kuroの覚え書き

96の個人的覚え書き

local blastをグラフィカルに

モデル植物としてはゲノムデータがあまり完璧でない植物を研究対象にしているためBlast検索も外部データベースサイトに頼らず自分でシークエンスデータをあちこちから集めてきて自分仕様のBlastサーバを立てている。 これまでのところ、まあ自分で見るだけだ…

CentOS7上のDockerでDeep learning環境を構築

とりあえずDockerをインストールしてrunできる所まで来たのでいよいよDeep learning環境を構築していこうと思う。やることとしてはまずCentOS7にnvidiaのドライバを入れる。これは基本以前にやったとおりでいい。 k-kuro.hatenadiary.jp [kkuro@E5800-T110f-…

CentOS7にDocker

これまでデスクトップサーバで深層学習環境をUbuntuに構築するこころみをしてきたが、やはり時代はDockerだな、ということでUbuntuにDockerをインストールしたりまではやっていたのだが、なんというかやはりサーバとしてはUbuntuって凄く使い難い。なんか専…

帰ってきたJetson nano 2GB

というわけで2ヶ月のすったもんだの末、うちに帰ってきたJetson Nano 2GB。 左:帰ってきた2GB、右:買い足した4GB(B01)壊れる前はそもそもMacbookAirのACアダプタ(容量、定格上は十分なスペック)で起動できなかったところからすでに異常だったわけだが…

Jetson Nano 4GBと自作キーボード

壊れたJetson Nano 2GBの保証交換がちっとも進まないまま2ヶ月が過ぎようとしている。ということでもう一台買っちゃった。それも4GB。 今回はアマゾンではなく、日本での正規代理店らしい菱洋エレクトロから購入。アマゾンより安い。 ryoyo-gpu.jp基板丸出…

Macでzip圧縮してパスワードを掛ける(嘘情報に注意)

Mac

これ、毎回やり方を忘れて検索して騙される。 Finderで”xxxを圧縮”を選んでzipファイルを作成し、ターミナルを開いて、できたzipに対して $ zipcloak xxx.zipとやれ、パスワードを聞いてくるから2回入力してね。という説明がいっぱいされているが、実際これ…

Raspberry piにキャラクタLCDをつける(2)

とりあえず起動したらDHCPで拾ったアドレスなり、接続したESSIDなりを取得してLCDに表示させるようにしてみた。 #!/usr/bin/python3 # coding: utf-8 import subprocess import Adafruit_CharLCD as LCD import time # GPIO lcd_rs = 17 lcd_en = 27 lcd_d4 …

Raspberry piにキャラクタLCDをつける

お遊びではあるが、Raspberry PiにキャラクタLCDをつけてみた。 お遊びなのであえてこじんまりしたLCDをつけてみる。<液晶表示器(LCD)><液晶表示器(LCD)LCM0802A 8文字×2行 バックライト 青>1個<led-180>札幌貿易(Sapporo Boueki)Amazonこれと基本同…

Raspberry piのOSを更新

色々と継ぎ足し継ぎ足しやってきたので、だいぶシステムが汚れてきたし、SDカードの容量も上げたいかなと言うことでOSを入れ直すことにした。単純に容量アップを目指してddを使ってdisk imageのバックアップ、リストアを試みたが、リストア後のパーティショ…

Raspberry Pi でUSBカメラを使う(整理編)

まずは何はなくともV4L2 $ v4l2-ctl General/Common options: --all display all information available -C, --get-ctrl=<ctrl>[,<ctrl>...] get the value of the controls [VIDIOC_G_EXT_CTRLS] -c, --set-ctrl=<ctrl>=<val>[,<ctrl>=<val>...] set the value of the controls [VIDIOC_S_EXT_</val></ctrl></val></ctrl></ctrl></ctrl>…

Jetson nano 2GB壊れる

その時は突然やってきた。Jetson Nano 超入門 改訂第2版作者:Jetson Japan User Group,からあげ,北崎 恵凡,古瀬 勉,鶴長 鎮一,中畑 隆拓ソーテック社Amazon書籍も買って、本格的にいじっていこうと思った矢先、絵に書いたようにもわんと煙が立ち上り、あっけ…

Jetson nano 2GBを使う(1)

まずはこのページもJetson上で編集できるように日本語環境を入れておく。Jetsonで日本語が入力できるようにする│FABSHOP.JP -デジタルでものづくり! ファブショップ ! こちらの記事を参考にする。システム設定>言語サポート で日本語をインストールし、キ…

Jetson nano 2GB

とうとう手を出すことに。 https://amzn.to/33zSXVO NVIDIA Jetson Nano 2GB 開発者キットNVIDIAAmazonまずはOSのセットアップから。 developer.nvidia.com 現在の最新版は4.5.1らしい。Getting Started with Jetson Nano 2GB Developer Kit | NVIDIA Develo…

UVCカメラ

タイムラプス映像のクオリティをあげるべくカメラを買ってもらった。ELP バリフォーカルレンズ USBカメラ 800万画素 フルHD ウェブカメラ 高解像度 2448P 超小型ウェブカメラ ソニーIMX179/プラグ&プレイ/フリードライバー 2.8-12mmバリフォーカルレンズ Us…

Deep learningをDockerで構築

今どきDockerくらい使えないと、というわけですよ。Install Docker Engine on Ubuntu | Docker Documentation apt パッケージを更新し、必要なパッケージをインストール $ sudo apt-get update $ sudo apt-get -y install curl \ apt-transport-https \ ca-c…

Ubuntu環境をしっかりと入れる

自宅鯖で深層学習の学習環境を整えようと四苦八苦していて、私が主に使っているCentOS7に構築したkvm環境上のUbuntu18.04にNVIDIAのドライバやtensorflowをインストールするところまでやったわけだが。 結局kvmではビデオカードを仮想環境が使うとホストで…

React JSはじめました。

さっきやっとこさJSONやらAjaxをつかってフロントエンドとバックエンドのやり取りを成功させたところだが、 気を良くしてReactにも手を出してみる。まずnpmってなんなん?ってとこからですよ。 Node.jsってのをまず入れるんですね。 $ sudo yum install cent…

jExcelでスプレッドシートをwebアプリに仕込む(完成)

最終的にここに落ち着いた。 {% extends "base.html" %} {% import "bootstrap/wtf.html" as wtf %} {% block title %}Freezer list{% endblock %} {% block head %} {{ super() }} <link rel="stylesheet" href="https://bossanova.uk/jspreadsheet/v4/jexcel.css" type="text/css" /> </link>

jExcelでスプレッドシートをwebアプリに仕込む

以前チョロっと眺めていたjExcelを使ってウェブアプリに冷凍庫管理表を作ってみる。 javascriptなのでじつはあまり得意ではない。 しかし使い方は結構簡単そうだ。(実は実用するには結構ハードルが高いことは後でわかる) 設置方法は基本HTMLファイルにjava…

Deep Learning再び

しばらく中断していたDeep Learningをまた再開しようと思う。 なんか、いろいろやっているうちに環境を壊してしまったので、再構築からスタート。 毎回、環境構築で時間がかかって、それだけで疲れてしまって肝心のデータ解析までできてないような。この分野…

タンパク質立体構造の予測

すでに解かれているタンパク質モデルをお手本に別の似たタンパク質の立体構造を予測してみる。UCSF Chimeraでできるらしいのだが、このソフトウェアは色々できることがありすぎて、逆に使い方がわかりにくい。 そこで、そもそもChimeraも内部で使っているら…

CentOS7でsambaサーバ

やはりMac、Windowsから共有できるファイルサーバを一つ立てておこうということで。TX1310M3に起動ディスクとして1T (RAID1)、ファイル領域として4T (RAID1)を用意した。 ファイル領域は/mnt/disk2にマウントされている。 基本的にshareグループに入っている…

ラボ内サーバ体制の見直し

これまで、Fujitsu Primergy RX1330m3 をNGS解析用Cluster head node兼データベースサーバ兼WEBアプリサーバ兼開発プラットフォームというふうにフルに使っていた。 しかしデータベース&WEBアプリをラボメンバーがよく使うようになってきて、NGS解析で無理…

グラフの要素を平均やボックスプロットに重ねる

以前より作っていたグラフ描画用ウェブアプリをバージョンアップしてつかいやすくした。 ボックスプロットやバーグラフに各要素点をかんたんに重ねることが可能になった。 これでNatureにも投稿し放題だね。いよいよExcelは必須ではなくなってきたな。

pandasで読み込んだデータフレームからかんたんにグラフを作る

例えばStudent's T testをやるついでにグラフも描いとこうというような場合。 import pandas as pd import matplotlib.pyplot as plt df = pd.read_csv("./ttest.txt") des = df.describe() print(des) # plt.figure() des[des.index=='mean'].T.plot.bar(ye…

CentOS Stream 8をインストールしてみる

CentOSの行く末が不安なので、今のうちにとりあえずCentOS Streamの方を使ってみておくというのもよかろうということでCentOS7の仮想環境上にCentOS Stream 8をインストールしてみる。インストール自体はとくに変わったところもなく順調に終了。 インストー…

MacOSのsafariで「ファイルを選択」ボタンが押せない

Mac

こういうファイルアップロードのボタンがいつの頃からか押せなくなってた。High sierraを使っている自宅Mac miniやCatalinaのMBAでは押せるので、職場のMojaveだけで起こっている現象のようだ。ちなみに どうもMojaveでSafariを14.0.1以上に上げるとこの現象…

vncserverが起動しなくなった。

.vncディレクトリのログファイルを見ると Xvnc TigerVNC 1.8.0 - built Nov 16 2020 16:47:50 Copyright (C) 1999-2017 TigerVNC Team and many others (see README.txt) See http://www.tigervnc.org for information on TigerVNC. Underlying X server rel…

画像解析用サーバを考える。

兎に角デカイ画像ファイルを弄る必要があってメモリがMacminiじゃ足りない。 ということでサーバを一つ拵えようかと思っている。スペックを考えるに CPU:Xeon scalable (2nd Gen)で8コア以上 メモリ:128G以上、予算の許す限り。 MB:シングルCPUボードでも…

drishtiをCentOS7にインストールする

医学用途のフリー3D解析ソフトであるdrishtiをCentOS7にインストールしたい。 $ sudo yum install gcc-c++ $ brew install freeglut $ brew install glew $ brew install qt $ echo 'export PATH="/home/linuxbrew/.linuxbrew/opt/qt/bin:$PATH"' >> ~/.bas…