素点をかんたんに重ねることが可能になった。 これでNatureにも投稿し放題だね。いよいよExcelは必須ではなくなってきたな。

例えばStudent's T testをやるついでにグラフも描いとこうというような場合。 import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt df = pd.read_csv("./ttest.txt") des = df.describe() print(des) # plt.figure() des[des.index=='mean'].T.plot.bar(ye…

CentOSの行く末が不安なので、今のうちにとりあえずCentOS Streamの方を使ってみておくというのもよかろうということでCentOS7の仮想環境上にCentOS Stream 8をインストールしてみる。インストール自体はとくに変わったところもなく順調に終了。 インストー…

こういうファイルアップロードのボタンがいつの頃からか押せなくなってた。High sierraを使っている自宅Mac miniやCatalinaのMBAでは押せるので、職場のMojaveだけで起こっている現象のようだ。ちなみに どうもMojaveでSafariを14.0.1以上に上げるとこの現象…

.vncディレクトリのログファイルを見ると Xvnc TigerVNC 1.8.0 - built Nov 16 2020 16:47:50 Copyright (C) 1999-2017 TigerVNC Team and many others (see README.txt) See http://www.tigervnc.org for information on TigerVNC. Underlying X server rel…

兎に角デカイ画像ファイルを弄る必要があってメモリがMacminiじゃ足りない。 ということでサーバを一つ拵えようかと思っている。スペックを考えるに CPU：Xeon scalable (2nd Gen)で8コア以上 メモリ：128G以上、予算の許す限り。 MB：シングルCPUボードでも…

医学用途のフリー３D解析ソフトであるdrishtiをCentOS7にインストールしたい。 $ sudo yum install gcc-c++ $ brew install freeglut $ brew install glew $ brew install qt $ echo 'export PATH="/home/linuxbrew/.linuxbrew/opt/qt/bin:$PATH"' >> ~/.bas…

CentOS7のyumでインストールされるGitは1.xxとか古くてlinuxbrewのインストールでエラーが出て進まないので最新のGitをインストールする話。まずは # yum remove gitで古いのを消しておく。 次に バイナリをダウンロード https://mirrors.edge.kernel.org/pu…

インストールしたまんま放置されていたCentOS7にいまさらながらにLinuxbrewを入れようとしてどつぼにはまり中。自分の覚書の通りにまずやってみたらいきなり怒られる。 $ ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/linuxbrew/go/in…

先日MacBook Airを新たに導入したわけで、とりあえず書き物用としてOfficeはインストール済みである。 で、しばらく使ってきたわけだが、一昔前のサーバに引けを取らないパワーがありそうなんで、やはり開発環境やデータ解析環境なんかも入れておこうかなと…

やはりRとはなかなか仲良くなれないな。といってPythonでサラサラ～っとコードを書けるのかというと、結局は本と検索でどうにかやっているわけだが。 紙媒体の本はとりあえず大まかな感じを掴むのに向いている。 というわけで参考にしている本を並べてみる。…

以前はコントロールパネルのトラックパッドの設定のところでできていたと思う設定がどこでやったらいいのかわからなかったので調べてみた。アイコンやウインドウの位置を動かしたりドラッグドロップでファイルを開いたりしたいとき、マウスなら左クリックボ…

顕微鏡の画像データが蓄積してきているが、いまいち整理されてなくて、バラバラにCD-Rとかに保存されているので一元管理したい。 できればサムネイル付きでカタログ化しておいて、目的の画像をパラパラっと見つけ出せるようであればなお良い。ということでま…

さて、できるだけもとの基板パターンを利用しつつ、Pro Microを移植していく。とりあえず半分だけ配線完了したので、ProMicroも乗っけてファームウェアを書き込んでみる。表から見るとほぼ何事もなかったように見えるが、 今回のブツは下側のもの裏を見ると…

先日入手したADBキーボードがどうも調子が悪い。チャタリングがひどいといえばそうなんだが、特定のキー入力がダブるというよりはランダムにダブる。 これはスイッチがへたれているというよりはキーボードのICか周辺の回路に問題があるんだろうと思う。いっ…

キーの配置も決まって配線もできたので、キーボードファームウェアを作る。コントローラはArduino Pro Micro互換を使い、QMK firmwareで制御することにする。 docs.qmk.fmかなりシェアの大きい（といってもコアな趣味の人たちにだけど）環境なので、先人の知…

これまでずっとAppleのM0116とその互換キーボードばっかり使ってきたのだが、さすがに古くなってきて、部品も中古しかないので、この先いつ使えなくなってしまうかという不安もあるため、新たなキーボードを調達することにした。 で、どうせならフルカスタム…

以前一度作成していたADB-USB変換アダプタをまた作ってみた。 以前はCJMCU-beetleというArduino Leonardo互換基板を使って作成したが、無駄に高いので今回はお手頃価格で入手できるArduino Pro MicroというSparkFun（ https://www.sparkfun.com ）というメー…

インタラクティブに生成されたhtmlファイルをFlaskで表示させようとしたところブラウザがキャッシュファイルを読みに行ってしまって、作り変えた結果が表示されない。 data = dir + "/data_" + datetime.datetime.now().strftime('%y%m%d%H%M%S') + ".html" …

clustalwでsequenceのアライメントをとると、テキストで.alnというファイルが生成されるが、文字の並びとアスタリスクではわかりにくいことが多い。 なのでclustalxだとかMEGAだとかで表示するとカラフルに色分けで表示できるのでぱっと直感的に分かるのだが…

さて、１キーのキーボードができたら今度はそれを複数にしていきたいわな。ということで４キーに拡張してみた。 #include "Keyboard.h" const int buttonPinA = 6; // input pin for pushbutton int previousButtonStateA = HIGH; // for checking the state…

Arduino Pro microはArduino Leonardoの互換基板で、今回入手したのは更にそのコピー商品である。このArduinoクローンの特徴としていわゆるArduino UNOなどスタンダードなシリーズがATMegaシリーズのAVRを使っているのと異なり、32U4というUSBインターフェイ…

Arduino Pro micro を入手したのでとりあえずLチカの儀。KKHMF 2個 Leonardo Pro Micro ATmega32U4 5V/16MHz ブートローダ マイクロ USB Pro Mini 開発ボード Arduinoに対応メディア:オンボードには電源直結のLEDとシリアルのインジケータLEDしか載ってない…

1000枚以上あるようなTIFF画像にImageJで一律の処理を行いたい。 とてもじゃないが手ではやってられないのでマクロを使って自動運転する。 File＞New>Text Window を開き、次のようなスクリプトを作成して、Runする。 from ij import IJ from ij.io import D…

温度ロガーとかタイムラスプカメラを設置する場所が必ずしもwifiの届くところでない場合、Raspberry Piの時計をちゃんと合わせるのは結構面倒なことだ。特にモニタとかキーボードとか全然使えなくて、本体とカメラのみで運用する場合どうしようもない。そこ…