顔と体はころころ変えると誰かわからんくなるので固定するとして、服装くらいは色々変えてやってもいいよな。 ってことでVRoid Studioを使って服を作ってみる。すでに最初の服もVRoidのプリセットではなく、色を変えてみたりしているのだが。まずはプリセッ…
VRoidで作成したアバターをVRChatにアップロードしてみる。 VRoid StudioはMacにインストールしてMacで作業した。出来上がったアバターをVRMにエクスポートして保存し、UbuntuにUSBメモリで運搬。いろいろ先人のページを見ているとこれをBlenderで微調整して…
初心者向けのチュートリアルワールドをいくつか回っているうちにステータスがVisitorからNew Userに格上げされたので早速オリジナルなアバターをアップしたい。どうせなら自分で作りたいよ、ってことでVRoid Studio。これは流石にUbuntuでわざわざやることも…
GTX1650をインストールした。 もっと強力なグラボのほうがいいのは当然なのだが、NEC Express5800 T110f-EのマザーボードはPCI-eスロットの配置が1x、1x、16x、4xとなっていて4xにRAIDカードが乗っており、SASのHDDx3でRAID5が起動ディスクとなっている。グ…
学会発表とか大事な場面でマイクの通りが悪くて何度も失敗しているため（比較的）ちゃんとしたマイクを使ってみようと思いたちこれを買ってみた。888M マランツプロ USBコンデンサーマイク。 コンデンサーマイクと書いてるがエレクトレットコンデンサーマイ…
メタバースってのがジワジワきてる。 ってことでVRChatというのを始めることにする。まずはとにかくやってみるということで専用にPCを調達することにした。仮想空間、３Dってことなので３Dヘッドセットが必須なのかと思ったら、まああって悪くはないし、没入…
ClustalWはお手軽にアライメントをとって系統樹を描くことが出来る。 しかしClustalWで出力されるdndファイルを使った系統樹は近年、系統樹としてはあまり信頼をされない。 ClustalWで実施される解析は近隣結合法（Neighbor joining method）で、計算量は極…
FASTAファイルのIDの命名を変更したいと思ったが、scaffoldの数が多すぎて面倒臭すぎるので、自動化したい。変更一覧をrename.listに以下のように記録しておく。 Scaffold1 Scf0001 Scaffold2 Scf0002 Scaffold3 Scf0003 Scaffold4 Scf0004 .......... .....…
Jetson Nano (B01, 2GB)はイーサネットワーク以外にUSBケーブル直結でリモートアクセスが可能になっている。B01, 2GBともにmicro USBコネクタがついている。B01のそれはデフォルトでは電源供給用となっているが、ピンヘッダでACジャックから供給してやると特…
というわけで定番Irisでやってみよう。 import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt import somoclu import pandas as pd %matplotlib inline from sklearn.datasets import load_iris iris = load_iris() X = iris.data Y = iris.target n_rows, n…
Self Organized Mappingをpythonでやりたくてsomocluをインストールしてみた。まずはMacに入れてみると、 Python 3.9.6 (default, Jun 29 2021, 06:20:32) [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.29)] on darwin Type "help", "copyright", "credits" or "license"…
なんだが世界中半導体不足らしく、Raspberry Pi4とかJetsonNanoが全然手に入らないか、転売ヤーにいいようにされているらしい。 アマゾンは転売ヤーの巣窟なので絶対手を出してはいけないが、頼みの綱の秋葉原、秋月電子でも在庫切れの札ばっかり。まあ今す…
例えばCLE25ペプチドはArg-Lys-Val-Pro-Asn-Gly-Pro-Asp-Ile-His-Asnからなるが（実際は246bpの前駆体がまず転写され翻訳されるのだが）、このペプチドがどんなゲノムDNA配列から転写翻訳されたかを考えたい。 Arg:CGT/CGC/CGA/CGG/AGA/AGG Lys:AAA/AAG Val:…
ここまでJetson Nano 2GBでDocker上にPython3環境を作ってきたが、32GBのSDカードだったためちょいと手狭になってきた。 JetsonNano B01のほうは128GBだったので一旦こっちに環境を移して続きの開発を行いたい。ということでDocker-composeで構築したコンテ…
JetsonNanoとMacはネットワークではなくUSBで直結しているものとする。Mac側の準備 OSはCatalina ユーザーkuroのホームディレクトリをマウントしたい。 % sudo nano /etc/exports /System/Volumes/Data/Users/kuro -maproot=root -network 192.168.55.0 -mas…
Jetson NanoにDocker-composeを入れるところまではやったので、その先の実際の運用例としてpython環境を構築してみる。Jetson Nanoにも素の状態のpython3はインストールされているのだが、この素のpython環境にごちゃごちゃライブラリをインストールしようと…
Docker-composeをJetson nanoに入れてdockerの起動を楽にする試み。まずはDocker-composeをインストールする。 sudo apt install python3-pip sudo apt install build-essential libssl-dev libffi-dev python3-dev sudo pip3 install docker-compose ------…
Raspberry piにpipでnumpyを入れようとしたら動かなかった。これまたARMに対応してないらしいね。対応策としては $ sudo apt install python3-numpyと直接インストールするといいらしい。 一旦 $ python3 -m pip uninstall numpyとしてやってからインストー…
XREAがいまいち融通がきかない。ちょっと規模の大きいFlaskサイトを動かそうとすると負荷がかかりすぎるのか強制終了されてしまい、サーバエラーを返されてしまう。 一旦XREAはペンディングとし、自宅ネットにRaspberry piでwebアプリ設置テストをすることに…
brewを入れるのは容量的にも得策ではないな、ということで必要なアプリケーションは個別にbuildしてインストールすることにする。 手始めに、nanoエディタを入れてみる。標準ではviは使えるけれど、nanoは入ってなかったので。viでいいじゃないかという意見…
Homebrewのインストールは未完。Gitはインストールできたがcurlなど他にも対応しなければならないし、そもそもそこまでいろんなアプリを入れたいわけでもない。せいぜいblastとsamtoolsくらいなので、個別インストールしたほうが早そうなので、一旦ペンディ…
以前GMOのvalue serverを利用してデータベースサイトの試験運用を行っていた。今回久しぶりに同系列で完全無料で利用できる（広告は入る）XREAのレンタルサーバを使ってサイト構築をしてみようと思う。 無料で使えるのは1GBまでなので大規模なデータベースは…
さて、Alphafold2の公開から4ヶ月ほど経ったが、その間に出てきた多量体解析のアイデアなどを取り込んでver2.1がアップされた。 GoogleColabの方ではいち早くバージョンアップがされていたわけだが、gitの本体の方も正式に対応したということか。アップグレ…
Jetson Nanoを２台も買ってみたけど、いまいち使いみちが定まっていない。 まあこの手のガジェットは明確な目的がなくても手元に転がしておけば、ある時急に役に立ったりするからいいのだけれど。ふとJetsonNano上でDockerのコンテナとしてMacOSが動いたりし…
かなーり需要の薄い情報。もう随分前になるが、NECの１UサーバにHDDを増設しようとしてHDDマウンタ（おそらくExpress5800/110d以前のもの、ラッチのパーツが緑色）を入手してみたところ、世代が違うと微妙にフィットせず使用できなかった、ということがあっ…
メインサーバ（RX1330M3） $ which python3 /home/linuxbrew/.linuxbrew/bin/python3 $ python3 --version Python 3.9.7 $ python3 -m pip list Package Version --------------------- --------- alembic 1.7.1 beautifulsoup4 4.10.0 biopython 1.79 bleac…
駄目でした。ちーん。 そうとう今更なんだが・・・RX200S7はE5-2600系のSandy Bridge世代のXeon CPUを搭載している。 Intelのtic-toc戦略によりSandy Bridgeとその次の世代のIvy Bridgeは同一アーキテクチャで基本互換性があることになっている。この基本、…
なんかわけわからん。ファイルシステム規格（容量帯）(SD, SDHC, SDXC, SDUC）下位互換性あり。 バスインターフェーススピード規格（無印,UHS-I, UHS-II, UHS-III, SD Express) スピードクラス規格 ビデオスピードクラス(V6, V10, V30, V60, V90) UHS スピー…
一部業界で話題沸騰のAlphaFold2だが、ソースの公開から一月ちょっと遅れで、ようやく自前サーバで解析できる環境を構築した。要求スペック 2.5TB以上のSSD/HDD容量 (必須、SSD推奨) CUDA11に対応しているNVIDIA製GPU（推奨） 大容量（32GB以上）のRAM（推奨…
いろいろわけがわからなくなってきている（特にPython絡み）ので、一旦minicondaもbrewで入れたpython3もアンインストールした。（minicondaは~/miniconda3にインストールされているのでフォルダまるごとrm -rf） （python3は $brew uninstall python3したあ…
